Name: development of a negative selectable marker for entamoeba histolytica
Uploaded: 2010-12-12T17:30:00
Duration: 6 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica at JoVE.com

Biz Dr. Philippe Erbs FCU1 gen dizisi ile sunduğunuz için teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, Ulusal Sağlık Enstitüsü, hibe AI 26.649 tarafından desteklenen oldu.

1. Entamoeba histolytica FCU Negatif Seçim Sistemi <ol><li> Vektör kontrol hattı (HM1 / pKT3M) ve deneysel hattı (HM1/pKT3M-FCU1), daha önce açıklanan teknikler 1,2 üretildi . Tohum T-25 ölçülü balona stok tüpleri çalışma altında hatları ve TYI-S-33, 3 orta uygun antibiyotik (12 mg / ml G418) ekleyerek seçimi korumak . Matara 37 büyüme 16-18 saat sonra% 70-80 konfluent olmalıdır ° C </li><li> Sıcak TYI-S-33 orta, 5-florositozin (5-FC, Sigma) taze bir 50mm stok solüsyonu hazırlayın. Vortex titizlikle birkaç dakika için tamamen çözmek için 5-FC. Filtre sterilize filtresi 0.22 mikron geçirilerek stok solüsyonu. </li><li> 3-5 dakika buz üzerinde şişeler yerleştirerek ve oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 200xg santrifüj hücreleri toplamak Hasat trofozoitleri. Taze TYI orta pelletini tekrar ve hücreleri saymak. </li><li> Tipik bir deney tasarımı, son hacim 1 ml 48 plaka başına 0.5 x 10 4 hücreleri kullanır; ve her bir test durumu için üç nüsha tekrarlar . Buna ek olarak, floresan ölçümleri kolaylaştırmak için, her zaman noktası başına suşu için ayrı bir plaka kullanılır. </li><li> Her test 5-FC, konsantrasyon, üç nüsha halinde de her Tohum 0.5 x 10 4 hücreler. TYI orta antibiyotik seçimi basınç koruyun. Şimdi 5-FC stok solüsyonu ve her kuyuya trofozoitleri gereken miktarda ekleyebilirsiniz. </li><li> 37, anaerobik bir torba içinde tabak inkübe ° C </li></ol> 2. Seçim Verimliliğinin Belirlenmesi <ol><li> 2 mg / ml DMSO Hücre tracker yeşil CMFDA (Invitrogen) stok solüsyonu hazırlayın. Çalışma çözeltisi, stok serum serbest TYI ortamda 1000 kat sulandırmak yapmak için. </li><li> Orta trophozoite kültür plakaları tamamen kaldırın ve 150 mcL serum serbest TYI içeren CMFDA ile değiştirin. Devam az 37 inkübasyon ° C 1 saat. </li><li> Kuyulardan boya çözüm çıkarın ve SPECTRAmax M2 mikroplaka spectrofluorometer plaka okuma. Dalgaboyu 492 nm dalga boyunda ve 517 nm okuma floresans emisyon olmalıdır. </li><li> Test transfektanları karşı kontrol hücreleri için floresan değerleri karşılaştırın. </li><li> Her bir zaman aralığı plakaları okumaya devam edin. Her plaka uygun pozitif (TYI sadece) ve negatif (25 mg / ml hygromycin) kontrol kuyuları kullanın. </li></ol> 3. Temsilcisi Sonuçlar E. histolytica transfektanları kodon optimize edilmiş rekombinant FCU1 (Şekil 1) sağlam bir ifade gösterdi. Bu protokol E. seçici eleme sonuçları doğru takip edildiğinde 0.5 mM 5-florositozin varlığı FCU1 ifade histolytica hücreleri. Kontrol hücreleri, aksine 5-FC, 5 mM konsantrasyonu normalde kadar büyüyebilir ve 72 ve 96 saatleri arasında izdiham ulaşmak devam (Şekil 2-a). Tedavi edilen kuyuların bir mikroskop altında incelendi 48 saat FCU1 taşıyan hücreleri tamamen parçalanmış. Bunlar da örnekleri çok sayıda (Şekil 2-b) içeren kantitatif çalışmalarda kullanılan hayati, boya CMFDA ile boyanarak floresan azalma gösterir. FCU1/5-FC sistemi E. için etkili ve güçlü bir negatif seçim aracı histolytica trofozoitleri. <img src="/files/ftp_upload/2410/2410fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1. E. Üretimi negatif seçilebilir işaretleyici ifade histolytica HM1 transfektanları (A) FCU1 rekombinant protein, anti-c Myc antikor (üst panel) kullanarak bir western blot tespit edildi . Beklendiği gibi, bir 42kDa bant değil sadece vektör kontrolü transfektanları FCU transfektanlarından toplam lizat (bir ok ile gösterilen) tespit edilebilir. Alt panel aynı leke yükleme kontrolü gibi anti aktin antikor probed gösterir. (B) kantitatif gerçek zamanlı PCR Sonuçları lgl4 kontrol etmek için normalize FCU1 spesifik mRNA ifadesi gösteriyor. <img src="/files/ftp_upload/2410/2410fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> E. Şekil 2 in vitro ilaç duyarlılığı negatif seçilebilir işaretleyici ifade histolytica transfektanları (A) kontrol transfektanları ve (b) FCU1 ifade transfektanları 48 plaka kültür sağkalım eğrileri. Hücreleri artan konsantrasyonlarda varlığı yetiştiği prodrogu-5-florositozin; X-ekseni üzerinde gösterilir hücre sağkalım CMFDA boyama ile her bir zaman aralığı belirlendi. Y ekseni floresan birimleri temsil eder ve hücrenin hayatta kalan nüfusun doğrudan bir yansımasıdır. FCU1 ifade transfektanları 0.5mm prodrogu konsantrasyon, kontrol ile karşılaştırıldığında önemli bir duyarlılık gösterdiğini dikkat ediniz. Hücreleri com bu kuyulardan 120h zaman noktasında gözlendiilgili kontrol kuyuları (veriler gösterilmemiştir) mikroskop altında görülen konfluent büyüme için hazırlandık. Higro negatif kontrol olarak kullanılan 25μg / ml hygromycin gösterir.

<ol>
	<li>Olvera, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+transfection+of+Entamoeba+histolytica+trophozoites+by+lipofection.">Stable transfection of Entamoeba histolytica trophozoites by lipofection.</a> Arch. Med. Res. , 49-51 (1997).</li><li>Saito-Nakano, Y., Yasuda, T., Nakada-Tsukui, K., Leippe, M., Nozaki, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rab5-associated+vacuoles+play+a+unique+role+in+phagocytosis+of+the+enteric+protozoan+parasite+Entamoeba+histolytica.">Rab5-associated vacuoles play a unique role in phagocytosis of the enteric protozoan parasite Entamoeba histolytica.</a> J. Biol. Chem. 279, 49497-49507 (2004).</li><li>Diamond, L. S., Harlow, D. R., Cunnick, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+medium+for+the+axenic+cultivation+of+Entamoeba+histolytica+and+other+Entamoeba.">A new medium for the axenic cultivation of Entamoeba histolytica and other Entamoeba.</a> Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 72, 431-432 (1978).</li><li>Clark, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Anaerobic parasitic protozoa : genomics and molecular biology. , (2010).</li><li>Linford, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Short+hairpin+RNA-mediated+knockdown+of+protein+expression+in+Entamoeba+histolytica.">Short hairpin RNA-mediated knockdown of protein expression in Entamoeba histolytica.</a> BMC Microbiol. 9, 38-38 (2009).</li><li>Solis, C. F., Guill&#233;n, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silencing+genes+by+RNA+interference+in+the+protozoan+parasite+Entamoeba+histolytica.">Silencing genes by RNA interference in the protozoan parasite Entamoeba histolytica.</a> Methods Mol. Biol. 442, 113-128 (2008).</li><li>Solis, C. F., Santi-Rocca, J., Perdomo, D., Weber, C., Guill&#233;n, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bacterially+expressed+dsRNA+to+downregulate+Entamoeba+histolytica+gene+expression.">Use of bacterially expressed dsRNA to downregulate Entamoeba histolytica gene expression.</a> PLoS ONE. 4, e8424-e8424 (2009).</li><li>MacFarlane, R. C., Singh, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+dsRNA-based+gene+silencing+in+Entamoeba+histolytica:+implications+for+approaches+to+genetic+analysis.">Loss of dsRNA-based gene silencing in Entamoeba histolytica: implications for approaches to genetic analysis.</a> Exp. Parasitol. 119, 296-300 (2008).</li><li>Dhar, S. K., Vines, R. R., Bhattacharya, S., Petri, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+DNA+fragments+enhance+the+stability+of+transfected+DNA+in+Entamoeba+histolytica.">Ribosomal DNA fragments enhance the stability of transfected DNA in Entamoeba histolytica.</a> J. Eukaryot. Microbiol. 45, 656-660 (1998).</li><li>Erbs, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+cancer+gene+therapy+by+adenovirus-mediated+transfer+of+a+bifunctional+yeast+cytosine+deaminase/uracil+phosphoribosyltransferase+fusion+gene.">In vivo cancer gene therapy by adenovirus-mediated transfer of a bifunctional yeast cytosine deaminase/uracil phosphoribosyltransferase fusion gene.</a> Cancer Res. 60, 3813-3822 (2000).</li><li>Braks, J. A. M., Franke-Fayard, B., Kroeze, H., Janse, C. J., Waters, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+positive-negative+selectable+marker+system+for+use+in+reverse+genetics+in+Plasmodium.">Development and application of a positive-negative selectable marker system for use in reverse genetics in Plasmodium.</a> Nucleic Acids Res. 34, e39-e39 (2006).</li><li>Maier, A. G., Braks, J. A. M., Waters, A. P., Cowman, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Negative+selection+using+yeast+cytosine+deaminase/uracil+phosphoribosyl+transferase+in+Plasmodium+falciparum+for+targeted+gene+deletion+by+double+crossover+recombination.">Negative selection using yeast cytosine deaminase/uracil phosphoribosyl transferase in Plasmodium falciparum for targeted gene deletion by double crossover recombination.</a> Mol. Biochem. Parasitol. 150, 118-121 (2006).</li></ol>

Bu video üretimi Bu makalede kullanılan bazı reaktifler üreten Sigma Aldrich, Inc tarafından sponsor oldu.

Entamoeba moleküler biyoloji araçları önemli gelişmeler olmasına rağmen genler 4 silmek veya bozmak için hiçbir geçerli yöntemleri vardır. Gen belirli ifade demonte küçük saç tokası RNA&#39;lar RNA 6 müdahale 5, kullanımı sağlanır ve bakteriyel ifade dsRNA 7 olmuştur. Ilgili hedef genlerin etkili Ancak bu yöntemler, pahalı kimyasalların, antibiyotiklere karşı sürekli seçimi ve zaman içinde meydana gelen reversion yüksek insidansı (Alicia Linford, kişisel iletişim) 8 nedeniyle sürekli doğrulama için ihtiyaç kullanımı da dahil olmak üzere çeşitli sınırlamalar var . DNA replikasyonu 9 kökeni için sıraya gereksinimi görünüşte yok gibi herhangi bir plazmid Entamoeba çoğaltmak, böylece bir kez transfekte, genellikle plazmid tedavi etmek zordur. Bu rekombinasyon ve gen nakavt deneylerde sağlam plazmid olası kullanımını sınırlar. Negatif seçim işaretleri rekombinant alt popülasyonlar ortadan kaldırmak için kullanılabildiği gibi yöntemler hedef geninin anahtar bileşenleri. Biz başarılı bir kodon ifade Entamoeba histolytica FCU1 gen optimize edilmiş ve potansiyel olumsuz seçilebilir marker olarak test edilmiştir. Bu gen füzyon, insan tümör hücreleri intihar gen terapisi için kullanılan ve RNA ve DNA sentezi 10 inhibisyonu sonucu toksik aşağı ürünler haline prodrogu 5-FC metabolize olmuştur . FCU1 son zamanlarda, başka bir protozoon parazit Plasmodium olumsuz bir seçilebilir marker olarak kullanılır olmuştur. FCU1 ifade Plasmodium berghei hücreleri 5-FC ile in vitro ve in vivo tedavisinde prodrogu yaklaşık 1000 kat daha duyarlı olduğu tespit edildi,% 99.9 &#39;u öldürdü 11 sıtma eritrosit aşamalı bir fare modelinde rekombinant parazitlerin bulaşmasını E. FCU1 ifade histolytica hücreleri P. gözlenen hassasiyeti aksine prodrogu 5-FC, sadece 30 kat artmış duyarlılık gösterdi berghei. Bunun için olası nedenleri toksik metabolitleri ile rekabet büyüme orta nükleotidlerin büyük havuz olabilir. P. hem berghei ve P. falciparum FCU1 işaretleyici hedef gen bozulması kullanılmıştır. çalışmalar 11,12. Biz homolog rekombinasyon kullanarak Entamoeba genom işlemek için hedefliyoruz. FCU1/5-FC negatif seçim sistemi doğrulama, bu amaca yönelik önemli bir adım.

<table border="1">
<tr>
<td>Material Name</td>
<td>Type</td>
<td>Company</td>
<td>Catalogue Number</td>
<td>Comments</td>
</tr>
<tr>
<td>TYI-S-33 medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ATCC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Reference included in the text</td>
</tr>
<tr>
<td><a href="http://www.sigmaaldrich.com/catalog/ProductDetail.do?lang=en&N4=F7129|SIGMA&N5=SEARCH_CONCAT_PNO|BRAND_KEY&F=SPEC">5-Fluorocytosine</a></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>F7129</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cell tracker green CMFDA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>C2925</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Spectra Max M2 plate-reader</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		
</table>

development of a negative selectable marker for entamoeba histolytica

Entamoeba histolytica amebiyazis etkeni ve dünya nüfusunun% 10 kadar bozar. Gen ekspresyonu yukarı ve aşağı düzenleme etkin moleküler teknikler stabil bir şekilde devam plazmid transfeksiyon güveniyor. Bu Entamoeba virülans faktörleri anlayışımız artış varken, kapasite eksojen DNA genomu içine ters genetik deneyler, bu parazitin çalışmada önemli bir avantaj olacaktır sağlayacak entegre etmek. Bu organizma tarafından sunulan zorluklar homolog rekombinasyon olayları ve transfekte trofozoitleri episomal plazmid DNA tedavi zorluk seçmek için yetersizlik içermektedir. Eksojen DNA, iyi niyetli bir genomik entegrasyon olay meydana geldi trofozoitleri belirlenmesi önemli bir sorun yüksek bir arka planda daha sonra sonuçlanır. Biz olumsuz bir seçim sistemi, bir maya sitozin deaminaz ve urasil prodrogu 5-florositozin (5-FC) fosforibozil transferaz Chimera (FCU1) ve seçim transgenik ifade dayalı gelişme raporu. FCU1 enzim toksik 5-fluorourasil ve 5-fluorouridin-5&#39;-monofosfat E. toksik olmayan, 5-FC dönüştürür FCU1 ifade histolytica hatları 30 kat prodrogu kontrol suşu göre daha duyarlı olduğu tespit edildi.

Watch this Scientific Journal Video about Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica at JoVE.com

Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica

Biz olumsuz bir seçim sisteminin gelişme raporu<em&gt; E. histolytica</em&gt; Transgenik kimerik protein ekspresyonu (FCU1) ve prodrogu 5-florositozin seçimi dayalı. FCU1 protein, maya sitozin deaminaz ve phosphoribosyltransferase urasil bir füzyon. FCU1, İfade sonuçlandı<em&gt; E. histolytica</em&gt; 5-florositozin karşı duyarlılık.

Negatif Seçilebilir Marker Geliştirme Entamoeba histolytica</em

Entamoeba histolytica is the causative agent of amebiasis and infects up to 10% of the world's population. The molecular techniques that have enabled the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 (Ehmeth) Enzyme

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 Ehmeth Enzyme

Entamoeba histolytica DNA ve tRNA Metiltransferaz Dnmt2 (Ehmeth) Enzim ile in vitro tRNA Metilasyon Testi

Protozoan parasites are among the most devastating infectious agents of humans responsible for a variety of diseases including amebiasis, which is one of ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Examination of Thymic Positive and Negative Selection by Flow Cytometry

Akım Sitometri tarafından Timik Pozitif ve Negatif Seçim incelenmesi

A healthy immune system requires that T cells respond to foreign  antigens while remaining tolerant to self-antigens. Random rearrangement of the  T cell ...

Using Click Chemistry to Measure the Effect of Viral Infection on Host-Cell RNA Synthesis

Ana-Hücre RNA sentezi üzerinde Viral Enfeksiyon Etkisi Tedbir tıklayın Kimya Kullanımı

Many RNA viruses have evolved the ability to inhibit host cell transcription as a means to circumvent cellular defenses. For the study of these viruses, ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanılarak kan kültür besi yerinden, Gram negatif bakterilerin hızlı belirlenmesi

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Analysis of the Epithelial Damage Produced by Entamoeba histolytica Infection

Analysis of the Epithelial Damage Produced by Entamoeba histolytica Infection

Yapımcı Epitel Hasar Analizi<em&gt; Entamoeba histolytica</em&gt; Enfeksiyon

Entamoeba histolytica is the causative agent of human amoebiasis, a major cause of diarrhea and hepatic abscess in tropical countries. Infection is ...

Detection of Human Leukocyte Antigen Biomarkers in Breast Cancer Utilizing Label-free Biosensor Technology

Etiket-ücretsiz Biyosensör Teknolojisi kullanılması Meme Kanserinde İnsan Lökosit Antijen BİYOMARKÖRLERİN Algılama

According to the American Cancer Society, more than 200,000 women will be diagnosed with invasive breast cancer each year and approximately 40,000 will ...

Visualizing the Effects of Sputum on Biofilm Development Using a Chambered Coverglass Model

Bir odacıklı coverglass Modeli Kullanılarak Biyofilm Kalkınma Sputum Etkilerinin görselleştirme

Biofilms consist of groups of bacteria encased in a self-secreted matrix. They play an important role in industrial contamination as well as in the ...

Development of a Hepatitis B Virus Reporter System to Monitor the Early Stages of the Replication Cycle

Bir Hepatit B Virüsü Muhabir Sisteminin Geliştirilmesi Çoğaltma Döngüsü Erken Aşamaları Monitör

Currently, it is possible to construct recombinant forms of various viruses, such as human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) and hepatitis C virus (HCV), ...

Utilization of Capsules for Negative Staining of Viral Samples within Biocontainment

Viral Örneklerin Negatif Boyanması İçin Kapsüllerin Biyokontainment İçerisinde Kullanımı

Transmission electron microscopy (TEM) is used to observe the ultrastructure of viruses and other microbial pathogens with nanometer resolution. Most ...

Simultaneous Distinction of Monospecific and Mixed DFS70 Patterns During ANA Screening with a Novel HEp-2 ELITE/DFS70 Knockout Substrate

Monospecific ve karışık DFS70 desen bir roman hepatit-2 ELITE/DFS70 nakavt substrat ile birlikte ANA tarama sırasında eşzamanlı ayrım

Systemic autoimmune connective tissue disorders are characterized by circulating antinuclear antibodies (ANA). Although there are several technologies ...