Börja med att blanda och alikvotera 90 till 120 mikroliter av formaldehydtvärbundna C.Elegans-prover i ett polystyren-ultraljudsbehandlingsrör. Tillsätt en lika stor volym resuspensionsbuffert som innehåller 2X tvättmedel. Ultraljudsbehandling i ett vattenbad sonikator i sju minuter.
Blanda försiktigt provet genom pipettering och upprepa ultraljudsbehandlingen i ytterligare sju minuter. När du är klar, överför det ultraljudsbehandlade lysatet till ett 1,5 milliliter rör. Tillsätt en halv volym resuspensionsbuffert utan rengöringsmedel.
Efter centrifugering vid 13 000 g i 15 minuter vid fyra grader Celsius delas lysatsupernatanten i fyra delar. Förvara den ingående lysatdelen vid minus 20 grader Celsius i ett 1,5 ml-rör. Tillsätt 0,5 mikrogram anti-H3K9-trimetylering, antihiston H3 eller IgG till lämplig immunoprecipitering eller IP-prov.
Inkubera reaktionen vid fyra grader Celsius över natten med rotation. Följande dag, aliquera de nio mikroliter protein G-belagda magnetiska pärlorna per IP-prov i ett 1,5 milliliters rör. Efter två tvättar med en milliliter FA-150, återsuspendera de magnetiska pärlorna i FA-150-bufferten.
När du är klar, tillsätt 7,5 mikroliter av den magnetiska pärlsuspensionen till varje IP-antikroppsblandning innan du inkuberar rören vid fyra grader Celsius i två timmar med rotation. Tvätta sedan magnetpärlorna sju gånger med minst 200 mikroliter av varje buffertlösning. Inkubera varje tvätt vid fyra grader Celsius i fem minuter med rotation innan du samlar pärlorna på ett magnetiskt stativ för att aspirera tvätten.
Efter att ha aspirerat den sista tvätten av bufferten, återsuspendera de magnetiska pärlorna i 50 mikroliter kromatin IP-elueringsbuffert och överför den till ett 1,5 milliliters rör. Efter att ha eluerat provet i en ThermoMixer, samla pärlorna på ett magnetiskt stativ och överför supernatanten till ett nytt rör. Upprepa elueringen med ytterligare 50 mikroliter kromatinimmunprecipitationselueringsbuffert.
När du är klar, dra totalt 100 mikroliter supernatant innan du fortsätter med omvänd tvärbindning och DNA-eluering.