Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
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이 작품은 부분적으로 유럽 연합 (EU) 연구 프레임 워크 7 투자 프로젝트 (계약 번호 513648) VIROBATHE, VIROCLIME (계약 번호 243923로, 스페인 정부 &quot;정부의 드 Educación Y Ciencia&quot;(프로젝트 AGL2008-05275-C01/ALI)에 의해 지원되었다 )과 물의 카탈루냐어 기관, Agència Catalana DE L&#39; Aigua (ACA), Departament 드 제어 내가 Millora dels Ecosistemes 수상하여. 개발 연구 기간 동안 마르타 Rusiñol는 카탈루냐어 정부 &quot;AGAUR&quot;(FI - DGR)의 동료했다.

1. 바이러스 입자의 농도는 물 샘플에 존재 <ol><li> 수집 및 물 샘플의 컨디셔닝 <ol><li> 2의 최소 프로세스 제어와 같은 평면 하단에 하나 추가 샘플과 플라스틱 용기에 시료 당 10 L의 복제 수집합니다. 마지막 예제는 바이러스 입자의 알려진 양의 마약을하고 컨트롤로 사용됩니다. 참고 :이 아군 샘플 특별한 별도의 자료를 (병, 튜브 등)을 권장합니다. </li><li> conductimeter의 교정을 확인하고 필?...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> 재현성, 신뢰성, 간단하고 비용 효율 : 설명 절차는 일상적인 환경과 공중 보건 실험실의 피팅 방법에 대한 조건을 충족합니다. 프로토콜은 간단하다, 그러나 그것은 신중하게 따라야합니다. 응집에 대한 교반 시간이 크게 (예를 들어 미만 5 시간) 감소 경우가대로 인공 해수 염분의 요청 농도를 추가하지 않고 샘플의 낮은 전도성이 크게 바이러스의 회복을 줄일 것입니다. <p class="jove_content...

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> 고속 원심 분리기 (8,000 XG) </td><td> Berckman 보습 바로 앞에 달린 풀베는 날 </td><td> 아벤티 J - 20XP </td><td></td></tr><tr><td> 산도 미터, 온도계 및 conductimeter </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> 플라스틱 튜브 1백-2백센티미터 길이 </td><td> Deltalab </td><td> 350,059 </td><td></td></tr><tr><td> 멸균 일회용 pipettes 졸업 </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> 1.5 10-15 ML (Eppendorf, 팔콘, 등) 살균 플라스틱 튜브 </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> 원심 분리기의 냄비 (500 ML) </td><td> 피셔 과학 </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> 자기 stirrers 및 자석 (당샘플) </td><td> 피셔 과학 </td><td> 10,510 </td><td></td></tr><tr><td> 자기 stirrers의 사용을 허용하는 평면 바닥 데 유리 또는 플라스틱 용기 </td><td> Deltalab </td><td> 191,642 </td><td></td></tr><tr><td> 뜨는 (또는 물 제트 진공 펌프)를 제거 연동 펌프 </td><td> 왓슨 - Marlow </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> 타이머 스위치 - 오프 80-10시간 후 감동에 </td><td> Deltalab </td><td> 900,400 </td><td></td></tr><tr><td> 염산 (1N과 0.1N) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> 수산화 나트륨 (1N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> 인공 해수 바다 소금 </td><td> 시그마 </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> 무지방 우유 (SM) </td><td> Difco </td><td> 232,100 </td><td></td></tr><tr><td> 인산 버퍼 산도 75 </td><td></td><td></td><td> 1시 2분 V / V 살균 나 2 HPO 4 0,2 M과 산도 7.5에 아니 2 PO 4 0,2 M </td></tr><tr><td> Thiosulphate </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> 물에 10 % 용액을 만들어 </td></tr><tr><td> QIAamp 바이러스성 RNA 미니 키트 </td><td> Qiagen </td><td> 52,904 </td><td></td></tr><tr><td> 96 - 웰 광 반응 플레이트 (500 세대) </td><td> 응용 Biosystems </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> 광학 접착제 커버 (100 세대) </td><td> 응용 Biosystems </td><td> 4,311,971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan 환경 PCR 마스터 믹스 2 배 </td><td> 응용 Biosystems </td><td> 4,396,838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

환경의 미생물 오염 중요한 건강 위험을 나타냅니다. 고전 세균 배설물 지표는 상당한 한계를 가지고 나타났습니다, 바이러스 오염의 원인에 대한 정보를 제공하지 않는 많은 불활 ​​성화 과정 및 표준 배설물 지표에 더 저항하고 있습니다. 물 분자 assays에서 바이러스의 농도에 대한 비용 효율적인 방법의 개발은 배설물 오염의 지표와 같은 미생물의 소스 추적 (MST) 도구와 같은 바이러스의 적용을 용이하게합니다. Adenoviruses 및 polyomaviruses 인간을 포함한 척추 특정 수종을 감염 DNA 바이러스이며 지속적으로 배설물 및 / 또는 공부를 모든 분야에서 지역 소변에서 배설됩니다. 이전 연구에서 우리는 인간 adenoviruses (HAdV)과 인간의 배설물로 오염의 인덱스로 정량 PCR (qPCR)에 의해 JC의 polyomaviruses (JCPyV)의 부량을 제안했습니다. 최근, 우리는 포의 특정 부량에 대한 qPCR의 assays을 개발했습니다cine의 adenoviruses (PAdV) 및 테스트 튜브 당 10-10 게놈 사본 감성과 오염의 동물 배설물 마커로 소 polyomaviruses (BPyV). 본 연구에서는, 우리는 이러한 도구를 사용하여 물 샘플의 오염의 원인을 확인하기 위해 따라야하는 절차를 제시한다. 대표 결과 예를 들어, nitrates의 높은 수준을 보여주고 지하수의 바이러스의 분석이 나타납니다. 낮은 또는 적당히 오염된 바다에서 바이러스가 탐지되면 훨씬 작은 볼륨, 보통 시리즈의 두 농도 단계를 포함하는 프로 시저에 물을 적어도 몇 리터에서 바이러스의 농도를 필요로합니다. 이 다소 성가신 과정 및 바이러스 recoveries에서 관찰 다양성은 크게 물 샘플을 다수의 동시 처리를 방해. 우리가 이전 studie에서 개발한 한 단계 프로토콜을 적용 두 단계 절차로 인해 발생하는 병목 현상을 제거하기 위해의 및 수상 매트릭스의 다양한 적용. 열 리터 물 샘플의 산성화, 무지방 우유에 의해 응집, flocculated 물질의 중력 침강, 침전과 원심 분리를 수집, 10 ML 인산 버퍼에있는 침전물의 resuspension를 : 프로 시저가 포함됩니다. 바이러스 집중은 바이러스 핵산과 특정 adenoviruses과 관심 polyomaviruses qPCR에 의한 계량 아르의 추출에 사용됩니다. 샘플 높은 번호는 동시에이 저렴한 비용으로 집중 방법을 사용하여 분석 수 있습니다. 절차는 입욕 물, 해수 및 하천 물의 분석에 적용이 연구에서 우리는 지하수 샘플을 분석 결과를 제시했습니다. 이 높은 처리량 정량 방법, 신뢰할 수있는 간단하고, 비용 효과적입니다.

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Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

연구는 산악 표준시 도구로 제안 인간 / 돼지의 / 소 DNA 바이러스, adenoviruses과 polyomaviruses의 특정 부량에 대한 qPCR을 사용하여 물속에서 nitrates에 의해 배설물 / 소변 오염 또는 오염의 소스의 식별을위한 비용 효율적인 방법을 설명합니다.

특정 인간과 동물 바이러스를 사용하여 미생물 소스 추적을위한 비용 효율적인 방법

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

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접착제 테이프 기반의 샘플링 및 형광의 조합 현장에서</em의 신속한 감지를 위해> 하이브 리다이 제이션 살모넬라균 신선한 농산물에 대한

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

연구

면역학 및 감염병학

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

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HIV / AIDS의 종합 및 비용 효과적인 실험실 감시 : 아프리카 역할 모델

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

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철 소스로 인간 혈색소를 사용하여 황색 포도상 구균 성장

S. aureus is a pathogenic bacterium that requires iron to  carry out vital metabolic functions and cause disease. The most abundant  reservoir of iron ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

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양극화 인간기도 액체 덮인 문화를 구축 호흡기 병원균에 대한 숙주 세포 응답을 공부하는 상피 Calu-3 전지<em&gt; 체외에서</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses

인간 면역 결핍 바이러스의 복제 피트니스를 결정하기위한 인접 쌍 성장 경쟁 분석

In vitro fitness assays are essential tools for determining viral replication fitness for viruses such as HIV-1. Various measurements have been used to ...

Intranasal Administration of Recombinant Influenza Vaccines in Chimeric Mouse Models to Study Mucosal Immunity

키메라 마우스 모델에서 재조합 인플루엔자 백신의 비강 관리는 점막 면역을 연구하기 위해

Vaccines are one of the greatest achievements of mankind, and have saved millions of lives over the last century. Paradoxically, little is known about the ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

세균 인공 염색체 : RNA 바이러스 양성 가닥의 연구에 대한 기능 유전체학 도구

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Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to A(H3N2) Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

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사용 하 여 MDCK SIAT1 세포 분석 실험 측정 인플루엔자 항 체 응답 Microneutralization에 의해 인간의 세라에 A(H3N2) 바이러스를 중화

Neutralizing antibodies against hemagglutinin (HA) of influenza viruses are considered the main immune mechanism that correlates with protection for ...

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

VirWaTest, 물 샘플에서 바이러스 검출을 위한 사용 시점 방법

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...

Quantification of Proliferating Human Antigen-specific CD4+ T Cells using Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester

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카르복시플루아세인 수치니미딜 에스테르를 이용한 증식 인간 항원 특이적 CD4+ T 세포의 정량화

Described is a simple, in vitro, dye dilution-based method for measuring antigen-specific CD4+ T cell proliferation in human peripheral blood mononuclear ...