Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

We willen graag de leden van Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) bedanken voor het aanbieden van commentaar en advies voor het project. In het bijzonder, willen we John Dill, Brian Fisher, en David Darvill bedanken. Wij zouden ook graag de leden van de Kollmann lab bedanken voor hun steun en nuttige discussies. Dit werk werd mede ondersteund door de Nationale Instituut voor Allergie en Infectieziekten, National Institute of Health Grant N01 AI50023; allergenen NVU Subsidies 07-A1A en 07-B2B, en de Michael Smith Foundation for Health Research. TRK wordt gedeeltelijk ondersteund door een Career Award in de Biomedische Wetenschappen van de Burroughs Wellcome Fund advertentie door een Canadese Institutes for Health Research Training Grant in de Canadese Child Health Clinician Scientist Program, in samenwerking met Sick-Kids Foundation, Kind en Gezin Research Institute ( British Columbia), vrouwen en kinderen&#39;s Health Research Institute (Alberta), en Manitoba Institute of Child Health.

1. Verkenning op basis van analyse over Tableau <ol><li> Je hebt een dataset en u wilt de verschillende relaties tussen de kolommen in de gegevens te verkennen. <ol><li> (Figuur 1) Importeer de dataset door te klikken op &#39;Verbinding maken met gegevens&#39;. Kies de gegevensbron type en volg de instructies om uw dataset te importeren. </li><li> (Figuur 1) Zorg ervoor dat de afmetingen plank categorische kolommen bevat, terwijl de maatregelen die plank bevat numerieke kolommen van uw dataset. Soms is een dimensie ko...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

De komst van high-throughput technologie in moderne biomedisch onderzoek leidde tot een explosie van het onderzoek gegevens die een meer efficiënte manier van analyse vereist. Visuele analyses (VA) is de wetenschap van het analytisch denken vergemakkelijkt door interactieve visuele interfaces (1). De VA aanpak herstelt de analytische macht in de handen van de menselijke analist, in tegenstelling tot de traditionele aanpak om patronen te ontdekken via de computer. Visuele analyses is toegepast voor onderzoek op verschil...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Visuele analyses (VA) is ontstaan ​​als een nieuwe manier om grote dataset te analyseren door middel van interactieve visuele weergave. We hebben laten zien het nut en de flexibiliteit van een VA aanpak in de analyse van biologische datasets. Voorbeelden van deze datasets in de immunologie zijn flowcytometrie, Luminex gegevens, en genotypering (bv, single nucleotide polymorfisme) gegevens. In tegenstelling tot de traditionele informatie visualisatie aanpak, VA herstelt de analyse macht in de handen van analist doordat de analist om deel te nemen in real-time data exploratie verwerken. We hebben gekozen voor de VA software genaamd Tableau na evaluatie van verschillende VA tools. Twee soorten analyses taken analyse binnen en tussen de datasets werden aangetoond in de video-presentatie met behulp van een aanpak genaamd gekoppeld analyse. Gepaarde analyse, zoals gedefinieerd in VA, is een analyse benadering waarbij een VA hulpmiddel expert side-by-side werkt met een domein expert tijdens de analyse. Het domein expert is degene die begrijpt de betekenis van de gegevens, en verzoekt de vragen die de verzamelde gegevens zou kunnen pakken. De tool expert maakt vervolgens visualisaties te helpen bij het vinden van patronen in de gegevens die zouden kunnen deze vragen beantwoorden. De korte lag-tijd tussen de hypothese generatie en de snelle visuele weergave van de gegevens is het belangrijkste voordeel van een VA aanpak.

Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Visuele analyses (VA) is een nieuwe benadering van het analyseren van gegevens interactief. In deze video bespreken we de data overload probleem veroorzaakt door high-throughput biologische experimenten, en stellen VA als een oplossing voor dergelijke problemen. De video toont analyse binnen en tussen de immunologische datasets met behulp van een tool genaamd VA Tableau.

Het vergemakkelijken van de Analyse van de immunologische gegevens met Visual analytische technieken

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Faciliteren Drug Discovery: een geautomatiseerde high-content Ontsteking Assay in de zebravis

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Visualisatie van de immunologische Synapse door Dual Color Time-gated stimulated emission depletion (STED) Nanoscopy

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Een endotheliale Planar Cell Model for Imaging Immunologische Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analyse van lymfocyt extravasatie gebruik van een<em&gt; In Vitro</em&gt; Model van het menselijk bloed-hersenbarrière

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Een grafische gebruikersinterface voor het stroomlijnen van de analyse van High-dimensionale Cytometry gegevens

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Het combineren van de analyse van DNA in een ruwe Virion extractie met de analyse van RNA van besmette bladeren om te ontdekken van nieuwe Virus Genomes

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Aanvullend gebruik van microscopische technieken en fluorescentie lezen in het bestuderen van interacties Cryptococcus-amoeba

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic doden Assay te beoordelen van de immunologische reacties tegen bacteriële pathogenen

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Toepassing van consistente massage-achtige perturbaties op muis kalveren en het monitoren van de resulterende intramusculaire drukveranderingen

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Functionalisatie van atomaire kracht Microscoop Cantihefbomen met single-T cellen of één deeltje voor immunologische eencellige kracht spectroscopie

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...