Başlamak için bir web tarayıcısı açın ve MetaboAnalyst web sitesindeki Ortak Yol Analizi işlevine erişmek için bağlantıya gidin. DeepOmicsAE'nin uygulanmasından elde edilen çıktı dosyalarının kaydedildiği klasöre erişin ve oluşturulan her sinyal modülü için module_n. txt adlı metin dosyalarını açın.
Metin dosyalarından proteinlerin listesini bulun ve kopyalayın. MetaboAnalyst web sayfasında, kopyalanan protein listesini, isteğe bağlı katlama değişiklikleri penceresiyle genin proteinlerine yapıştırın. Metabolitler için tekrarlayın, bunları aynı web sayfasındaki isteğe bağlı katlama değişiklikleri penceresiyle bileşik listeye yapıştırın.
İlgili organizmayı ve kimlik türünü seçin. Ardından, sayfanın altındaki Gönder'i tıklayarak bilgileri gönderin. Sonraki sayfada, tanımlayıcıların doğru tanındığından emin olmak için kimlik eşlemesini doğrulayın ve ardından Devam Et'i tıklatın.
Parametre Ayarı sayfasında, girdinin metabolik veya tüm sinyal yollarına katkısını görselleştirmek için Entegre metabolik yollar veya Entegre tüm yollar'ı seçin. Algoritma Seçimi panelinde, Zenginleştirme analizi, Hipergeometrik Test; Topoloji ölçüsü, Derece Merkeziliği; ve Entegrasyon yöntemi, p değerlerini yol düzeyinde birleştirin. Sayfanın altındaki Gönder'e tıklayın.
Son sayfa olan Sonuç Görünümü, zenginleştirme analizinin sonuçlarını görüntüler. Bu, etkilerine ve önemlerine göre zenginleştirilmiş yolların grafiklerini ve yolların tablo halinde bir listesini içerir. MetaboAnalyst, sağlıklı veya Alzheimer hastalarının beyin örneklerinden alınan bir veri seti üzerinde DeepOmicsAE üzerinde elde edilen sinyal modüllerinin yorumlanması, her bir sinyal modülü için farklı metabolik ve sinyal yolaklarının zenginleştirildiğini ortaya koydu.
Ayrıca, klinik özellikler ve sinyal modülleri arasında meydana gelen etkileşimlerin karakterizasyonu, Alzheimer hastalarında değişen gliserolipid metabolizmasının cinsiyetleri ve ölüm yaşları ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Tersine, sinaps ve akson işlevselliğindeki değişiklikler, cinsiyetlerine, eğitim düzeylerine ve uzun ömürlerine bakılmaksızın Alzheimer hastalarında meydana gelme eğilimindedir.
