Para começar, abra um navegador da Web e navegue até o link para acessar a funcionalidade Joint Pathway Analysis no site do MetaboAnalyst. Acesse a pasta onde os arquivos de saída da implementação do DeepOmicsAE são salvos e abra os arquivos de texto chamados module_n. txt para cada módulo de sinalização gerado.
Nos arquivos de texto, localize a lista de proteínas e copie-as. Na página do MetaboAnalyst, cole a lista copiada de proteínas nas proteínas do gene com a janela opcional de alterações de dobra. Repita para metabólitos, colando-os na lista de compostos com a janela opcional de alterações de dobra na mesma página da Web.
Escolha o organismo relevante e o tipo de identificação. Em seguida, envie as informações clicando em Enviar na parte inferior da página. Na página seguinte, verifique o mapeamento de ID para garantir que os identificadores sejam reconhecidos corretamente e clique em Continuar.
Na página Configuração de parâmetros, selecione Vias metabólicas integradas ou Todas as vias integradas para visualizar a contribuição da entrada para as vias metabólicas ou todas as vias de sinalização. No painel Seleção de algoritmos, escolha Análise de enriquecimento, Teste hipergeométrico; Medida topológica, Centralidade de grau; e Método de integração, Combinar valores p nível de caminho. Clique em Enviar na parte inferior da página.
A página final, Visualização de resultados, exibirá os resultados da análise de enriquecimento. Isso inclui gráficos de caminhos enriquecidos com base em seu impacto e significado e uma lista tabular de caminhos. A interpretação do MetaboAnalyst dos módulos de sinalização obtidos no DeepOmicsAE em um conjunto de dados de amostras cerebrais de pacientes saudáveis ou com Alzheimer revelou que, para cada módulo de sinalização, vias metabólicas e de sinalização distintas foram enriquecidas.
Além disso, a caracterização das interações que ocorrem entre as características clínicas e os módulos de sinalização mostrou que o metabolismo glicerolipídico alterado nos pacientes com Alzheimer estava associado ao sexo e à idade ao óbito. Por outro lado, alterações das sinapses e da funcionalidade dos axônios tendem a ocorrer em pacientes com Alzheimer, independentemente do sexo, nível educacional e longevidade.