Name: sequencing of bacterial microflora in peripheral blood: our experience with hiv-infected patients
Uploaded: 2011-06-11T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients at JoVE.com

Vi är tacksamma mot Gianni Scimone för utmärkt hjälp med video att göra.

Hantering av hiv-infekterat blod prover kräver några viktiga rekommendationer. Alla exemplar av blod måste transporteras i robust behållare som inte läcker. Man måste vara försiktig när du hämtar provet för att undvika kontaminering av behållarens utsida och eventuella papper som medföljer provet. Alla personer bearbetning smittat blod måste bära handskar. Handskar måste bytas och händerna tvättas efter avslutad provbearbetning. Behandling av HIV-smittat blod prover måste göras i ...

<ol>
	<li>Hooper, L. V., Macpherson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immune+adaptations+that+maintain+homeostasis+with+the+intestinal+microbiota.">Immune adaptations that maintain homeostasis with the intestinal microbiota.</a> Nat Rev Immunol. 10, 159-169 (2010).</li><li>Macpherson, A. J., Harris, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+between+commensal+intestinal+bacteria+and+the+immune+system.">Interactions between commensal intestinal bacteria and the immune system.</a> Nat Rev Immunol. 4, 478-485 (2004).</li><li>Kanauchi, O., Mitsuyama, K., Araki, Y., Andoh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modification+of+intestinal+flora+in+the+treatment+of+inflammatory+bowel+disease.">Modification of intestinal flora in the treatment of inflammatory bowel disease.</a> Curr Pharm Des. 9, 333-346 (2003).</li><li>Brenchley, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+translocation+is+a+cause+of+systemic+immune+activation+in+chronic+HIV+infection.">Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection.</a> Nat Med. 12, 1365-1371 (2006).</li><li>Brenchley, J. M., Price, D. A., Douek, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+disease:+fallout+from+a+mucosal+catastrophe.">HIV disease: fallout from a mucosal catastrophe.</a> Nat Immunol. 7, 235-239 (2006).</li><li>Jiang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasma+levels+of+bacterial+DNA+correlate+with+immune+activation+and+the+magnitude+of+immune+restoration+in+persons+with+antiretroviral-treated+HIV+infection.">Plasma levels of bacterial DNA correlate with immune activation and the magnitude of immune restoration in persons with antiretroviral-treated HIV infection.</a> J Infect Dis. 199, 1177-1185 (2009).</li><li>Marchetti, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+translocation+is+associated+with+sustained+failure+in+CD4++T-cell+reconstitution+in+HIV-infected+patients+on+long-term+highly+active+antiretroviral+therapy.">Microbial translocation is associated with sustained failure in CD4+ T-cell reconstitution in HIV-infected patients on long-term highly active antiretroviral therapy.</a> AIDS. 22, 2035-2038 (2008).</li><li>Marchetti, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+Microbial+Translocation+and+Immune+Hyperactivation+in+Disease+Progression+of+HIV++Patients+with+Preserved+CD4+Count+in+the+Absence+of+ART.">Role of Microbial Translocation and Immune Hyperactivation in Disease Progression of HIV+ Patients with Preserved CD4 Count in the Absence of ART.</a> , (2010).</li><li>Greisen, K., Loeffelholz, M., Purohit, A., Leong, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR+primers+and+probes+for+the+16S+rRNA+gene+of+most+species+of+pathogenic+bacteria,+including+bacteria+found+in+cerebrospinal+fluid.">PCR primers and probes for the 16S rRNA gene of most species of pathogenic bacteria, including bacteria found in cerebrospinal fluid.</a> J Clin Microbiol. 32, 335-351 (1994).</li></ol>

<p class="jove_content"&gt; Vi visar härmed en PCR / sekvensering protokollet för att karakterisera translokation av bakterier i perifert blod av hiv-infekterade individer.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Mest tillförlitliga resultat erhålls när man använder plasma som samlats i EDTA-innehåller rör. Efter blodprovstagning bör plasma separeras genom centrifugering inom 2 / 3 timmar, för att undvika hemolys och DNA-fragment nedbrytning. Proven förvaras först vid -20 ° C i ca 5 dagar och därefter vid -80 ° C. Flera frysa och tina ...

<table border="1"><tbody><tr><th> Namn på Reagens </th><th> Företag </th><th> Katalognummer </th><th> Kommentarer (frivilligt) </th></tr><tr><td> Easty-DNA Kit </td><td> Invitrogen </td><td> K 180.001 </td><td></td></tr><tr><td> Kloroform </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> C2432 </td><td></td></tr><tr><td> Etanol </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> E7203 </td><td></td><tr/><tr><td> Ultrarent Waer </td><td> Invitrogen </td><td> 10977049 </td><td></td></tr><tr><td> Lysozym </td><td> Fluka </td><td> 62.970 </td><td> 10 mikrogram / ml i Distillated Vatten </td></tr><tr><td> AmpliTaq Gold </td><td> Tillämpad Biosystem </td><td> 26478701 </td><td></td></tr><tr><td> Microcon 100 </td><td> Millipore </td><td> 42.413 </td><td></td></tr><tr><td> PCR-primers </td><td> Invitrogen </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Agarosen </td><td> Eppendorf </td><td> C1343 </td><td></td></tr><tr><td> DNA stege </td><td> Invitrogen </td><td> 15628019 </td><td></td></tr><tr><td> Purelink PCR mikro-kit </td><td> Invitrogen </td><td> K310050 </td><td></td></tr><tr><td> LB-agar, pulver </td><td> Invitrogen </td><td> 22700025 </td><td></td></tr><tr><td> Bactoagar </td><td> Invitrogen </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ampicillin </td><td> Invitrogen </td><td> 11593027 </td><td> 10 mg / ml i Distillated Vatten </td></tr><tr><td> X-gal </td><td> Invitrogen </td><td> 15520034 </td><td> 40mg/mL i DMF </td></tr><tr><td> IPTG </td><td> Invitrogen </td><td> 15529019 </td><td> 100mm i Distillated vatten </td></tr><tr><td> Topo TA kloning kit </td><td> Invitrogen </td><td> K450002 </td><td></td></tr><tr><td> Purelink Snabb Plasmid Miniprep kit </td><td> Invitrogen </td><td> K210010 </td><td></td></tr><tr><td> Big färgämne </td><td> Tillämpad Biosystem </td><td> 4337455 </td><td></td></tr><tr><td> DyeEx 2,0 spin-kit </td><td> Qiagen </td><td> 63.204 </td><td></td></tr></tbody></table>

sequencing of bacterial microflora in peripheral blood: our experience with hiv-infected patients

Den friska mag-tarmkanalen är fysiologiskt koloniseras av en mängd olika kommensala mikrober som påverkar utvecklingen av humorala och cellulära slemhinnor immunsystemet 1,2. Mikrobiota är avskärmad från immunförsvaret via en stark slemhinnor barriär. Infektioner och antibiotika är kända för att förändra både den normala mag-tarmkanalen barriär och sammansättning bosatt bakterier, vilket kan resultera i möjliga immuna avvikelser 3. HIV orsakar ett brott i mag-barriär med progressiv misslyckande slemhinnor immunitet och läckage till systemcirkulationen av bakteriell Bioproducts, som lipopolysackarid och bakteriella fragmenten DNA, som bidrar till systematiska immun aktivering 4-7. Mikrobiell translokation är inblandad i hiv / aids immunopathogenesis liksom terapisvaret 4,8. Vi syftade till att karakterisera sammansättningen av bakterier translocating i perifert blod av HIV-infekterade patienter. För att fullfölja vårt mål vi satte upp en PCR-reaktion för panbacteric 16S ribosomial gen följdes av en sekvensering analys. Kortfattat är helblod från både hiv-smittade och friska försökspersoner som används. Med tanke på att friska individer nuvarande normala intestinala homeostas ingen förflyttning av mikrofloran förväntas hos dessa patienter. Efter helblod insamlingen genom venpunktion och plasma separation, är DNA extraherat från plasma och används för att utföra ett brett utbud PCR-reaktion för panbacteric 16S ribosomial gen 9. Efter PCR-produkten rening, kloning och sekvensering analyser utförs.

Watch this Scientific Journal Video about Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients at JoVE.com

Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients

Våra experiment visar hur du utför en sekvensering analys av bakteriearter translocating i perifert blod av HIV-positiva patienter.

Sekvensering av bakteriell mikroflora i perifert blod: Vår erfarenhet av HIV-infekterade patienter

The healthy gastrointestinal tract is physiologically colonized by a large variety of commensal microbes that influence the development 
	of the humoral ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Modeling Intracerebral Hemorrhage in Mice: Injection of Autologous Blood or Bacterial Collagenase

Modellering intracerebral blödning hos möss: Injektion av autologt blod eller bakteriell Kollagenas

Spontaneous intracerebral hemorrhage (ICH) defines a potentially life-threatening neurological malady that accounts for 10-15% of all stroke-related ...

Measuring Frailty in HIV-infected Individuals. Identification of Frail Patients is the First Step to Amelioration and Reversal of Frailty

Mätning Frailty i HIV-infekterade individer. Identifiering av sköra patienter är det första steget till förbättrande och Återföring av Frailty

A simple, validated protocol consisting of a battery of tests is available to identify elderly patients with frailty syndrome. This syndrome of decreased ...

Computerized Dynamic Posturography for Postural Control Assessment in Patients with Intermittent Claudication

Datoriserad Dynamic Posturography för postural kontroll Bedömning i patienter med fönstertittarsjuka

Computerized dynamic posturography with the EquiTest is an objective technique for measuring postural strategies under challenging static and dynamic ...

Assessment of Vascular Function in Patients With Chronic Kidney Disease

Bedömning av kärlfunktionen hos patienter med kronisk njursjukdom

Patients with chronic kidney disease (CKD) have significantly increased risk of cardiovascular disease (CVD) compared to the general population, and this ...

Orthotopic Implantation and Peripheral Immune Cell Monitoring in the II-45 Syngeneic Rat Mesothelioma Model

Orthotopic Implantation och perifera immunceller Övervakning av II-45 syngena Rat mesoteliom Modell

The enormous upsurge of interest in immune-based treatments for cancer such as vaccines and immune checkpoint inhibitors, and increased understanding of ...

Endotoxin Activity Assay for the Detection of Whole Blood Endotoxemia in Critically Ill Patients

Endotoxin aktivitet analys för detektion av helblod endotoxemia hos kritiskt sjuka patienter

Lipopolysaccharide, also known as endotoxin, is a fundamental component of gram-negative bacteria and plays a crucial role in the development of sepsis ...

Digital Handwriting Analysis of Characters in Chinese Patients with Mild Cognitive Impairment

Digital handskriftsanalys av karaktärer hos kinesiska patienter med mild kognitiv försämring

An increasing amount of evidence shows that cognitive deficits and movement dysfunctions are not separated. Patients with mild cognitive impairment (MCI) ...

Fertility Preservation in Patients with Severe Ovarian Dysfunction

Fertilitetsbevarande hos patienter med svår äggstocksdysfunktion

Ovarian function progressively declines during aging and in some pathophysiological conditions including karyotype abnormality, autoimmune diseases, ...

Evaluation of a Point-of-Care Testing Analyzer for Measuring Peripheral Blood Leukocytes

Utvärdering av en point-of-care testanalysator för mätning av perifera blodleukocyter

White blood cell (WBC) is an important indicator of inflammation in the body, and it can help distinguish between bacterial and viral infections. At ...

Cox-Maze IV Procedure Concomitant with Valvular Surgery In Situs Inversus Dextrocardia: A Single-Center Experience in China

Cox-Maze IV-procedur samtidigt med klaffkirurgi i Situs Inversus Dextrocardia: En enda centerupplevelse i Kina

Atrial fibrillation (AF) is the most common cardiac arrhythmia. The use of ablation technologies made the Cox-Maze IV procedure (CMP-IV) technically ...