לאחר הפעלת SCRAP, השתמש בפקודת הסקריפט שצוינה כדי לבצע שיחות שיא. פרט את הנתיבים המלאים לספריה המכילה את התיקיות לדוגמה ואת קובץ המתאם. לאחר מכן, הגדר את הקריטריונים לקריאות שיא, כולל המספר המינימלי של קריאות רצף, ומספר ספריות הרצף השונות הדרושות לזיהוי שיא.
ציין אם יש לתרום פסגות על ידי sncRNA מאותה משפחה, אשר רלוונטי עבור miRNA החולקים רצפי זרעים ויכולים להיקשר למטרות גנים חופפות. לאחר מכן, ציין את הנתיב המלא לספריית הייחוס, קיצור בסיס MIR וקיצור גנום הייחוס. לאחר ביצוע שיחות שיא, הפעל את סקריפט ביאור השיא.
ספק את הנתיב המלא לפסגות המתקבלות. מיטה מהשיא קורא לספריית הייחוס ולמינים הרצויים לביאור. השתמש במיזוג samtools כדי למזג את כל קבצי ה- bam הרצויים כדי להקל על הדמיה משולבת.
לאחר מכן, השתמש במיון samtools למיון שורה אחר שורה של ממוזג. קובץ BAM. צור אינדקס של המיון.
קובץ BAM באמצעות אינדקס Samtools, יצירת קובץ אינדקס בפורמט Samtools בינארי הנדרש עבור כלי הדמיה גנומית. לבסוף, בצופה הגנומיקה האינטגרטיבית, פתח את המיון. BAM ואינדקס.
לפי קובץ. היישום של גרסה שונה של SCRAP לערכות נתוני ריצוף שפורסמו בעבר חשף ירידה באינטראקציות miRNA עם אזורי אינטרון. הירידה נצפתה לאחר בידוד אינטראקציות ברמת ביטחון גבוהה באמצעות שיחות שיא עם גרוטאות.
