För att börja, skaffa den provmonterade bilden efter åldring av den. För att förbehandla objektglaset, doppa det i serie i coplinburkar som innehåller lämpliga lösningar under den angivna tiden. Smält vävnaden med 100 till 200 mikroliter proteinas K-digestionsbuffert och inkubera i rumstemperatur i en minut.
För att stoppa nedbrytningen, sänk omedelbart ner glaset i etanollösningar i två minuter vardera. Applicera FISH-hybridiseringsblandningen på objektglaset och täck provet med ett täckglas. Placera objektglasen på en varm platta, till exempel ett Slide Moat-hybridiseringssystem vid 75 grader Celsius i två till fem minuter.
Överför sedan objektglaset till en annan värmeplatta inställd på 37 grader Celsius för att hybridisera över natten. Doppa sedan sliden i den varma tvättbufferten och ta försiktigt bort täckglaset. Tvätta och fläcka objektglaset med lämpliga reagenser i mörker.
Doppa snabbt objektglaset i avjoniserat vatten i högst en sekund och lägg det på en pappershandduk. Efter torkning, montera objektglaset med anti-bleknings monteringsmedia. Placera täckglaset och försegla det med nagellack innan du tar bilder.
Använd en 60X oljelins för att fånga den fluorescerande signalen i flera Z-stackar. Utför slutligen en maximal 3D-projektion för att uppnå bästa upplösning och tillämpa dekonvolution eller andra bakgrundsrensningsalgoritmer. I de trippelnegativa bröstcancerproverna visar nukleära FISH i första hand två distinkta prickar per kärna, som representerar hennes två ERBB2-signaler.
Däremot visar HER2-positiva prover rikligt med FISH-signaler, vilket indikerar olika mönster av genamplifiering. Dessutom kan vissa kärnor i HER2-positiva prover uppvisa kluster, vilket tyder på extra kromosomala DNA-nav, som är fokuspunkter för ökad genamplifiering.
