Comience mezclando y alícuota de 90 a 120 microlitros de muestras de C. Elegans reticulado con formaldehído en un tubo de sonicación de poliestireno. Agregue un volumen igual de tampón de resuspensión que contenga detergentes 2X. Sonicado en un sonicador al baño de agua durante siete minutos.
Mezcle suavemente la muestra pipeteando y repita la sonicación durante siete minutos más. Una vez hecho esto, transfiera el lisado sonicado a un tubo de 1,5 mililitros. Añadir medio volumen de tampón de resuspensión sin detergentes.
Después de la centrifugación a 13.000 G durante 15 minutos a cuatro grados centígrados, divida el sobrenadante de lisado en cuatro partes. Almacene la parte de lisado de entrada a menos 20 grados centígrados en un tubo de 1,5 mililitros. Añadir 0,5 microgramos de trimetilación anti-H3K9, antihistona H3 o IgG a la muestra de inmunoprecipitación o IP adecuada.
Incubar la reacción a cuatro grados centígrados durante la noche con rotación. Al día siguiente, alícuota los nueve microlitros de perlas magnéticas recubiertas de proteína G por muestra IP en un tubo de 1,5 mililitros. Después de dos lavados con un mililitro de FA-150, vuelva a suspender las perlas magnéticas en el tampón FA-150.
Una vez hecho esto, agregue 7,5 microlitros de la suspensión de perlas magnéticas a cada mezcla de anticuerpos IP antes de incubar los tubos a cuatro grados centígrados durante dos horas con rotación. A continuación, lave las perlas magnéticas siete veces con al menos 200 microlitros de cada solución tampón. Incubar cada lavado a cuatro grados centígrados durante cinco minutos con rotación antes de recoger las perlas en un soporte magnético para aspirar el lavado.
Después de aspirar el último lavado del tampón, vuelva a suspender las perlas magnéticas en 50 microlitros de tampón de elución IP de cromatina y transfiérelo a un tubo de 1,5 mililitros. Después de eluir la muestra en un ThermoMixer, recoja las perlas en un soporte magnético y transfiera el sobrenadante a un nuevo tubo. Repita la elución con otros 50 microlitros de tampón de elución de inmunoprecipitación de cromatina.
Una vez hecho esto, extraiga un total de 100 microlitros de sobrenadante antes de proceder con la reticulación inversa y la elución del ADN.