Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Detta arbete har delvis stöd av den spanska regeringen &quot;Ministerio de Educación y Ciencia&quot; (projekt AGL2008-05275-C01/ALI), av Europeiska unionens ramprogram för forskning 7 projekt VIROBATHE (Kontrakt nr 513.648), VIROCLIME (Kontrakt nr 243.923 ) och av den katalanska byrån Vatten, Agencia Catalana de l&#39;Aigua (ACA), Departament de styr jag Millora dels Ecosistemes Aquatics. Under utvecklat studien Marta Rusiñol var en karl i den katalanska regeringen &quot;AGAUR&quot; (FI-DGR).

1. Koncentration av viruspartiklar som finns i vattenprover <ol><li> Insamling och konditionering av vattenprov <ol><li> Samla minst 2 replikat av 10 L per prov i plastbehållare med platt botten och ett extra prov som en process kontroll. Det sista provet kommer att bli spetsad med en känd mängd viruspartiklar och används som en kontroll. OBS: Det är rekommenderat att ha speciella separata material (flaskor, rör, etc.) för spetsade prover. </li><li> Kontrollera kalibreringen av conductimeter och kalibrer...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> Det förfarande som beskrivs skulle uppfylla villkoren för en passande metod för rutinmässig miljön och folkhälsan laboratorier: reproducerbar, tillförlitlig, enkelt och kostnadseffektivt. Protokollet är enkelt, men det måste följas noggrant. Låg konduktivitet i proverna utan att lägga den begärda koncentration av konstgjorda havsvatten salter skulle dramatiskt minska återvinning av virus som skulle vara fallet om omrörning tid för flockning minskar avsevärt (mindre än 5 timmar till exempel). ...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reagensets namn </td><td> Företag </td><td> Katalognummer </td><td> Kommentarer </td></tr><tr><td> Höghastighetscentrifug (8000 xg) </td><td> Berckman Coulter </td><td> Avanti J-20XP </td><td></td></tr><tr><td> pH-mätare, termometer och conductimeter </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> Plaströr 100-200 cm längd </td><td> Deltalab </td><td> 350.059 </td><td></td></tr><tr><td> Sterila examen engångspipetter </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> Sterila plaströr på 1,5 och 10-15 ml (Eppendorf, falkar, etc.) </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> Centrifug krukor (500 ml) </td><td> Fisher Scientific </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> Magnetomrörare och magneter (en perprov) </td><td> Fisher Scientific </td><td> 10.510 </td><td></td></tr><tr><td> Glas eller plast containrar som har plan botten för att möjliggöra användandet av magnetomrörare </td><td> Deltalab </td><td> 191.642 </td><td></td></tr><tr><td> En Slangpumpar för att ta bort supernatanten (eller en vattenstråle vakuumpump) </td><td> Watson-Marlow </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> Timer för avstängning av omrörning efter 8-10 timmar </td><td> Deltalab </td><td> 900.400 </td><td></td></tr><tr><td> Saltsyra (1N och 0,1 N) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> Natriumhydroxid (1N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> Konstgjord havsvatten havet salter </td><td> Sigma </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> Skummjölk (SM) </td><td> Difco </td><td> 232.100 </td><td></td></tr><tr><td> Fosfatbuffert pH 7, 5 </td><td></td><td></td><td> 01:02 v / v sterilt Na 2 HPO 4 0,2 M och NaH 2 PO 4 0,2 M vid pH 7,5 </td></tr><tr><td> Tiosulfat </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> Gör en 10% lösning i vatten </td></tr><tr><td> QIAamp viralt RNA Mini Kit </td><td> Qiagen </td><td> 52.904 </td><td></td></tr><tr><td> 96-såväl optiska mothållsplattan (500 enheter) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> Optisk lim täcker (100 enheter) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan Miljö-PCR Master Mix 2x </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

Mikrobiell förorening av miljön utgör en betydande hälsorisk. Klassisk bakteriell fekal indikatorer har visat sig ha stora begränsningar, virus är mer resistenta mot många inaktivering processer och standard fekal indikatorerna inte informera om föroreningskällan. Utvecklingen av kostnadseffektiva metoder för koncentrationen av virus från vatten och molekylära analyser underlättar tillämpningen av virus som indikatorer på fekal förorening och som mikrobiell källa tracking (MST) verktyg. Adenovirus och polyomaviruses är DNA-virus infekterar vissa ryggradsdjur inklusive människa och är ständigt utsöndras i avföring och / eller urin för alla studerade geografiska områden. I tidigare studier föreslog vi kvantifiering av humant Adenovirus (HAdV) och JC polyomaviruses (JCPyV) genom kvantitativ PCR (qPCR) som ett index av mänsklig fekal förorening. Nyligen har vi utvecklat realtids-PCR-analyser för den specifika kvantifiering av porcine Adenovirus (PAdV) och bovin polyomaviruses (BPyV) som djur fekal markörer för kontaminering med känslighet 1-10 genomet exemplar per provrör. I denna studie presenterar vi det förfarande som skall följas för att identifiera föroreningskällan i vattenprover med hjälp av dessa verktyg. Som exempel på ett representativt resultat är analys av virus i grundvatten presentera höga halter av nitrat visas. Detektion av virus i låga eller måttligt förorenade vatten kräver koncentration av virus från minst flera liter vatten i en mycket mindre volym, ett förfarande som normalt omfattar två koncentrationen steg i serien. Denna något omständligt förfarande och variabiliteten hos virus återvinningar försvårar avsevärt samtidig bearbetning av ett stort antal vattenprover. För att eliminera flaskhalsen som orsakas av förfarande i två steg har vi tillämpat en ett steg protokoll som utvecklats i tidigare Studies och gäller för en mångfald av vatten matriser. Förfarandet omfattar: försurning av tio liter vatten prover, flockning med skummad mjölk, allvaret sedimentering av flockade material, insamling av fällningen och centrifugering, resuspension av fällningen i 10 ml fosfatbuffert. Den virala koncentratet används för utvinning av virala nukleinsyror och specifika Adenovirus och polyomaviruses av intresse kvantifieras av qPCR. Stort antal prover kan samtidigt analyseras med denna billiga koncentration metoden. Förfarandet har tillämpats vid analys av badvatten, havsvatten och flodvatten och i denna studie presenterar vi resultaten analyseras grundvattnet prover. Denna high-throughput kvantitativ metod är tillförlitlig, enkel och kostnadseffektiv.

Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

I studien beskriver en kostnadseffektiv metod för identifiering av källan till fekal / urin förorening eller kontaminering av nitrater i vatten med qPCR för den specifika kvantifiering av humant / svin / nötkreatur DNA-virus, adenovirus och polyomaviruses, föreslås som MST verktyg.

Kostnadseffektiv metod för mikrobiell källa Spårning med specifika människors och djurs virus

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Kombination av självhäftande tejp grundad på provtagning och fluorescens På plats Hybridisering för snabb upptäckt av Salmonella På färskvaror

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Omfattande och kostnadseffektiva Laboratoriet Övervakning av hiv / aids: ett afrikanskt föredöme

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Tillväxt med humant hemoglobin som järnkälla

S. aureus is a pathogenic bacterium that requires iron to  carry out vital metabolic functions and cause disease. The most abundant  reservoir of iron ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Att upprätta en flytande täckt kultur av polariserad Human luftvägsepitelceller Calu-3 celler för att studera svar värdcellen för luftvägspatogener<em&gt; In vitro</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses

Parvis Tillväxt Konkurrens analys för att bestämma replikerings Fitness av humant immunbristvirus

In vitro fitness assays are essential tools for determining viral replication fitness for viruses such as HIV-1. Various measurements have been used to ...

Intranasal Administration of Recombinant Influenza Vaccines in Chimeric Mouse Models to Study Mucosal Immunity

Intranasal administration av rekombinant influensavacciner i chimär musmodeller för att studera slemhinneimmunitet

Vaccines are one of the greatest achievements of mankind, and have saved millions of lives over the last century. Paradoxically, little is known about the ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

Bakteriell artificiella kromosomer: En funktionsgenomik verktyg för studier av styrd trängade RNA-virus

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to A(H3N2) Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to AH3N2 Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Mäta influensa neutraliserande antikroppen Svaren till A(H3N2) virus i Humansera av mikroneutraliserings-analyser med MDCK-SIAT1 celler

Neutralizing antibodies against hemagglutinin (HA) of influenza viruses are considered the main immune mechanism that correlates with protection for ...

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

VirWaTest, en Point-of-use metod för detektion av virus i vattenprover

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...

Quantification of Proliferating Human Antigen-specific CD4+ T Cells using Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester

Quantification of Proliferating Human Antigen-specific CD4+ T Cells using Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester

Kvantifiering av prolifererande humana antigen-specifika CD4+ T-celler med hjälp av Karboxyfluorescein Succinimidyl Ester

Described is a simple, in vitro, dye dilution-based method for measuring antigen-specific CD4+ T cell proliferation in human peripheral blood mononuclear ...