शुरू करने के लिए, Xanthatin और Keap1 की क्रिस्टल संरचनाओं को डाउनलोड करें। संरचनाओं को संसाधित करने के बाद, दो कार्यों को नेविगेट करें और लिगैंड डॉकिंग विकल्प चुनें। फ़ाइल से रिसेप्टर ग्रिड चुनें और ब्राउज़ पर क्लिक करें।
फिर डेस्कटॉप पर क्लिक करें, आणविक डॉकिंग फ़ोल्डर खोलें और ग्लाइड-ग्रिड 2FLU फ़ाइल पर डबल क्लिक करें। ग्लाइड-ग्रिड 2FLU ज़िप फ़ाइल का चयन करें और क्लिक करें खुला हुआ. अब, Use ligands from files पर क्लिक करें।
फिर ब्राउज़ करें पर क्लिक करें और डेस्कटॉप चुनें। आणविक डॉकिंग फ़ोल्डर का चयन करें और ligprep_1 फ़ाइल खोलें। उसके बाद, ligprep_1-आउट-मेगज़ फ़ाइल का चयन करें और क्लिक करें खुला हुआ.
सेटिंग्स तक पहुंचें और एक्सपी, अतिरिक्त परिशुद्धता, विकल्प के रूप में सटीकता चुनें। कार्य नाम को ग्लाइड करने के लिए संशोधित करें। xp2flu और उसके बाद चलाएँक्लिक करें।
डॉकिंग परिणाम देखने के लिए, फ़ाइल पर क्लिक करें और आयात संरचनाएं विकल्प चुनें। डेस्कटॉप पर नेविगेट करें और आणविक डॉकिंग फ़ोल्डर खोलें। बाद में, ग्लाइड-डॉक XP 2FLU फ़ाइल का चयन करें।
ग्लाइड-डॉक XP 1 पीवी चुनें। maegz फ़ाइल खोलें और खोलें पर क्लिक करें। फिर लिगैंड का चयन करने के लिए कार्यक्षेत्र में डॉट पर डबल क्लिक करें।
sitemap_1_protein चुनें. टेबल पर क्लिक करें और डॉकिंग स्कोर देखने के लिए सबसे दाईं ओर स्लाइड करें। 2D परिणामों की कल्पना करने के लिए, पहले दिखाए गए अनुसार sitemap_1_protein का चयन करें।
लिगैंड इंटरैक्शन पर क्लिक करें, देखें चुनें और एलआईडी लीजेंड बॉक्स को चेक करें। फिर क्लिक करें फ़ाइल, चुनें स्क्रीनशॉट सहेजें, और चौड़ाई के लिए 6, 000 इनपुट करें। पारदर्शी पृष्ठभूमि बॉक्स को अनचेक करें और ठीक क्लिक करें. डेस्कटॉप पर फ़ाइल को 2D-xanthatin-2FLU के रूप में सहेजें।
आणविक डॉकिंग विश्लेषण ने ज़ैंथाटिन और केएपी 1 प्रोटीन के बीच बातचीत की भविष्यवाणी की।