Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

نود أن نشكر أعضاء معهد فانكوفر التحليلات البصرية (فيفا) لتقديم التعليقات والمشورة للمشروع. على وجه الخصوص ، نود أن نشكر جون الشبت ، برايان فيشر ، وDarvill ديفيد. نود أيضا أن نشكر أعضاء المختبر Kollmann لما قدموه من دعم ومناقشات مفيدة. وأيد هذا العمل في جزء من المعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية ، المعهد الوطني للصحة منح N01 AI50023 ؛ المنح NCE حساسية A1A 07 - 07 وB2B ؛ ومايكل سميث مؤسسة للبحوث الصحية. ويدعم TRK جزئيا على جائزة شهادة في العلوم الطبية الحيوية من إعلان صندوق بوروز ويلكوم من قبل المعاهد الكندية لأبحاث الصحة الكندية منح تدريبية في برنامج الصحة عالم الطفل الطبيب ، في شراكة مع أطفال المرضى ، مؤسسة الطفل والأسرة معهد بحوث ( كولومبيا البريطانية) ، والمرأة والطفل الصحة معهد بحوث (البرتا) ، ومانيتوبا معهد صحة الطفل.

1. استكشاف يستند التحليل على تابلوه <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لديك مجموعة البيانات وترغب في استكشاف العلاقات المختلفة بين الأعمدة داخل البيانات. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> (الشكل 1) استيراد ورقة العمل من خلال النقر على &quot;...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

أدى ظهور الإنتاجية العالية التكنولوجيا في البحوث الطبية الحيوية الحديثة في انفجار بيانات البحوث التي تتطلب طريقة أكثر فعالية من التحليل. تحليلات بصرية (VA) هو علم المنطق التحليلي ييسرها واجهات البصرية التفاعلية (1). نهج VA يستعيد السلطة التحليلية في يد المحلل الإنسان ،...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

وقد ظهرت تحليلات بصرية (VA) بوصفه وسيلة جديدة لتحليل بيانات كبيرة من خلال العرض المرئي التفاعلي. أثبتنا فائدة ومرونة نهج VA في تحليل قواعد البيانات البيولوجية. أمثلة من هذه المجموعات في علم المناعة وتشمل التدفق الخلوي ، والبيانات Luminex ، والتنميط الجيني (على سبيل المثال ، تعدد الأشكال النوكليوتيدات واحد) البيانات. خلافا لنهج المعلومات التصور التقليدي ، VA استعادة السلطة في أيدي تحليل المحلل المحلل بالسماح للانخراط في الوقت الحقيقي عملية التنقيب عن البيانات. اخترنا البرنامج VA دعا تابلوه بعد تقييم VA أدوات عدة. وقد برهنت على نوعين من التحليل تحليل المهام داخل وبين قواعد البيانات في عرض الفيديو باستخدام هذا النهج دعا تحليل المقترنة. تحليل مقترن ، على النحو المحدد في فرجينيا ، هو نهج التحليل الذي خبير VA أداة تعمل جنبا إلى جنب مع خبراء المجال أثناء التحليل. الخبير المجال هو ذاك الذي يدرك أهمية البيانات ، ويطلب من الأسئلة التي قد تعالج البيانات التي تم جمعها. الخبير أداة ثم يخلق تصورات للمساعدة على إيجاد أنماط في البيانات التي قد تجيب على هذه الأسئلة. على المدى القصير الفجوة الزمنية بين الجيل فرضية وعرض سريع للبيانات البصرية هي الميزة الرئيسية للنهج فرجينيا.

Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

تحليلات بصرية (VA) هو نهج جديد من تحليل البيانات بشكل تفاعلي. في هذا الفيديو ، نناقش مشكلة الزائد البيانات الناتجة عن الإنتاجية العالية التجارب البيولوجية ، واقتراح VA كحل لمشكلة من هذا القبيل. شريط الفيديو يظهر تحليل داخل وبين مجموعات البيانات المناعية باستخدام أداة تسمى VA تابلوه.

تيسير تحليل البيانات مناعية مع التقنيات التحليلية البصرية

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

تسهيل اكتشاف المخدرات: مؤتمتة فحص التهاب عالية المحتوى في الزرد

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

تصور من قبل المناعية المشبك المزدوج اللون التوقيت بوابات-الانبعاث المستحث استنفاد (STED) Nanoscopy

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

نموذج الخلايا البطانية مستو التصوير المناعية سنبس حيوية

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

تحليل الخلايا الليمفاوية التسرب باستخدام<em&gt; في المختبر</em&gt; نموذج من الدم في الدماغ الإنسان الحاجز

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

اكسسيت: واجهة مستخدم رسومية لتبسيط تحليل البيانات الخلوي عالية ثلاثي الأبعاد

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

الجمع بين تحليل للحمض النووي في مجال استخراج النفط خام Virion بتحليل الحمض النووي الريبي من الأوراق المصابة اكتشاف جينومات الفيروس الجديد

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

الاستخدام التكميلي للتقنيات المجهرية والقراءة الفلورية في دراسة تفاعلات Cryptococcus-Amoeba

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

أوبسونوفاجوسيتيك قتل المقايسة لتقييم الاستجابات المناعية ضد مسببات الأمراض البكتيرية

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

تطبيق اضطرابات متناسقة تشبه التدليك على عجول الماوس ومراقبة التغيرات الناتجة عن الضغط العضلي العضلي

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

وظيفية من القوة الذرية مجهر Cantilevers مع خلايا واحدة تي أو الجسيمات واحدة لالمناعية أحادية الخلية قوة مطيافية

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...