המשך לבצע את התגובה לאחר תפקוד שני הקצוות של מצע ה- DNA הלינארי. ראשית, קח ארבעה טורי סיבוב S-400 וסובב אותם במשך 30 שניות לפחות כדי להשעות מחדש את השרף. לאחר מכן, צנטריפוגו אותם למשך דקה אחת ב-735G כדי להסיר את מאגר האחסון.
העבר את העמודות לצינורות 1.5 מיליליטר נקיים. באופן מיידי, הוסף 100 מיקרוליטר של תמיסת DNA ליניארית בעלת תפקוד כפול לכל עמודה. צנטריפוגו את העמודות למשך שתי דקות ב-735G כדי להזרים את הדנ"א דרך העמודה, תוך שמירה על הנוקלאוטידים הלא מאוגדים.
לאחר איגום הזרימה המכילה את הדנ"א מארבע העמודות, מודדים את הנפח באמצעות פיפטה. לאחר מכן, מערבולת M-280 חרוזים מגנטיים מצופים סטרפטווידין במשך 30 שניות כדי להשעות אותם מחדש. מעבירים ארבעה מיליגרם של החרוזים המגנטיים המרחפים לצינור נקי של 1.5 מיליליטר.
הניחו את הצינור במדף מגנטי למשך דקה אחת כדי לאסוף את החרוזים לפני הסרת מאגר האחסון. השהה מחדש את החרוזים במיליליטר אחד של חיץ A על ידי ערבול במשך חמש שניות לפני הדגירה על החרוזים בטמפרטורת החדר למשך חמש דקות. אספו את החרוזים על ידי הנחת הצינור במחזיק מגנטי למשך דקה אחת.
לאחר הסרת חיץ A, להשהות מחדש את החרוזים ב 400 מיקרוליטר של 2X חיץ A על ידי pipetting. לאחר מכן, הוסיפו 400 מיקרוליטר של תמיסת הדנ"א הפונקציונלית לחרוזים, וערבבו בעדינות על ידי פיפטינג. דוגרים על תערובת הדנ"א של החרוזים למשך הלילה בארבע מעלות צלזיוס עם סיבוב מקצה לקצה.
למחרת, השתמשו במדף המגנטי כדי להסיר את הסופרנאטנט לפני חישוב הכמות הכוללת של דנ"א הקשור לחרוזים המגנטיים. לאחר מכן, לשטוף את החרוזים ברצף עם חיץ B ו חיץ C.Resuspend את החרוזים ב 300 מיקרוליטר של חיץ C ולעשות ארבעה aliquots 75 מיקרוליטר.
