התחל על ידי נרמול דגימות חלבון דמעה אנושי ל 50 מיקרוגרם של חלבון. לאחר מכן הוסף 200 מילימולרי dithiothreitol, או DTT, לריכוז סופי של 20 מילימולר DTT, מודגר ב 95 מעלות צלזיוס במשך 10 דקות. לאחר קירור תמיסת החלבון לטמפרטורת החדר, מוסיפים יודואצטמיד 400 מילימולרי לריכוז סופי של 40 מילימולר, ואז דוגרים בחושך בטמפרטורת החדר למשך 10 דקות.
לאחר מכן, הוסיפו 12% חומצה זרחתית מימית ביחס של 1 עד 10, והתוצאה היא ריכוז סופי של 1.2%. מערבבים את התערובת לזמן קצר כדי לערבב את התמיסה. הוסף חיץ קשירת חלבון ביחס של אחד עד שש לפני שתתערבל שוב.
פתח את מכסה עמוד המיקרו ספין של המתלה והרכיב את עמוד הספין על צינור מיקרוצנטריפוגה של שני מיליליטר כדי לאסוף זרימה. הוסף עד 200 מיקרוליטר של תערובת חלבון ליזט חומצי לתוך העמודה. צנטריפוגה את העמוד ב 4000 G למשך 20 שניות.
לאחר מכן, הוסף 150 מיקרוליטר של חיץ קושר חלבון וצנטריפוגה כמו קודם כדי לשטוף את החלבון המרחף. הרכיבו את עמוד המיקרו של המתלים על צינור מיקרו-צנטריפוגה חדש של 1.5 מיליליטר. הוסיפו בזהירות 20 מיקרוליטר חיץ עיכול TEAB על המסנן בתוך עמוד הסחיטה, כדי למנוע בועות ומרווחי אוויר.
סגור היטב את עמוד המיקרו ספין של המתלים כדי למנוע אידוי. דוגרים בחום של 47 מעלות למשך שעה במיקסר תרמי ללא טלטול. פפטידים Elute עם 40 מיקרוליטר של TEAB 50 מילימולרי.
ואז צנטריפואת אותו ב 4000 G למשך 20 שניות. עכשיו להוסיף 40 מיקרוליטר של 0.2% חומצה פורמית וצנטריפוגה כמו קודם. לבסוף, הוסיפו 35 מיקרוליטר של 0.2% חומצה פורמית ו-50% לאצטוניטריל לפני שתצנטריפוגה שוב.
משכו את שלושת האלונטים וייבשו אותם באמצעות צנטריפוגת ואקום. לאחר הייבוש, לאחסן את הדגימות ב 80 מעלות צלזיוס לניתוח עתידי. חיפוש הרכישה תלוי הנתונים הניב בסך הכל 1183 פלוס או מינוס 118 חלבונים בקבוצת לכידת התרחיף, ו-874 פלוס או מינוס 70 חלבונים ב-1% FDR בקבוצת התמיסה.
ניתוח אונטולוגי גנטי גילה פרוטאומים דומים לשתי הגישות, כאשר הפונקציה העיקרית היא פעילות קטליטית קושרת וויסות תפקוד מולקולרי.