For å begynne, del den rensede, ufortynnede musens CNS-cellesuspensjon i to fraksjoner for ytterligere isolasjoner av mikroglia og oligodendrocytter. Deretter tilsettes magnetisk merket mikroperle spesifikt for overflateantigenet for forskjellige CNS-celletyper til den respektive cellesuspensjonen. Plasser kolonnen i magnetfeltet, lik kolonnen, og legg deretter til den resulterende cellesuspensjonen i kolonnen.
Magnetisk merkede celler beholdes i kolonnen, og umerkede celler vil løpe gjennom. Etter å ha fjernet kolonnen fra magnetfeltet, skyll ut magnetisk merkede celler fra kolonnen inn i et rør som den positivt valgte cellefraksjonen. Del den negative strømmen gjennom fra oligodendrocyttene i to fraksjoner for ytterligere isolasjoner av nevroner og astrocytter.
Flowcytometrianalyse ved hjelp av celletypespesifikke markører kombinert med diskriminering av levende eller døde celler ga mikroglia, oligodendrocytter, astrocytter og nevroner. Fenotypisk karakterisering av de forskjellige cellepopulasjonene viste at enkeltcellesuspensjoner med ca. 90 % renhet og levedyktighet ble oppnådd for alle CNS-residente celletyper.