Fortsätt att utföra reaktionen efter att ha funktionaliserat båda ändarna av det linjära DNA-substratet. Ta först fyra S-400 spinkolumner och virvla dem i minst 30 sekunder för att återsuspendera hartset. Centrifugera dem sedan i en minut vid 735G för att ta bort lagringsbufferten.
Överför kolonnerna för att rengöra 1,5 milliliters rör. Tillsätt omedelbart 100 mikroliter av den dubbelt funktionaliserade linjära DNA-lösningen till varje kolumn. Centrifugera kolonnerna i två minuter vid 735G för att flöda DNA genom kolonnen samtidigt som de oinkorporerade nukleotiderna behålls.
Efter att ha poolat genomströmningen som innehåller DNA från de fyra kolumnerna, mät volymen med en pipett. Virvla sedan M-280 streptavidinbelagda magnetiska pärlor i 30 sekunder för att återsuspendera dem. Överför fyra milligram av de återsuspenderade magnetiska pärlorna till ett rent 1,5 milliliters rör.
Placera röret i ett magnetiskt ställ i en minut för att samla upp pärlorna innan du tar bort lagringsbufferten. Återsuspendera pärlorna i en milliliter buffert A genom att virvla i fem sekunder innan pärlorna inkuberas i rumstemperatur i fem minuter. Samla pärlorna genom att placera röret i en magnetisk hållare i en minut.
Efter att ha tagit bort buffert A, återsuspendera pärlorna i 400 mikroliter 2X buffert A genom pipettering. Tillsätt sedan 400 mikroliter av den funktionaliserade DNA-lösningen till pärlorna och blanda försiktigt genom pipettering. Inkubera pärlans DNA-blandning över natten vid fyra grader Celsius med rotation från ände över ände.
Nästa dag använder du det magnetiska stället för att ta bort supernatanten innan du beräknar den totala mängden DNA bundet till de magnetiska pärlorna. Tvätta sedan pärlorna sekventiellt med buffert B och buffert C. Blanda om pärlorna i 300 mikroliter buffert C och gör fyra alikvoter på 75 mikroliter.
