将修饰的氨基酸残基参数化为硫氧还蛋白结构

首先，下载 thioredoxin 蛋白的 PDB 文件作为模型蛋白质系统。使用适当的蛋白质可视化软件从蛋白质结构中擦除水分子、二聚体和配体。添加带有修饰氨基酸残基 from-lib 的文件。

pdb 并将其覆盖在要修饰的氨基酸残基上。确保 from-lib.PDB 与要修饰的氨基酸精确匹配。

删除 protein，只留下 from-lib。pdb 文件在被待修饰的氨基酸残基所占据的三维空间中。从 N 端和 C 端原子中去除氢。

保存 from-lib.