Name: facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques
Uploaded: 2011-01-02T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Мы хотели бы поблагодарить членов Ванкувере Институт визуальных Analytics (VIVA) для предоставления замечаний и советов для проекта. В частности, мы хотели бы поблагодарить Джона Укроп, Брайан Фишер, и Дэвид Дарвилл. Мы также хотели бы поблагодарить членов Кольман лаборатории за поддержку и полезные обсуждения. Эта работа была выполнена при частичной поддержке Национального института аллергии и инфекционных заболеваний, Национальный институт здравоохранения грант N01 AI50023; аллергена NCE гранты 07-A1A и 07-B2B, а также Майкл Смит фонда исследований в области здравоохранения. ТРК поддерживается частично Карьера премии в области биомедицинских наук в объявлении Burroughs Wellcome Фонда канадских институтов охраны здоровья подготовки научных кадров Грант в канадском детского здоровья Клиницист Ученый программы в партнерстве с больничных Детский фонд, семьи и ребенка-исследовательского института ( Британская Колумбия), Женщины и здоровье детей Научно-исследовательского института (Альберта), и Манитоба Института детского здоровья.

1. Исследование основе анализа на Tableau <ol><li> У вас есть набор данных, и вы хотите, чтобы изучить различные отношения между столбцами в данных. <ol><li> (Рис. 1) Импорт данных, нажав на &quot;Подключение к данным&quot;. Выберите тип источника данных и следуйте инструкциям, чтобы импортировать набор д?...

<ol>
	<li>Thomas, J., Cook, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+the+Path:+The+Research+and+Development+Agenda+for+Visual+Analytics.">Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics.</a> , (2005).</li><li>Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guided+Analysis+of+Hurricane+Trends+Using+Statistical+Processes+Integrated+with+Interactive+Parallel+Coordinates.">Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates.</a> IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).</li><li>Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Insight-Based+Longitudinal+Study+of+Visual+Analytics.">An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics.</a> IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).</li><li>Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neonatal+innate+TLR-mediated+responses+are+distinct+from+those+of+adults.">Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults.</a> J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).</li></ol>

Появление высокопроизводительных технологий в современных биомедицинских исследований привели к взрыву данные исследования, которое требует более эффективный способ анализа. Визуальный аналитики (VA) это наука о аналитического мышления способствует интерактивных визуальных интерф...

facilitating the analysis of immunological data with visual analytic techniques

Визуальный аналитики (VA) появился как новый способ анализа больших наборов данных с помощью интерактивного визуального отображения. Мы показали полезность и гибкость В. А. подход в анализе биологических данных. Примерами таких данных в иммунологии включают проточной цитометрии, Luminex данных и генотипирование (например, одиночных нуклеотидных полиморфизма) данных. В отличие от традиционного подхода визуализации информации, В. А. восстанавливает анализ власти в руках аналитика, позволяя аналитикам заниматься в режиме реального времени процесс исследования данных. Мы выбрали программное обеспечение под названием В. А. Таблицы после оценки нескольких В. А. инструментов. Два вида анализа задач анализа внутри и между наборами данных были продемонстрированы в видео-презентации с использованием подхода, называемого парного анализа. Парный анализ, как это определено в В.А., является анализ подход, при котором В. А. эксперта инструмент работает бок о бок с эксперт предметной области во время анализа. Эксперт предметной области является тот, кто понимает значение данных и задает вопросы, что собранные данные могли бы решить. Инструмент Эксперт затем создает визуализацию, чтобы помочь найти закономерности в данных, которые могли бы ответить на эти вопросы. Короткий промежуток времени между поколения гипотезы и быстрого визуального отображения данных является основным преимуществом В. А. подход.

Watch this Scientific Journal Video about Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques at JoVE.com

Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques

Визуальный аналитики (VA) представляет собой новый подход анализа данных в интерактивном режиме. В этом видео, мы обсуждаем проблемы перегрузки данных вызванные высокой пропускной биологические эксперименты, и предложить В.А. в качестве решения такой проблемы. Видео показывает анализ внутри и между наборами данных иммунологических использованием В. А. инструмент под названием таблицы.

Содействие Анализ иммунологических данных с визуальными Аналитические методы

Visual analytics (VA) has emerged as a new way to analyze large dataset through interactive visual display. We demonstrated the utility and the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Facilitating Drug Discovery: An Automated High-content Inflammation Assay in Zebrafish

Содействие Drug Discovery: Автоматизированные высокого содержания воспаление Анализ в данио рерио

Zebrafish larvae are particularly amenable to whole animal small molecule screens1,2 due to their small size and relative ease of manipulation and ...

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion (STED) Nanoscopy

Visualization of the Immunological Synapse by Dual Color Time-gated Stimulated Emission Depletion STED Nanoscopy

Визуализация иммунологических синапсов на двойной цвет времени закрытого вынужденного излучения истощения (STED) Наноскопия

Natural killer cells form tightly regulated, finely tuned immunological synapses (IS) in order to lyse virally infected or tumorigenic cells. Dynamic ...

An Endothelial Planar Cell Model for Imaging Immunological Synapse Dynamics

Эндотелиальных клеток Planar Модель для работы с изображениями иммунологии Synapse Dynamics

Adaptive immunity is regulated by dynamic interactions between T cells and antigen presenting cells (&#39;APCs&#39;) referred to as &#39;immunological ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Анализ лимфоцитов экстравазации спользование<em&gt; In Vitro</em&gt; Модель человеческого гематоэнцефалический барьер

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...

ExCYT: A Graphical User Interface for Streamlining Analysis of High-Dimensional Cytometry Data

ExCYT: Графический интерфейс пользователя для упорядочения анализ высокого мерных данных цитометрии

With the advent of flow cytometers capable of measuring an increasing number of parameters, scientists continue to develop larger panels to phenotypically ...

Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes

Объединяя анализ ДНК в добыче сырой вириона с анализом РНК от зараженных листьев, чтобы обнаружить новый вирус геномов

This metagenome approach is used to identify plant viruses with circular DNA genomes and their transcripts. Often plant DNA viruses that occur in low ...

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Complementary Use of Microscopic Techniques and Fluorescence Reading in Studying Cryptococcus-Amoeba Interactions

Дополнительное использование микроскопических методов и флуоресценции Чтение в изучении Cryptococcus-Amoeba Взаимодействия

To simulate Cryptococcus infection, amoeba, which is the natural predator of cryptococcal cells in the environment, can be used as a model for ...

Opsonophagocytic Killing Assay to Assess Immunological Responses Against Bacterial Pathogens

Opsonophagocytic убийства Assay оценить иммунологические реакции против бактериальных патогенов

A key aspect of the immune response to bacterial colonization of the host is phagocytosis. An opsonophagocytic killing assay (OPKA) is an experimental ...

Application of Consistent Massage-Like Perturbations on Mouse Calves and Monitoring the Resulting Intramuscular Pressure Changes

Применение последовательных массаж-как Пертурбации на мышителях и мониторинг результирующих внутримышечных изменений давления

Massage is generally recognized to be beneficial for relieving pain and inflammation. Although previous studies have reported anti-inflammatory effects of ...

Functionalization of Atomic Force Microscope Cantilevers with Single-T Cells or Single-Particle for Immunological Single-Cell Force Spectroscopy

Функционализация атомной силы Микроскоп Кантилеверс с одно-T-клеток или одночастицы для иммунологической одноклеточной силы спектроскопии

Atomic force microscopy based single cell force spectroscopy (AFM-SCFS) is a powerful tool for studying biophysical properties of living cells. This ...