Name: chromatin immunoprecipitation from dorsal root ganglia tissue following axonal injury
Uploaded: 2011-07-20T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Dorsal Root Ganglia Tissue following Axonal Injury at JoVE.com

Vi vill tacka Andrea Tedeschi för hjälp med att den inledande ChIP experiment i laboratorium och Ricco Lindner för hans bidrag till att finjustera villkoren för Chip. Detta arbete stöddes av Hertie stiftelsen, Fortune Grant, universitetet i Tübingen, och DFG DI 1497/1-1 bidrag (alla beviljas Simone Di Giovanni).

1. Ischias och rygg kolumnen nervskada <ol><li> Djuret är placerad på en kirurgisk handduk och under den en thermopad är närvarande under hela förfarandet att hålla kroppstemperaturen på musen vid 37 ° C. Alla djur bedövas för kirurgi med ett kontinuerligt isofluran / O 2 förvaltningen. Kirurgiska instrument autoklaveras innan förfarandet. </li><li> För ischiasnerven skada, är båda bakbenen omsorgsfullt rakad, och epilering avslutas med generisk hårborttagare före rengöring huden med alkoh...

<ol>
	<li>Beirowski, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+qualitative+analysis+of+Wallerian+degeneration+using+restricted+axonal+labelling+in+YFP-H+mice.">Quantitative and qualitative analysis of Wallerian degeneration using restricted axonal labelling in YFP-H mice.</a> Journal of Neuroscience Methods. 134, 23-35 (2004).</li><li>Carey, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Chromatin immunoprecipitation (ChIP). , (2009).</li><li>Dahl, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+micro+chromatin+immunoprecipitation+assay+(&amp;mu;ChIP.">A rapid micro chromatin immunoprecipitation assay (&amp;mu;ChIP.</a> Nat. Protoc. 3, 1032-1045 (2008).</li><li>Haring, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation:+optimization,+quantitative+analysis+and+data+normalization.+Plant+Methods.">Chromatin immunoprecipitation: optimization, quantitative analysis and data normalization. Plant Methods.</a> 11, 3-11 (2007).</li><li>Jiang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+neuronal+chromatin+from+brain+tissue.">Isolation of neuronal chromatin from brain tissue.</a> BMC Neurosci. 9, 42-42 (2008).</li><li>Lee, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+neural+stem+cells+from+the+postnatal+cerebellum.">Isolation of neural stem cells from the postnatal cerebellum.</a> Nat Neurosci. 8, 723-729 (2005).</li><li>Makwana, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+mechanisms+in+successful+peripheral+regeneration.">Molecular mechanisms in successful peripheral regeneration.</a> Febs J. 272, 2628-2638 (2005).</li><li>Tedeschi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+p53-CBP/p300+transcription+module+is+required+for+GAP-43+expression,+axon+outgrowth,+and+regeneration.">A p53-CBP/p300 transcription module is required for GAP-43 expression, axon outgrowth, and regeneration.</a> Cell Death and Differentiation. 16, 543-554 (2009).</li><li>Teng, F. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Axonal+regeneration+in+adult+CNS+neurons--signaling+molecules+and+pathways.">Axonal regeneration in adult CNS neurons--signaling molecules and pathways.</a> J Neurochem. 96, 1501-1508 (2006).</li></ol>

Detta protokoll ger en metod att direkt fråga om kromatinet miljön under axonal regeneration i den vuxna nervsystemet efter axonal skada. Den innehåller de DRG skada modellen med kromatin immunoprecipitation att utforska transkriptionell och epigenetiska miljö efter skada antingen PNS eller CNS. Det är särskilt användbart för utredarna som vill karaktärisera förmenta bindningsställen för sin favorit transkriptionsfaktor, och för att avgöra om beläggning av dessa platser sker som svar på skada. Epigenetis...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reagens </th><th> Företag </th><th> Katalognummer </th></tr><tr><td> 10x ChIP Buffer </td><td> Cellsignalering </td><td> 7008 </td></tr><tr><td> 2x ChIP Elution buffert </td><td> Cellsignalering </td><td> 7009 </td></tr><tr><td> ChIP Grade Protein G magnetiska kulor </td><td> Cellsignalering </td><td> 9006 </td></tr><tr><td> Magna Grip Rack (8 bra) </td><td> Millipore </td><td> 20-400 </td></tr><tr><td> Kloroform </td><td> MERCK </td><td> FN 1888 </td></tr><tr><td> 37% formaldehyd </td><td> ROTH </td><td> CP10.1 </td></tr><tr><td> 10x Glycine Lösning </td><td> Cellsignalering </td><td> 7005 </td></tr><tr><td> Glykogen </td><td> Sigma </td><td> G1767 </td></tr><tr><td> 10x HBSS </td><td> Gibco </td><td> 14.185 </td></tr><tr><td> Histon H3 antikroppar (kanin) </td><td> Cellsignalering </td><td> 2650 </td></tr><tr><td> Normal Kanin IgG </td><td> Cellsignalering </td><td> 2729 </td></tr><tr><td> Fenol / kloroform / Isoamyl Alkohol </td><td> ROTH </td><td> A156.1 </td></tr><tr><td> Proteashämmare Cocktail Tabletter </td><td> Roche </td><td> 04 693 116 001 </td></tr><tr><td> Proteinas K (20 mg / ml) </td><td> Cellsignalering </td><td> 10.012 </td></tr><tr><td> SDS lyseringsbuffert </td><td> Upstate </td><td> 20-163 </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><th> Utrustning som behövs </th></tr><tr><td> Sonicator </td></tr><tr><td> Micropestle </td></tr><tr><td> Mikrocentrifug </td></tr><tr><td> Thermomixer </td></tr></tbody></table>

chromatin immunoprecipitation from dorsal root ganglia tissue following axonal injury

Axoner i det centrala nervsystemet (CNS) inte regenerera inte medan de i det perifera nervsystemet (PNS) inte regenerera i begränsad omfattning efter skada (Teng et al., 2006). Det är känt att transkriptionell program som krävs för neurite och axonutväxt är återaktiveras vid skada i PNS (Makwana et al., 2005). Men de verktyg som finns för att analysera neuronala genreglering in vivo är begränsade och ofta utmanande. Dorsalrotsganglier (DRG) erbjuder ett utmärkt system skada modellen eftersom både CNS och PNS är innerveras av en tvåspetsnitar Axon har sitt ursprung från samma soma. Den ganglier representerar en diskret samling celler organ där alla transkriptionell händelser inträffar, och därmed ge en tydligt definierad region i transkriptionell aktivitet som kan enkelt och reproducerbart avlägsnas från djuret. Skada av nervtrådar i PNS (t.ex. ischiasnerven), där axonal regeneration sker skall avslöja en uppsättning transkriptionell program som skiljer sig från dem som svarar på en liknande skada i CNS, då regenerering inte sker (t.ex. ryggmärg ). Platser för transkriptionsfaktor bindande histon och DNA-modifiering som härrör från skada på antingen PNS eller CNS kan karakteriseras med hjälp av kromatin immunoprecipitation (chip). Här beskriver vi ett ChIP protokoll med fixerat musen DRG efter axonal skada. Denna kraftfulla kombination ger ett medel för att karakterisera den pro-regeneration kromatin miljö som krävs för att främja axonal regeneration.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Dorsal Root Ganglia Tissue following Axonal Injury at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation from Dorsal Root Ganglia Tissue following Axonal Injury

Vi presenterar en metod för kromatin immunoprecipitation från dorsalrotsganglier vävnad efter axonal skada. Den metod som kan användas för att identifiera specifika transkriptionsfaktor bindningsställen och epigenetiska modifiering av histon och DNA viktiga för regenerering av skadade axoner i både perifera och centrala nervsystemet.

Kromatin Immunoprecipitation från dorsalrotsganglier vävnad efter axonal skada

Axons in the central nervous system (CNS) do not regenerate while those in the peripheral nervous system (PNS) do regenerate 
to a limited extent after ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Live Imaging of Dorsal Root Axons after Rhizotomy

Live avbildning av dorsala Axoner efter Rhizotomy

The primary sensory axons injured by spinal root injuries fail to regenerate into the spinal cord, leading to chronic pain and permanent sensory loss. ...

Intravital Imaging of Axonal Interactions with Microglia and Macrophages in a Mouse Dorsal Column Crush Injury

Intravital avbildning av axonal Interaktioner med mikroglia och makrofager i en mus Dorsal Kolumn krosskada

Traumatic spinal cord injury causes an inflammatory reaction involving blood-derived macrophages and central nervous system (CNS)-resident microglia. ...

Dorsal Root Ganglia Neurons and Differentiated Adipose-derived Stem Cells: An In Vitro Co-culture Model to Study Peripheral Nerve Regeneration

Dorsal Root Ganglia Neurons and Differentiated Adipose-derived Stem Cells: An In Vitro Co-culture Model to Study Peripheral Nerve Regeneration

Dorsalrotsganglier Neuroner och differentierade Fett-härledda Stem Cells: An<em&gt; In Vitro</em&gt; Co-kultur modell för att studera perifera nerver Regeneration

Dorsal root ganglia (DRG) neurons, located in the intervertebral foramina of the spinal column, can be used to create an in vitro system facilitating the ...

Hydraulic Extrusion of the Spinal Cord and Isolation of Dorsal Root Ganglia in Rodents

Hydraulisk Extrudering av ryggmärgen och isolering av dorsalrotsganglier i Gnagare

Traditionally, the spinal cord is isolated by laminectomy, i.e. by breaking open the spinal vertebrae one at a time. This is both time consuming and may ...

Dorsal Root Ganglion Injection and Dorsal Root Crush Injury as a Model for Sensory Axon Regeneration

Dorsala ganglion Injection och dorsala krosskada som en modell för Sensory Axon Regeneration

Achieving axon regeneration after nervous system injury is a challenging task. As different parts of the central nervous system (CNS) differ from each ...

Dorsal Root Ganglia Isolation and Primary Culture to Study Neurotransmitter Release

Dorsalrotsganglier ganglier isolering och primära kultur att studera neurotransmitterfrigöraren

Dorsal root ganglia (DRG) contain cell bodies of sensory neurons. This type of neuron is pseudo-unipolar, with two axons that innervate peripheral ...

Optimization of Laser-Capture Microdissection for the Isolation of Enteric Ganglia from Fresh-Frozen Human Tissue

Optimering av Laser-Capture lokalt för isolering av enteriska ganglier från färskfryst mänsklig vävnad

The purpose of this method is to obtain high-integrity RNA samples from enteric ganglia collected from unfixed, freshly-resected human intestinal tissue ...

Rapid Isolation of Dorsal Root Ganglion Macrophages

Snabb isolering av dorsala root ganglion makrofager

There are growing interests to study the molecular and cellular interactions among immune cells and sensory neurons in the dorsal root ganglia after ...

Purification of Fibroblasts and Schwann Cells from Sensory and Motor Nerves in Vitro

Rening av fibroblaster och schwannceller från sensoriska och motoriska nerver i Vitro

The principal cells in the peripheral nervous system are the Schwann cells (SCs) and the fibroblasts. Both these cells distinctly express the sensory and ...

Enrichment of Adult Mouse Dorsal Root Ganglia Neuron Cultures by Immunopanning

Anrikning av vuxna musdorsala rotganglier neuronkulturer genom immunpanorering

Dorsal root ganglia (DRGs) are peripheral structures adjacent to the dorsal horn of the spinal cord, which house the cell bodies of sensory neurons as ...