Fortsett med å utføre reaksjonen etter funksjonalisering av begge ender av det lineære DNA-substratet. Ta først fire S-400 spinnkolonner og virvel dem i minst 30 sekunder for å suspendere harpiksen på nytt. Sentrifuger dem deretter i ett minutt ved 735G for å fjerne lagringsbufferen.
Overfør kolonnene til rene 1,5 ml rør. Tilsett umiddelbart 100 mikroliter av den dobbeltfunksjonaliserte lineære DNA-løsningen til hver kolonne. Sentrifuger kolonnene i to minutter ved 735G for å strømme DNA gjennom kolonnen mens du beholder de ikke-inkorporerte nukleotidene.
Etter å ha samlet gjennomstrømningen som inneholder DNA fra de fire kolonnene, mål volumet med en pipette. Deretter virvelen M-280 streptavidin-belagte magnetiske perler i 30 sekunder for å suspendere dem på nytt. Overfør fire milligram av de resuspenderte magnetiske perlene til et rent 1,5 ml rør.
Plasser røret i et magnetisk stativ i ett minutt for å samle perlene før du fjerner oppbevaringsbufferen. Suspender perlene på nytt i en milliliter buffer A ved å virvle i fem sekunder før du inkuberer perlene ved romtemperatur i fem minutter. Samle perlene ved å plassere røret i en magnetisk holder i ett minutt.
Etter å ha fjernet buffer A, suspender perlene på nytt i 400 mikroliter 2X buffer A ved pipettering. Tilsett deretter 400 mikroliter av den funksjonaliserte DNA-løsningen til perlene, og bland forsiktig ved pipettering. Inkuber perle-DNA-blandingen over natten ved fire grader Celsius med rotasjon fra ende til ende.
Neste dag, bruk det magnetiske stativet til å fjerne supernatanten før du beregner den totale mengden DNA bundet til de magnetiske perlene. Vask deretter perlene sekvensielt med buffer B og buffer C.Suspender perlene på nytt i 300 mikroliter buffer C og lag fire 75 mikroliters alikvoter.
