כדי להתחיל, קח אליקוט אחד של 75 מיקרוליטר המכיל מיליגרם אחד של חרוזים מגנטיים מצופים סטרפטווידין הקשורים ל- DNA והסר את הסופרנאטנט עם המדף המגנטי. לשטוף את החרוזים עם 200 מיקרוליטר של חיץ טעינה. לאחר מכן משעים מחדש את החרוזים ב 75 מיקרוליטר של חיץ העמסה ומערבבים בעדינות על ידי pipetting.
לאחר מכן, הוסף את קומפלקס זיהוי המקור בריכוז סופי של 37.5 ננו-מולרית לדנ"א הקשור לחרוזים ודגר על התגובה במשך חמש דקות ב -30 מעלות צלזיוס עם תסיסה של 800 סיבובים לדקה. הוסף CDC6 בריכוז סופי של 50 ננו-מולרית ודגור על התגובה כפי שהודגם קודם. לאחר מכן הוסף Mcm2-7 Cdt1 בריכוז סופי של 100 ננו-מולרית ודגר על התגובה במשך 20 דקות כפי שהודגם קודם לכן.
לאחר מכן, מוסיפים DDK בריכוז סופי של 100 ננו-מולארי ודגרים באופן דומה במשך 30 דקות. לאחר הסרת הסופרנטנט, שטפו את הדנ"א הקשור לחרוזים המכיל הקסמרים Mcm-2-7 זרחניים עם 200 מיקרוליטר של חיץ שטיפת מלח גבוה. מערבבים על ידי פיפטינג, ומבטיחים שהחרוזים מושהים מחדש במלואם.
לאחר מכן, להסיר את המאגר ולשטוף את החרוזים פעם אחת עם 200 מיקרוליטר של מאגר CMG. כדי להרכיב ולהפעיל את ה-CMG המסומן באופן פלואורסצנטי על גבי DNA הקשור לחרוזים, הסר את מאגר CMG והשהה מחדש את החרוזים הקשורים לדנ"א ב-50 מיקרוליטר של מאגר CMG בתוספת ADP של חמישה מילימולרי. לאחר מכן, מערבבים את כל הרכיבים המוזכרים על המסך בצינור אחד ומניחים אותו על קרח.
הוסיפו מיד את הדנ"א המרחף הקשור לחרוזים לתערובת החלבונים. דגרו על התגובה במשך 15 דקות ב-30 מעלות צלזיוס עם תסיסה של 800 סל"ד. שטפו את החרוז ברצף עם מאגר HSW וחיץ CMG.
לאחר הסרת החיץ, יש להשהות מחדש את ה-CMG המכיל חרוזים מגנטיים הקשורים לדנ"א ב-200 מיקרוליטר של חיץ אלוציה, ולאחר מכן לדגור בטמפרטורת החדר למשך שעה עם תסיסה של 800 סל"ד. הניחו את הצינור במדף מגנטי ואפשרו לאיסוף החרוזים למשך חמש דקות. אספו בזהירות את הסופרנאטנט המכיל את קומפלקסי הדנ"א-CMG המדוללים מבלי להפריע לחרוזים המיושבים והעבירו אותו לצינור חדש.
כדי להבטיח שלא יישארו חרוזים בתמיסה, הניחו שוב את הסופרנאטנט שנאסף במדף מגנטי ושמרו חמש דקות נוספות בזהירות. אספו את הסופרנאטנט והעבירו אותו לצינור חדש. הוסף 1, 400 מיקרוליטר של חיץ CMG ל 200 מיקרוליטר של supernatant.
הדגימה מוכנה כעת להדמיית מולקולה בודדת.
