Para começar, prepare a interface do peptídeo proteico para diversificação de sequências. Abra o arquivo PDB na quimera e certifique-se de que a estrutura das subunidades alvo esteja intacta, sem átomos ou ligações ausentes. Para remover todas as moléculas não essenciais da estrutura, clique em Selecionar, depois em Resíduo e, em seguida, selecione todas as moléculas, exceto os aminoácidos padrão.
Em seguida, clique em Ações seguido de Átomos/Ligações e exclua. Em seguida, clique em Favoritos e Sequência e, em seguida, clique na cadeia considerada como ligante. Corte a cadeia de ligantes para o segmento de interação identificado, excluindo todos os resíduos, exceto aqueles entre as posições selecionadas.
Clique em Arquivo e salve o PDB para salvar a estrutura editada em um arquivo PDB diferente. Copie esse arquivo para um local Linux acessível pelos aplicativos Rosetta. Use o aplicativo PDB fixo da Rosetta para realizar um reempacotamento de todas as cadeias laterais de aminoácidos da estrutura base antes da diversificação da sequência executando este comando.
Em seguida, renomeie o arquivo PDB reempacotado com o sufixo repack sublinhado usando o comando a seguir. Em seguida, execute pepspec no modo de design para executar a diversificação de sequência usando este comando. Em seguida, gere um pwm usando o gen_pepspec_pwm.
py incluído no Rosetta Suite. Para executar esse script, use o comando a seguir. Para criar um logotipo de sequência, abra o arquivo com as sequências de peptídeos geradas na etapa anterior com o editor de texto preferido e copie todas as sequências.
Navegue até o servidor de logotipo da Web e cole as sequências na caixa de texto de alinhamento de várias sequências. Escolha um formato e tamanho desejados do logotipo de acordo com o comprimento de entrada e clique em criar logotipo. Usando este protocolo, as preferências de aminoácidos foram previstas para o motivo pLxIS conservado na superfície de ligação IRF5.
A posição, a matriz de peso e o logotipo da sequência gerados na diversificação da sequência mostraram preferência pelo glutamato na posição 432 e pela leucina e isoleucina nas posições 433 e 435. As posições 427, 429 e 436 tipicamente ocupadas pela serina mostraram maior preferência por aspartato e glutamato, destacando o papel da fosforilação e da dimerização do IRF5. A posição 425 mostrou uma alta preferência pela serina, sugerindo seu envolvimento na interação proteína-proteína em sua forma não fosforilada.
