Para começar, baixe o arquivo PDB da proteína tiorredoxina como o sistema de proteína modelo. Use um software visualizador de proteínas apropriado para apagar moléculas de água, dímeros e ligantes da estrutura da proteína. Adicione o arquivo com resíduos de aminoácidos modificados from-lib.
PDB e sobreponha-o sobre o resíduo de aminoácido a ser modificado. Certifique-se de que as extremidades amino e carbonila de from-lib. O PDB corresponde com precisão ao aminoácido pretendido para modificação.
Exclua a proteína, deixando apenas o from-lib. PDB no espaço tridimensional ocupado pelo resíduo de aminoácido a ser modificado. Remova o hidrogênio dos átomos N e C-terminais.
Salve o arquivo from-lib. pdb como u00-movido. pdb com as novas coordenadas.
Usando um editor de texto, abra o arquivo PDB de proteína limpo e mova u00. pdb. Copie as coordenadas de u00-moved.
pdb e cole-os no arquivo PDB de proteína para adaptar a ligação entre o resíduo modificado e o sistema de proteínas. Ajustar a tipologia para ser compatível com o formato PDB da proteína, alterando HEATATM para ATOM e atualizando o número um para o correspondente ao resíduo a ser modificado. Salve o novo arquivo como complex.pdb.
As estruturas da teoria do funcional da densidade no nível m062x/631g em comparação com as simulações de dinâmica molecular do AMBER correlacionaram-se bem com a mecânica quântica teórica, mostrando erros mínimos de distância de ligação e valores de parâmetros de ângulo. Os valores de RMSD obtidos para cada um dos aminoácidos modificados foram semelhantes aos dos nativos e mantiveram a estabilidade confirmacional ao longo de toda a trajetória.