Name: large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen
Uploaded: 2010-12-30T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen at JoVE.com

1) Zebra balığı Yumurta Toplama <ol><li> Kimyasal ekran gün önce öğleden sonra, 10 ila 20 Zebra balığı üreme tankları kurdu. Her bir tank su ile yetiştiricilik sistemi doldurun. Bir balık ağı kullanarak, her bir yetiştirme tankında iç konteyner bir yetişkin erkek ve 01:59 yetişkin kadın aktarın. Bir bölücü ile erkek ve dişi balık birbirinden ayırın. Kafesleri Etiket ve üzerlerine bir kapak koydu. </li><li> Ekranın sabah, üreme tankları bölücüler kaldırmak ve çiftleşmek için zeb...

<ol>
	<li>Bayliss, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+modulation+of+receptor+signaling+inhibits+regenerative+angiogenesis+in+adult+zebrafish.">Chemical modulation of receptor signaling inhibits regenerative angiogenesis in adult zebrafish.</a> Nature chemical biology. 2, 265-273 (2006).</li><li>Burns, C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+assay+for+small+molecules+that+modulate+zebrafish+embryonic+heart+rate.">High-throughput assay for small molecules that modulate zebrafish embryonic heart rate.</a> Nature chemical biology. 1, 263-264 (2005).</li><li>Hao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+structure-activity+relationship+study+of+dorsomorphin+analogues+identifies+selective+VEGF+and+BMP+inhibitors.">In vivo structure-activity relationship study of dorsomorphin analogues identifies selective VEGF and BMP inhibitors.</a> ACS chemical biology. 5, 245-253 (2010).</li><li>Hong, C. C., Peterson, Q. P., Hong, J. Y., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artery/vein+specification+is+governed+by+opposing+phosphatidylinositol-3+kinase+and+MAP+kinase/ERK+signaling.">Artery/vein specification is governed by opposing phosphatidylinositol-3 kinase and MAP kinase/ERK signaling.</a> Curr Biol. 16, 1366-1372 (2006).</li><li>Milan, D. J., Peterson, T. A., Ruskin, J. N., Peterson, R. T., MacRae, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drugs+that+induce+repolarization+abnormalities+cause+bradycardia+in+zebrafish.">Drugs that induce repolarization abnormalities cause bradycardia in zebrafish.</a> Circulation. 107, 1355-1358 (2003).</li><li>Peterson, R. T., Link, B. A., Dowling, J. E., Schreiber, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecule+developmental+screens+reveal+the+logic+and+timing+of+vertebrate+development.">Small molecule developmental screens reveal the logic and timing of vertebrate development.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97, 12965-12969 (2000).</li><li>Yu, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dorsomorphin+inhibits+BMP+signals+required+for+embryogenesis+and+iron+metabolism.">Dorsomorphin inhibits BMP signals required for embryogenesis and iron metabolism.</a> Nature chemical biology. 4, 33-41 (2008).</li><li>Zon, L. I., Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+drug+discovery+in+the+zebrafish.">In vivo drug discovery in the zebrafish.</a> Nature reviews. 4, 35-44 (2005).</li><li>Stern, H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecules+that+delay+S+phase+suppress+a+zebrafish+bmyb+mutant.">Small molecules that delay S phase suppress a zebrafish bmyb mutant.</a> Nature chemical biology. 1, 366-370 (2005).</li><li>Peterson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+suppression+of+a+genetic+mutation+in+a+zebrafish+model+of+aortic+coarctation.">Chemical suppression of a genetic mutation in a zebrafish model of aortic coarctation.</a> Nature biotechnology. 22, 595-599 (2004).</li></ol>

Zebrafish bazlı kimyasal ekran planlama yaparken özellikle dikkat sağlamlık fenotip ve arka plan gibi fenotip oranı dikkate alınarak ödenmelidir. Bu kimyasal bastırıcılar kaynaklı bir fenotip ekranlar için özellikle önemlidir. Örneğin, bir transgen ısı-şok indüksiyon kaynaklanan bir fenotip, fenotipe neden olan durum tekrarlanabilir kabul edilemeyecek kadar yüksek yalancı pozitiflik oranları önlemek için tam ekran başlamadan önce eşlenmiş olmalıdır. Dikkatli bir planlama ile, mütevazı bi...

<ol><li> En az 20 çift istenilen genotip yetişkin zebrafish. </li><li> Balık ağları, Hayvancılık tankları, çıkarılabilir iç konteyner ve bölücüler (Aquatic Habitat). </li><li> Petri kapları (10 cm). </li><li> Plastik çay süzgeci. </li><li> Şişe containg embriyo su yıkayın. </li><li> Tek kullanımlık polietilen transferi pipetler. </li><li> Polistiren 96-iyi yuvarlak alt test plakaları (Corning Costar Lowell, MA). </li><li> Cam Pasteur pipeti (Fisher Scientific). </li><li> Manuel pipet pompası, 10 ml (Bel-Sanat Ürünleri, Pequannock, NJ). </li><li> E3 embriyo orta:% 0.003 PTU (phenylthio-karbamit, Sigma, St Louis, MO) içeren 5 mM NaCl, 0.17 mM KCl, 0.33 mM CaCl 2, 0.33 mM MgSO 4,. PTU 1 L E3 embriyo medya 0.3 g PTU eriterek 10x bir çözüm olarak hazırlanabilir. PTU içeren Çözümleri alüminyum folyo ile kaplayarak ışıktan korunmalıdır. </li><li> 12-kanallı pipetler, 2-20 mcL (Eppendorf). </li><li> 12-kanallı pipetler, 3-300 mcL (Eppendorf). </li><li> Tek kullanımlık polistiren pipet havzası, 50 ml (Fisher Scientific). </li><li> DMSO 10 mM stok az 96 wll formatında dizilmiş yapısal olarak farklı bileşiklerin küçük molekül kütüphanesi. Her ana plaka 96-iyi polipropilen depolama levhalar (Corning) aliquoted ve -80 ° C kullanana kadar saklanır. </li><li> Alüminyum (Nunc, Rochester, NY) 96-kuyucuğu için bant mühürleme. </li><li> DMSO (Sigma, St Louis, MO). </li><li> Temel inkübatör, 28.5 ° C (Fisher Scientific). </li><li> Iletilen ışık tabanı (Leica Microsystems, Bannockburn, IL) ile stereomikroskopta. </li></ol>

large scale zebrafish-based in vivo small molecule screen

, Küçük embriyo boyutu, hızlı bir gelişme, şeffaflık, doğurganlık ve memeliler için çok sayıda moleküler, morfolojik ve fizyolojik benzerlikleri göz önüne alındığında, zebrafish güçlü olarak ortaya çıkmıştır<em&gt; In vivo</em&gt; Fenotip tabanlı ilaç ekranları kimyasal ve genetik analiz platformu. Burada, küçük moleküller zebrafish embriyoları kullanılarak büyük ölçekli tarama için basit, pratik bir yöntem gösteriyor.

Watch this Scientific Journal Video about Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen at JoVE.com

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebra balığı güçlü olarak ortaya çıkmıştır<em&gt; In vivo</em&gt; Fenotip tabanlı ilaç ekranları kimyasal ve genetik analiz platformu. Burada, küçük moleküller zebrafish embriyoları kullanılarak büyük ölçekli tarama için basit, pratik bir yöntem gösteriyor.

Büyük Ölçekli Zebra balığı Tabanlı In vivo Küçük Molekül Ekran

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic Kütüphaneler Büyük Ölçekli Ekranlar

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Tüm Maymun Beyin Büyük Ölçekli Protein Algılama için Toplu immün

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

İzolasyon ve Büyük Ölçekli Genişleme Yetişkin İnsan Endotel Koloni Oluşturan Progenitör Hücreler

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Efficient Derivation of Human Cardiac Precursors and Cardiomyocytes from Pluripotent Human Embryonic Stem Cells with Small Molecule Induction

Küçük Molekül İndüksiyon Pluripotent İnsan Embriyonik Kök Hücreleri İnsan Kardiyak Öncüleri ve kardiyomiyositlerde Verimli türetilmesi

To date, the lack of a suitable human cardiac cell source has been the major setback in regenerating the human myocardium, either by cell-based ...

Small-scale Nuclear Extracts for Functional Assays of Gene-expression Machineries

Gen-ifadesi Makinaları Fonksiyonel Tahliller için Küçük ölçekli Nükleer ayıklar

A great deal of progress in understanding gene expression has been made using in vitro systems.  For most studies, functional assays are carried out using ...

High-throughput Screening for Small-molecule Modulators of Inward Rectifier Potassium Channels

İçte düzeltici Potasyum Kanallarının Küçük moleküllü Modülatörler için Yüksek throughput Eleme

Specific members of the inward rectifier potassium (Kir) channel family are postulated drug targets for a variety of disorders, including hypertension, ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Hassas, Büyük Ölçekli Kantitatif metabolomik için bir strateji

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

A Manual Small Molecule Screen Approaching High-throughput Using Zebrafish Embryos

Zebra balığı Embriyolar kullanılarak Yüksek verim Yaklaşıyor A Manuel Küçük Molekül Ekran

Zebrafish have become a widely used model organism to investigate the mechanisms that underlie developmental biology and to study human disease pathology ...

Novel Production Protocol for Small-scale Manufacture of Probiotic Fermented Foods

Probiyotik Fermente Gıdaların küçük ölçekli imalat için yeni Üretim Protokolü

A novel dried bacterial consortium of Lactobacillus rhamnosus yoba 2012 and Streptococcus thermophilus C106 is cultured in 1 L of milk. This fresh starter ...