Om alkalische fosfatasekleuring uit te voeren, begint u met het spoelen van de geoogste zebravisschubben in ALP-kleuroplossing gedurende vijf minuten. Plaats vervolgens de schubben gedurende 15 minuten in een werkende ALP-kleuroplossing. Verwijder vervolgens de ALP-oplossing en spoel de schubben af in gedeïoniseerd water om de reactie te stoppen.
Om de schubben te kleuren met behulp van de Von Kossa-kleuringsmethode, begint u met het incuberen van de schubben in 5% zilvernitraatoplossing gedurende 40 minuten onder sterk licht. Verwijder vervolgens de zilvernitraatoplossing en was de schubben twee keer vijf minuten in gedeïoniseerd water. Incubeer de schubben gedurende vijf minuten in 5% natriumthiosulfaat en was ze vervolgens opnieuw met gedeïoniseerd water.
Monteer de weegschaal op het glaasje met behulp van een montagemedium. Dek ze af met een dekglaasje en bekijk ze onder een microscoop. Naast de ALP- en Von Kossa-methode die hier wordt gedemonstreerd, zijn er verschillende andere kleuringsmethoden die kunnen worden gebruikt om verschillende aspecten van cel- of matrixbiologie op de schaal te visualiseren, zoals TRAP, calciumfluorescentie, Alizarinerood en immunohistochemische kleuring.