Doğrusal DNA substratının her iki ucunu da işlevselleştirdikten sonra reaksiyonu gerçekleştirmeye devam edin. İlk olarak, dört S-400 döndürme sütunu alın ve reçineyi yeniden süspanse etmek için en az 30 saniye boyunca girdap yapın. Ardından, depolama arabelleğini çıkarmak için 735G'de bir dakika santrifüjleyin.
1,5 mililitrelik tüpleri temizlemek için sütunları aktarın. Hemen, her sütuna 100 mikrolitre çift işlevselleştirilmiş lineer DNA çözeltisi ekleyin. Dahil edilmemiş nükleotidleri korurken DNA'yı kolondan akıtmak için kolonları 735G'de iki dakika santrifüjleyin.
Dört sütundan DNA'yı içeren akışı bir araya getirdikten sonra, hacmi bir pipetle ölçün. Daha sonra, M-280 streptavidin kaplı manyetik boncukları yeniden askıya almak için 30 saniye boyunca vorteksleyin. Yeniden askıya alınmış manyetik boncukların dört miligramını temiz bir 1.5 mililitrelik tüpe aktarın.
Depolama tamponunu çıkarmadan önce boncukları toplamak için tüpü bir dakika boyunca manyetik bir rafa yerleştirin. Boncukları oda sıcaklığında beş dakika inkübe etmeden önce beş saniye girdaplayarak boncukları bir mililitre tampon A içinde yeniden süspanse edin. Tüpü bir dakika boyunca manyetik bir tutucuya yerleştirerek boncukları toplayın.
Tampon A'yı çıkardıktan sonra, boncukları pipetleme yoluyla 400 mikrolitre 2X tampon A'da yeniden süspanse edin. Daha sonra, boncuklara 400 mikrolitre işlevselleştirilmiş DNA çözeltisi ekleyin ve pipetleyerek hafifçe karıştırın. Boncuk DNA karışımını gece boyunca dört santigrat derecede uçtan uca rotasyonla inkübe edin.
Ertesi gün, manyetik boncuklara bağlı toplam DNA miktarını hesaplamadan önce süpernatanı çıkarmak için manyetik rafı kullanın. Daha sonra, boncukları tampon B ve tampon C ile sırayla yıkayın. Boncukları 300 mikrolitre tampon C'de tekrar süspanse edin ve dört adet 75 mikrolitrelik alikot yapın.
