Bone Mask Generation from 3D Slicer Generated File and Statistical Analysis of Identified Bone Erosion in Rheumatoid Arthritis Patients

Starten Sie zunächst die 3D Slicer-Software. Für die Bildeingabe der identifizierten Knochenerosionsstellen klicken Sie auf die Schaltfläche Daten im 3D-Slicer-Fenster. Klicken Sie dann auf Dateien auswählen, um Dateien hinzuzufügen, und suchen Sie nach einzelnen Bildern, um die Dateien hinzuzufügen.

Um ein ganzes Verzeichnis mit Bildern auf einmal zu importieren, klicken Sie auf die Option "Hinzuzufügendes Verzeichnis auswählen" und suchen Sie dann das gewünschte Verzeichnis und fügen Sie es ein. Klicken Sie anschließend auf das Dropdown-Menü in der Symbolleiste des 3D-Slicers. Bewegen Sie den Mauszeiger über die Knochenanalysemodule und klicken Sie auf Automatische Maske.

Wählen Sie unter dem Reiter Schritt 2 Automatische Maske eine Eingangslautstärke aus dem Dropdown-Menü Eingangslautstärke aus. Wählen Sie im Dropdown-Menü für die Ausgabesegmentierung die Option Neues Beschriftungs-Map-Volume erstellen aus. Wenn ein anderes Ausgabe-Label bevorzugt wird, klicken Sie auf Create New Label Map Volume As und geben Sie das gewünschte Label an.

Geben Sie die Anzahl der zu maskierenden Bones in das angegebene Textfeld ein und wählen Sie dann ORMR oder Dual Threshold aus dem Dropdown-Menü des Algorithmus aus. Klicken Sie auf Get Mask, um den Algorithmus auszuführen und ein Ergebnis im entsprechenden Bildverzeichnis auszugeben. Wenn das Bild mehrere Knochen enthält, wird für jeden Knochen eine separate Maske gespeichert.

Um eine binäre Maske in den 3D-Datenschnitt zu importieren, kopieren Sie die Maskendateien in das Verzeichnis Masken laden, das sich im BAM-Ordner befindet. Gehen Sie zurück zum 3D-Slicer-Fenster und klicken Sie auf den Reiter Schritt 3 Manuelle Korrektur. Um die Maskendateien zu laden und automatisch in Slicer-Segmentierungen umzuwandeln, klicken Sie auf Laden.

Um Änderungen an der Maske vorzunehmen, verwenden Sie die Werkzeuge auf der Registerkarte "Manuelle Korrektur". Um die statistische Analyse zu starten, klicken Sie im Dropdown-Menü in der Symbolleiste auf das Modul Erodiervolumen. Laden Sie ein Bild und die dazugehörige Maske.

Wählen Sie das Eingabebild und die Maske aus, erstellen Sie eine Ausgabesegmentierung und platzieren Sie die Ausgangspunkte auf der Erosion. Klicken Sie auf die Schaltfläche Erosionen abrufen, um den Erosionsmessalgorithmus zu starten. Wenn Größe und Form der automatisch erkannten Erosionsvolumina nicht zufriedenstellend sind, bearbeiten Sie diese manuell unter dem Reiter Schritt 5 Manuelle Korrektur.

Klicken Sie nun auf die Registerkarte Schritt 6 Statistiken, um die Computerdaten in eine Tabellenkalkulationsdatei zu exportieren. Geben Sie als Nächstes das Erosionsvolumen in das Dropdown-Menü mit der Bezeichnung Eingabeerosionen ein. Geben Sie nun das Graustufenbild und seine Voxelbreite in Millimetern in das Textfeld unter dem Master-Volume-Menü ein.

Klicken Sie auf Statistiken abrufen, um eine Tabellenkalkulationsdatei im Ausgabedatenverzeichnis für Erosionen im BAM-Ordner zu generieren.