כדי להתחיל, לחלק את העכבר מטוהר, undiluted CNS תא השעיה לשני שברים עבור בידודים נוספים של מיקרוגליה ו oligodendrocytes. לאחר מכן הוסף מיקרו-חרוז מסומן מגנטית ספציפי עבור אנטיגן פני השטח עבור סוגים שונים של תאי CNS לתרחיף התא המתאים. מקם את העמודה בשדה המגנטי, השווה את העמודה ולאחר מכן הוסף את תרחיף התא שנוצר לעמודה.
תאים המסומנים באופן מגנטי יישמרו בתוך העמודה, ותאים ללא תווית ירוצו דרכה. לאחר הסרת העמודה מהשדה המגנטי, שטפו החוצה תאים המסומנים מגנטית מהעמודה לתוך צינור כשבר התא שנבחר באופן חיובי. חלק את הזרימה השלילית מהאוליגודנדרוציטים לשני שברים לבידודים נוספים של נוירונים ואסטרוציטים.
ניתוח ציטומטריית זרימה באמצעות סמנים ספציפיים לסוג התא בשילוב עם אפליה של תאים חיים או מתים הניב מיקרוגליה, אוליגודנדרוציטים, אסטרוציטים ונוירונים. אפיון פנוטיפי של אוכלוסיות התאים השונות הוכיח כי תרחיפים של תא בודד עם כ-90% טוהר וכדאיות התקבלו עבור כל סוגי התאים העיקריים של מערכת העצבים המרכזית.