Para empezar, utilice un navegador web para visitar charmm-gui. org sitio web. Crea y activa tu cuenta gratuita antes de crear tu primer conjunto de archivos.
Vaya al menú superior, navegue hasta el generador de entrada y seleccione constructor de membranas de las opciones disponibles en el lado izquierdo de la pantalla. Seleccione el generador de bicapas para construir una bicapa lipídica y, a continuación, seleccione el sistema de solo membrana y almacene el ID de trabajo generado para acceder a él en el futuro. Visualice los sistemas durante cada paso del proceso de construcción haciendo clic en ver estructura ubicada en la parte superior de la página.
Inspeccione constantemente si faltan componentes o errores en el tamaño del parche. Seleccione la opción de lípidos heterogéneos independientemente de si desea crear una bicapa de un solo componente y, a continuación, elija un tipo de caja rectangular. Para la hidratación, seleccione 45 moléculas de agua por lípido, lo cual es suficiente para una bicapa completamente hidratada.
Ahora establezca la longitud de XY en función del número de componentes lipídicos. Determine el número de lípidos necesarios para cada especie lipídica en función del modelo planificado previamente. Para representar el retículo endoplásmico y las células eucariotas, se utilizó una combinación de 336 lípidos DOPC, 132 DPPE, 60 colesterol y 72 POPI en el modelo PI, mientras que 330 DOPC, 126 DPPE, 54 colesterol, 66 PPI y 24 lípidos DOPS se utilizaron para el modelo PIPS.
Introduzca el número deseado de moléculas para los folíolos superior e inferior en las dos casillas junto al nombre del lípido para crear una composición simétrica de la membrana. A continuación, navegue hasta la parte superior de la lista de especies lipídicas e inicie la acción haciendo clic en el botón mostrar la información del sistema. Usando CHARMM-GUI, valide el recuento total de lípidos en cada valva en la bicapa simétrica.
Continúe haciendo clic en las siguientes pantallas para establecer los valores deseados de temperatura y presión para la simulación y la sintaxis de los archivos de simulación de acuerdo con el motor de dinámica molecular de su elección. Por ejemplo, GROMACS. Descargue los archivos resultantes y transfiéralos al clúster de equipos.
Utilice el software seleccionado, por ejemplo, dinámica molecular visual o PyMOL para visualizar el sistema final.