Pour commencer, connectez un appareil d’imagerie stomatique portable à un ordinateur équipé d’un logiciel d’acquisition d’images. Utilisez un morceau de papier pour retirer soigneusement les gouttelettes d’eau des feuilles inoculées à Pseudomonas syringae de la plante Arabidopsis thaliana. Ouvrez maintenant le capot supérieur de l’appareil, placez la feuille sur la platine et fermez le couvercle.
Ajustez la mise au point à l’aide de la vis de réglage et cliquez sur Enregistrer l’image sur l’ordinateur pour capturer l’image. Pour effectuer une mesure automatisée de l’ouverture des stomates, ouvrez le carnet Google Colaboratory. Cliquez sur Fichier puis sur Enregistrer une copie dans le lecteur pour faire une copie locale dans Google Drive.
Lorsqu’un nouvel onglet s’ouvre, fermez l’onglet du bloc-notes d’origine. Appuyez sur le bouton Exécuter sous la section Configuration de l’environnement dans le bloc-notes pour importer les bibliothèques requises sans déplier les blocs de cellules. Dans la section Paramètres du répertoire, créez trois dossiers dans Google Drive pour analyse.
Déplacez les images acquises dans le dossier example_result, en les classant par traitement ou par échantillon pour la génération finale du graphique. Cliquez sur Télécharger les modèles entraînés pour télécharger les fichiers ONNX des modèles entraînés depuis Zenodo. Placez les fichiers téléchargés dans le répertoire du modèle.
Exécutez l’inférence et la mesure de la partie de l’ouverture stomatique du carnet pour quantifier l’ouverture stomatique à partir d’images individuelles. Les images résultantes avec inférence superposée et la example_result. CSV sera exporté vers le répertoire inference_results.
Exécutez la section Génération de graphiques pour créer un graphique sur le rapport d’ouverture des stomates. Exportez ce graphique dans le répertoire inference_results. Une diminution de l’ouverture stomatique chez les plantes inoculées par PTO par rapport aux plantes inoculées a été observée une heure après l’inoculation.
Trois heures après l’infection, l’ouverture stomatique chez les plantes auto-inoculées à la PTO et les plantes faussement inoculées était pratiquement la même. La mesure automatisée de l’ouverture des stomates a pris environ cinq secondes pour traiter une image, ce qui a entraîné une réduction de 95 % du temps de mesure.