Name: large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen
Uploaded: 2010-12-30T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen at JoVE.com

1) Zebrafish Egg Collection <ol><li> Nel pomeriggio prima del giorno dello schermo chimica, istituito 10-20 vasche di allevamento pesce zebra. Riempire ogni serbatoio con acqua dal sistema di acquacoltura. Utilizzando una rete di pesce, il trasferimento di un maschio adulto e 1-2 femmine adulte di contenitore interno in ciascun serbatoio di allevamento. Separare i pesci di sesso maschile e femminile le une dalle altre con un divisore. Etichetta le gabbie e mettere un coperchio su di loro. </li><li> La mattina dello sc...

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	<li>Bayliss, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+modulation+of+receptor+signaling+inhibits+regenerative+angiogenesis+in+adult+zebrafish.">Chemical modulation of receptor signaling inhibits regenerative angiogenesis in adult zebrafish.</a> Nature chemical biology. 2, 265-273 (2006).</li><li>Burns, C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+assay+for+small+molecules+that+modulate+zebrafish+embryonic+heart+rate.">High-throughput assay for small molecules that modulate zebrafish embryonic heart rate.</a> Nature chemical biology. 1, 263-264 (2005).</li><li>Hao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+structure-activity+relationship+study+of+dorsomorphin+analogues+identifies+selective+VEGF+and+BMP+inhibitors.">In vivo structure-activity relationship study of dorsomorphin analogues identifies selective VEGF and BMP inhibitors.</a> ACS chemical biology. 5, 245-253 (2010).</li><li>Hong, C. C., Peterson, Q. P., Hong, J. Y., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artery/vein+specification+is+governed+by+opposing+phosphatidylinositol-3+kinase+and+MAP+kinase/ERK+signaling.">Artery/vein specification is governed by opposing phosphatidylinositol-3 kinase and MAP kinase/ERK signaling.</a> Curr Biol. 16, 1366-1372 (2006).</li><li>Milan, D. J., Peterson, T. A., Ruskin, J. N., Peterson, R. T., MacRae, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drugs+that+induce+repolarization+abnormalities+cause+bradycardia+in+zebrafish.">Drugs that induce repolarization abnormalities cause bradycardia in zebrafish.</a> Circulation. 107, 1355-1358 (2003).</li><li>Peterson, R. T., Link, B. A., Dowling, J. E., Schreiber, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecule+developmental+screens+reveal+the+logic+and+timing+of+vertebrate+development.">Small molecule developmental screens reveal the logic and timing of vertebrate development.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97, 12965-12969 (2000).</li><li>Yu, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dorsomorphin+inhibits+BMP+signals+required+for+embryogenesis+and+iron+metabolism.">Dorsomorphin inhibits BMP signals required for embryogenesis and iron metabolism.</a> Nature chemical biology. 4, 33-41 (2008).</li><li>Zon, L. I., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+drug+discovery+in+the+zebrafish.">In vivo drug discovery in the zebrafish.</a> Nature reviews. 4, 35-44 (2005).</li><li>Stern, H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+that+delay+S+phase+suppress+a+zebrafish+bmyb+mutant.">Small molecules that delay S phase suppress a zebrafish bmyb mutant.</a> Nature chemical biology. 1, 366-370 (2005).</li><li>Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+suppression+of+a+genetic+mutation+in+a+zebrafish+model+of+aortic+coarctation.">Chemical suppression of a genetic mutation in a zebrafish model of aortic coarctation.</a> Nature biotechnology. 22, 595-599 (2004).</li></ol>

Quando si pianifica un pesce zebra-based schermo chimica, particolare attenzione deve essere posta la robustezza del fenotipo in esame e il tasso di sfondo di tale fenotipo. Ciò è particolarmente importante per le schermate per soppressori chimica di un fenotipo indotto. Ad esempio, per un fenotipo causato da shock termico ad induzione di un transgene, la condizione che induce il fenotipo riproducibile deve essere tracciata con precisione prima di iniziare lo schermo per evitare i tassi di falsi positivi inaccettabilm...

<ol><li> Minimo di 20 coppie di zebrafish adulti di genotipo desiderato. </li><li> Reti da pesca, vasche di allevamento, con contenitore interno estraibile e divisori (habitat acquatici). </li><li> Piastre di Petri (10 cm). </li><li> Colino da tè di plastica. </li><li> Lavaggio ad acqua embrione bottiglia containg. </li><li> Usa e getta in polietilene trasferimento pipette. </li><li> Polistirolo da 96 pozzetti a fondo rotondo piastre saggio (Corning COSTAR, Lowell, MA). </li><li> Pipetta Pasteur in vetro (Fisher Scientific). </li><li> Pompa manuale pipetta, 10 mL (Bel-Art Prodotti, Pequannock, NJ). </li><li> Embrione E3 media: 5 mM NaCl, 0,17 mM KCl, 0,33 mM CaCl 2, 0,33 mM MgSO 4, contenente 0,003% PTU (phenylthio-carbamide, Sigma, St. Louis, MO). PTU può essere preparato come soluzione 10x sciogliendo 0,3 g PTU in 1 L di media embrione E3. Le soluzioni contenenti PTU devono essere protetti dalla luce, coprendo con un foglio di alluminio. </li><li> 12-canale pipette, 2-20 microlitri (Eppendorf). </li><li> 12-canale pipette, 300-300 microlitri (Eppendorf). </li><li> Pipetta monouso in polistirolo bacino, 50 mL (Fisher Scientific). </li><li> Molecola piccola libreria di composti strutturalmente diversi disposte in un formato di 96-WLL a 10 magazzino mM in DMSO. Ogni piastra master è aliquotati nei piatti in polipropilene a 96 pozzetti di stoccaggio (Corning), e conservati a -80 ° C fino al momento dell&#39;uso. </li><li> Sigillabile alluminio nastro per piastre a 96 pozzetti (Nunc, Rochester, NY). </li><li> DMSO (Sigma, St. Louis, MO). </li><li> Incubatore di base, 28,5 ° C (Fisher Scientific). </li><li> Stereomicroscopio con base a luce trasmessa (Leica Microsystems, Bannockburn, IL). </li></ol>

large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen

Date le loro dimensioni embrione piccolo, rapido sviluppo, la trasparenza, la fecondità, e numerose somiglianze molecolari, morfologiche e fisiologiche per i mammiferi, zebrafish è emersa come un potente<em&gt; In vivo</emPiattaforma&gt; per il fenotipo a base di schermi di droga e analisi chimica genetica. Qui, abbiamo dimostrato un metodo semplice e pratico per lo screening su larga scala di piccole molecole usando embrioni di zebrafish.

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Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebrafish è emersa come un potente<em&gt; In vivo</emPiattaforma&gt; per il fenotipo a base di schermi di droga e analisi chimica genetica. Qui, abbiamo dimostrato un metodo semplice e pratico per lo screening su larga scala di piccole molecole usando embrioni di zebrafish.

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Screen piccole molecole

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Su larga scala Schermi di librerie metagenomiche

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

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