Schließen Sie zunächst ein tragbares Stomata-Bildgebungsgerät an einen Computer an, der mit einer Bilderfassungssoftware ausgestattet ist. Verwenden Sie ein Stück Papier, um vorsichtig Wassertropfen von den mit Pseudomonas syringae beimpften Blättern der Arabidopsis thaliana-Pflanze zu entfernen. Öffnen Sie nun die obere Abdeckung des Geräts, legen Sie das Blatt auf die Bühne und schließen Sie die Abdeckung.
Stellen Sie den Fokus mit der Einstellschraube ein und klicken Sie auf dem Computer auf Bild speichern, um das Bild aufzunehmen. Um eine automatische Messung der Stomata-Apertur durchzuführen, öffnen Sie das Google Colaboratory-Notebook. Klicken Sie auf Datei und dann auf Kopie in Laufwerk speichern, um eine lokale Kopie in Google Drive zu erstellen.
Wenn eine neue Registerkarte geöffnet wird, schließen Sie die Registerkarte des ursprünglichen Notizbuchs. Klicken Sie im Notebook im Abschnitt Umgebungseinstellungen auf die Schaltfläche Ausführen, um die erforderlichen Bibliotheken zu importieren, ohne die Zellenblöcke aufzuklappen. Erstellen Sie im Abschnitt Verzeichniseinstellungen drei Ordner in Google Drive zur Analyse.
Verschieben Sie die aufgenommenen Bilder in den Ordner example_result und kategorisieren Sie sie nach Behandlung oder Probe für die endgültige Diagrammerstellung. Klicken Sie auf Trainierte Modelle herunterladen, um die ONNX-Dateien der trainierten Modelle von Zenodo herunterzuladen. Legen Sie die heruntergeladenen Dateien im Modellverzeichnis ab.
Führen Sie die Inferenz und Messung des Stomata-Aperture-Teils des Notebooks durch, um die Stomata-Apertur aus einzelnen Bildern zu quantifizieren. Die resultierenden Bilder mit überlagerter Inferenz und dem example_result. Die CSV-Datei wird in das inference_results Verzeichnis exportiert.
Führen Sie den Abschnitt Diagrammerstellung aus, um ein Diagramm über das stomatale Öffnungsverhältnis zu erstellen. Exportieren Sie dieses Diagramm in das Verzeichnis inference_results. Eine Abnahme der Stomataöffnung bei Pto-inokulierten Pflanzen im Vergleich zu scheininokulierten Pflanzen wurde eine Stunde nach der Inokulation beobachtet.
Drei Stunden nach der Infektion war die Stomataöffnung sowohl bei den Pto-geimpften Pflanzen als auch bei den Scheininokulierten praktisch gleich. Die automatisierte Messung der Stomataöffnung dauerte etwa fünf Sekunden, um ein Bild zu verarbeiten, was zu einer Reduzierung der Messzeit um 95 % führte.
