Name: large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen
Uploaded: 2010-12-30T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen at JoVE.com

1) Zebrafish insamling av ägg <ol><li> På eftermiddagen före dagen för den kemiska skärmen, ställa in 10 till 20 stridsvagnar zebrafisk avel. Fyll varje tank med vatten från vattenbruk systemet. Använda en fisk nät, överföring en vuxen hane och en till två tikar vuxen att innerbehållare i varje avel tank. Separera hanar och honor från varandra med en avdelare. Märk burar och lägga ett lock över dem. </li><li> På morgonen av skärmen, ta bort avdelare från avel tankar och låta zebrafisk att para sig...

<ol>
	<li>Bayliss, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+modulation+of+receptor+signaling+inhibits+regenerative+angiogenesis+in+adult+zebrafish.">Chemical modulation of receptor signaling inhibits regenerative angiogenesis in adult zebrafish.</a> Nature chemical biology. 2, 265-273 (2006).</li><li>Burns, C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+assay+for+small+molecules+that+modulate+zebrafish+embryonic+heart+rate.">High-throughput assay for small molecules that modulate zebrafish embryonic heart rate.</a> Nature chemical biology. 1, 263-264 (2005).</li><li>Hao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+structure-activity+relationship+study+of+dorsomorphin+analogues+identifies+selective+VEGF+and+BMP+inhibitors.">In vivo structure-activity relationship study of dorsomorphin analogues identifies selective VEGF and BMP inhibitors.</a> ACS chemical biology. 5, 245-253 (2010).</li><li>Hong, C. C., Peterson, Q. P., Hong, J. Y., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artery/vein+specification+is+governed+by+opposing+phosphatidylinositol-3+kinase+and+MAP+kinase/ERK+signaling.">Artery/vein specification is governed by opposing phosphatidylinositol-3 kinase and MAP kinase/ERK signaling.</a> Curr Biol. 16, 1366-1372 (2006).</li><li>Milan, D. J., Peterson, T. A., Ruskin, J. N., Peterson, R. T., MacRae, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drugs+that+induce+repolarization+abnormalities+cause+bradycardia+in+zebrafish.">Drugs that induce repolarization abnormalities cause bradycardia in zebrafish.</a> Circulation. 107, 1355-1358 (2003).</li><li>Peterson, R. T., Link, B. A., Dowling, J. E., Schreiber, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecule+developmental+screens+reveal+the+logic+and+timing+of+vertebrate+development.">Small molecule developmental screens reveal the logic and timing of vertebrate development.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97, 12965-12969 (2000).</li><li>Yu, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dorsomorphin+inhibits+BMP+signals+required+for+embryogenesis+and+iron+metabolism.">Dorsomorphin inhibits BMP signals required for embryogenesis and iron metabolism.</a> Nature chemical biology. 4, 33-41 (2008).</li><li>Zon, L. I., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+drug+discovery+in+the+zebrafish.">In vivo drug discovery in the zebrafish.</a> Nature reviews. 4, 35-44 (2005).</li><li>Stern, H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+that+delay+S+phase+suppress+a+zebrafish+bmyb+mutant.">Small molecules that delay S phase suppress a zebrafish bmyb mutant.</a> Nature chemical biology. 1, 366-370 (2005).</li><li>Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+suppression+of+a+genetic+mutation+in+a+zebrafish+model+of+aortic+coarctation.">Chemical suppression of a genetic mutation in a zebrafish model of aortic coarctation.</a> Nature biotechnology. 22, 595-599 (2004).</li></ol>

När du planerar en zebrafisk-baserade kemiska skärmen, måste särskild uppmärksamhet ägnas åt den robusthet fenotyp i fråga och bakgrunden graden av sådan fenotyp. Detta är särskilt viktigt för skärmar för kemisk förtrycker en inducerad fenotyp. Till exempel för en fenotyp på grund av värme-chock induktion av en transgen, reproducerbart förutsättning att inducerar fenotyp måste vara exakt kartläggas före start skärmen för att undvika oacceptabelt höga falska positiva priser. Med noggrann planeri...

<ol><li> Minst 20 par vuxna zebrafisk av önskad genotyp. </li><li> Fisk nät, Avel tankar, med löstagbara innerbehållare och avdelare (akvatiska livsmiljöer). </li><li> Petriskålar (10 cm). </li><li> Plast tesil. </li><li> Sprutflaska containg embryo vatten. </li><li> Disponibel polyeten överföringspipetter. </li><li> Polystyren 96-väl rundbottnad analys plattor (Corning CoStar, Lowell, MA). </li><li> Glas pasteurpipett (Fisher Scientific). </li><li> Manuell pipett pump, 10 ml (Bel-Art Products, Pequannock, NJ). </li><li> E3 embryo medium: 5 mM NaCl, 0,17 mM KCl, 0,33 mM CaCl 2, 0,33 mM MgSO 4, som innehåller 0,003% PTU (phenylthio-karbamidperoxid, Sigma, St Louis, MO). PTU kan framställas som en 10x genom att lösa 0,3-g PTU i 1 l E3 embryo medier. Lösningar som innehåller PTU ska skyddas från ljus genom att täcka med aluminiumfolie. </li><li> 12-kanals pipetter 2-20 mikroliter (Eppendorf). </li><li> 12-kanals pipetter, 300-300 mikroliter (Eppendorf). </li><li> Disponibel polystyren pipett bassäng, 50 ml (Fisher Scientific). </li><li> Liten molekyl bibliotek av strukturellt olika föreningar klädd i en 96-WLL format vid 10 mm lager i DMSO. Varje befälhavare plattan är konstaterat i 96-håls plattor polypropylen lagring (Corning) och förvaras vid -80 ° C fram till användning. </li><li> Aluminium förseglingstejpen för plattor med 96 brunnar (Nunc, Rochester, NY). </li><li> DMSO (Sigma, St Louis, MO). </li><li> Grundläggande inkubator, 28,5 ° C (Fisher Scientific). </li><li> Stereomikroskop genomlysningsbas (Leica Microsystems, Bannockburn, IL). </li></ol>

large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen

Med tanke på deras lilla embryo storlek, snabb utveckling, öppenhet, fruktsamhet, och många molekylära, morfologiska och fysiologiska likheter med däggdjur, har zebrafisk framträtt som ett kraftfullt<em&gt; In vivo</em&gt; Plattform för fenotyp-baserade läkemedlet skärmar och kemiska genetisk analys. Här visar vi en enkel, praktisk metod för storskalig screening av små molekyler med hjälp av zebrafisk embryon.

Watch this Scientific Journal Video about Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen at JoVE.com

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebrafisk har framträtt som ett kraftfullt<em&gt; In vivo</em&gt; Plattform för fenotyp-baserade läkemedlet skärmar och kemiska genetisk analys. Här visar vi en enkel, praktisk metod för storskalig screening av små molekyler med hjälp av zebrafisk embryon.

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Småmolekylära skärm

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Storskaliga skärmar Metagenomic bibliotek

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Batch immunfärgning för storskaliga Protein Detection i hela Monkey Brain

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Isolering och storskalig expansion av vuxen människa Endothelial kolonibildande progenitorceller

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Efficient Derivation of Human Cardiac Precursors and Cardiomyocytes from Pluripotent Human Embryonic Stem Cells with Small Molecule Induction

Effektiv Derivering av mänskliga Hjärtat prekursorer och Cardiomyocytes från Pluripotenta mänskliga embryonala stamcellslinjer med liten molekyl Induktion

To date, the lack of a suitable human cardiac cell source has been the major setback in regenerating the human myocardium, either by cell-based ...

Small-scale Nuclear Extracts for Functional Assays of Gene-expression Machineries

Småskaliga nukleärextrakt för funktionella analyser av genuttryck maskinerier

A great deal of progress in understanding gene expression has been made using in vitro systems.  For most studies, functional assays are carried out using ...

High-throughput Screening for Small-molecule Modulators of Inward Rectifier Potassium Channels

High-throughput screening för små molekyler Modulatorer för aktiv kanaler Likriktare Kalium

Specific members of the inward rectifier potassium (Kir) channel family are postulated drug targets for a variety of disorders, including hypertension, ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium analys för Storskaliga SNP Genotyping Applications

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

En strategi för känsliga, storskaliga kvantitativa Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

A Manual Small Molecule Screen Approaching High-throughput Using Zebrafish Embryos

En handbok Small Molecule Screen Närmar hög kapacitet Använda Zebrafish embryon

Zebrafish have become a widely used model organism to investigate the mechanisms that underlie developmental biology and to study human disease pathology ...

Novel Production Protocol for Small-scale Manufacture of Probiotic Fermented Foods

Novel Produktions Protokoll för Småskalig Tillverkning av probiotiska fermenterade livsmedel

A novel dried bacterial consortium of Lactobacillus rhamnosus yoba 2012 and Streptococcus thermophilus C106 is cultured in 1 L of milk. This fresh starter ...