Name: chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay
Uploaded: 2012-02-06T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay at JoVE.com

המחברים מבקשים להודות לד&quot;ר Cliona מ מקהייל עבור אנושות קריאה ועריכה של כתב היד. עבודה זו מומנה על ידי המכון הלאומי למדעי בריאות הסביבה, המכון הלאומי לבריאות מענק R01ES017452 ל L &#39;אנג.

1. שקופיות מדגם הכנה <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגים OctoChrome נועד לבחון שינויים כרומוזומלית מתפשט metaphase של תאים אנושיים, כולל אך לא רק תאים בתרבית דם היקפיים, גזע / אבי תאים, שורות תאים. דוגמאות יש להכין בעקבות הליך סטנדרטי עבור קצירת metaphases 3,11-13:</s...

<ol>
	<li>Levsky, J. M., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization:+past,+present+and+future.">Fluorescence in situ hybridization: past, present and future.</a> J. Cell. Sci. 116, 2833-2838 (2003).</li><li>Zhang, L., Eastmond, D. A., Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nature+of+chromosomal+aberrations+detected+in+humans+exposed+to+benzene.">The nature of chromosomal aberrations detected in humans exposed to benzene.</a> Crit. Rev. Toxicol. 32, 1-42 (2002).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrations+in+chromosomes+associated+with+lymphoma+and+therapy-related+leukemia+in+benzene-exposed+workers.">Aberrations in chromosomes associated with lymphoma and therapy-related leukemia in benzene-exposed workers.</a> Environ. Mol. Mutagen. 48, 467-474 (2007).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Benzene+increases+aneuploidy+in+the+lymphocytes+of+exposed+workers:+a+comparison+of+data+obtained+by+fluorescence+in+situ+hybridization+in+interphase+and+metaphase.">Benzene increases aneuploidy in the lymphocytes of exposed workers: a comparison of data obtained by fluorescence in situ hybridization in interphase and metaphase.</a> Environ. Mol. Mutagen. 34, 260-268 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+aneusomy+and+long+arm+deletion+of+chromosomes+5+and+7+in+the+lymphocytes+of+Chinese+workers+exposed+to+benzene.">Increased aneusomy and long arm deletion of chromosomes 5 and 7 in the lymphocytes of Chinese workers exposed to benzene.</a> Carcinogenesis. 19, 1955-1961 (1998).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+translocations+and+aneusomy+in+chromosomes+8+and+21+among+workers+exposed+to+benzene.">Increased translocations and aneusomy in chromosomes 8 and 21 among workers exposed to benzene.</a> Cancer. Res. 58, 2176-2181 (1998).</li><li>Bayani, J., Squire, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+detection+of+chromosomal+aberrations+using+spectral+karyotyping.">Advances in the detection of chromosomal aberrations using spectral karyotyping.</a> Clin. Genet. 59, 65-73 (2001).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome-wide+aneuploidy+study+(CWAS)+in+workers+exposed+to+an+established+leukemogen,+benzene.">Chromosome-wide aneuploidy study (CWAS) in workers exposed to an established leukemogen, benzene.</a> Carcinogenesis. 32, 605-612 (2011).</li><li>Rowley, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+chromosome+translocations+in+leukemogenesis.">The role of chromosome translocations in leukemogenesis.</a> Semin. Hematol. 36, 59-72 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+OctoChrome+fluorescence+in+situ+hybridization+to+detect+specific+aneuploidy+among+all+24+chromosomes+in+benzene-exposed+workers.">Use of OctoChrome fluorescence in situ hybridization to detect specific aneuploidy among all 24 chromosomes in benzene-exposed workers.</a> Chem. Biol. Interact. , 153-154 (2005).</li><li>Barch, M. J., Lawce, H. J., Arsham, M. S., Barch, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> In The ACT cytogenetics laboratory. , 17-30 (1991).</li><li>Zhang, L., Yang, W., Hubbard, A. E., Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonrandom+aneuploidy+of+chromosomes+1,+5,+6,+7,+8,+9,+11,+12,+and+21+induced+by+the+benzene+metabolites+hydroquinone+and+benzenetriol.">Nonrandom aneuploidy of chromosomes 1, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 12, and 21 induced by the benzene metabolites hydroquinone and benzenetriol.</a> Environ. Mol. Mutagen. 45, 388-396 (2005).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroquinone,+a+benzene+metabolite,+increases+the+level+of+aneusomy+of+chromosomes+7+and+8+in+human+CD34-positive+blood+progenitor+cells.">Hydroquinone, a benzene metabolite, increases the level of aneusomy of chromosomes 7 and 8 in human CD34-positive blood progenitor cells.</a> Carcinogenesis. 21, 1485-1490 (2000).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+understanding+benzene+health+effects+and+susceptibility.">Advances in understanding benzene health effects and susceptibility.</a> Annu. Rev. Public. Health. 31, 133-148 (2010).</li></ol>

זה assay הרומן דגים OctoChrome, מאפשר בו זמנית לבדוק את כל 24 הכרומוזומים האדם הכלאה אחת בשקופית 1. ההסדר של שילובים כרומוזום על 8 ריבועים תוכנן כדי להקל על זיהוי לא אקראיים rearrangements כרומוזום את לוקמיה לימפומה ו הנפוצים ביותר. לכן, assay יכול לזהות מספרי (aneuploidy), כמו גם מבנה (טרנסלוק...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> הערות (לא חובה) </td><tr><tr><td> OctoChrome Kit </td><td> Cytocell בע&quot;מ, קיימברידג&#39;, בריטניה </td><td> PMP 803 </td><td></td></tr><tr><td> phytohaemagglutinin (PHA) </td><td> Invitrogen תאגיד </td><td> 10576-015 </td><td></td></tr><tr><td> Colcemid </td><td> Invitrogen תאגיד </td><td> 15212-012 </td><td></td></tr><tr><td> Carnoy של מקבע </td><td></td><td></td><td> מתנול: חומצה אצטית קרחונית = 3: 1 </td></tr><tr><td> הקרינה מיילcroscope </td><td></td><td></td><td> מצויד מסננים כדי להציג DAPI, טקסס רד, FITC, ואת ספקטרום קומארין בנפרד DAPI / FITC / טקסס האדום טריפל מסנן כדי להציג צבעים שונים בו זמנית </td></tr><tr><td> Metafer תוכנה </td><td> MetaSystems, Altlussheim, גרמניה </td><td></td><td> לאפשר לאתר את כל metaphases כדי להעריך מחדש את הפרעות </td></tr></tbody></table>

chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay

הקרינה ב ההכלאה באתרם (דגים) היא טכניקה המאפשרת רצפי DNA ספציפיים כדי להתגלות על הכרומוזומים metaphase או שלבי הביניים בגרעין התא 1. הטכניקה משתמשת בדיקות DNA עם רצפים ייחודיים כדי להכליא כרומוזומים שלמים או אזורי כרומוזומים מסוימים, ומשמש כתוספת חזקה cytogenetics קלאסיים. למשל, מחקרים קודמים רבים דיווחו על גילוי תכופה של סטיות כרומוזום מוגברת בחולים לוקמיה הקשורים עם חשיפה בנזן, בנזין, הרעלת חולים, עובדים בריאים שנחשפו בנזן, באמצעות ניתוח קלאסי cytogenetic 2. באמצעות דגים, לוקמיה ספציפיים שינויים כרומוזומליים נצפו להיות גבוהות עובדים בריאים לכאורה שנחשפו בנזן 3-6, המציין את התפקידים הקריטיים של שינויים cytogentic ב leukemogenesis בנזן המושרה. באופן כללי, assay דג בוחן אחד בלבד או כמה כרומוזומים שלמיםאו לוקוסים ספציפיות לכל שקופית, כך הכלאות מרובות צריך להתנהל על שקופיות מרובות כדי לכסות את כל הכרומוזומים האנושיים. Karyotyping ספקטרלי (SKY) המאפשר הדמיה של הגנום כולו בו זמנית, אבל את הדרישה תוכנה מיוחדת לתחום ציוד היישום שלה 7. כאן אנו מתארים assay דגים רומן, OctoChrome-FISH, אשר יכול להיות מיושם על Chromosomics, שאנו מגדירים כאן ניתוח סימולטני של כל 24 הכרומוזומים האנושיים בשקופית אחת מחקרים בבני אדם, כגון מחקר כרומוזום רחב aneuploidy (CWAS) 8. הבסיס של השיטה, המשווקים על ידי Cytocell כמערכת Multiprobe Chromoprobe, הוא מכשיר OctoChrome אשר מחולק 8 ריבועים, שכל אחת מהן נושאת שלוש שונים שלמים ציור בדיקות כרומוזומים (איור 1). כל אחת משלוש הבדיקות מסומן ישירות עם fluorophore בצבע אחר, ירוק (FITC), אדום (Red טקסס), וכחול (קומארין). סידור הכרומוזומים על שילובים OctoChromמכשיר ה תוכנן כדי להקל על זיהוי שאינו כרומוזום אקראיים שינויים מבניים (טרנסלוקציות) שנמצאו לוקמיה לימפומה ו הנפוצים ביותר, עבור T למשל (9, 22), t (15; 17), t (8; 21 ), t (14, 18) 9. יתר על כן, שינויים מספריים (aneuploidy) בכרומוזומים ניתן לאתר בו זמנית. השקופית תבנית המקביל מחולק גם ל -8 ריבועים על המשתרע metaphase המאוגדים (איור 2), והוא ממוקם מעל המכשיר OctoChrome. בדיקות ו-DNA היעד הם מפוגל על ​​בטמפרטורה גבוהה ו הכלאה בתא לח ולאחר מכן כל 24 הכרומוזומים האנושיים ניתן דמיינו בו זמנית. דגים OctoChrome היא טכניקה מבטיחה אבחנה קלינית של לוקמיה ולימפומה וכן זיהוי של aneuploidies בכרומוזומים כל. יש לנו ליישם את הגישה הזאת Chromosomic חדש במחקר CWAS של בנזן שנחשפו פועלים סינים 8,10.

Watch this Scientific Journal Video about Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay at JoVE.com

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

הקרינה רומן<em&gt; באתרו</em&gt; ההכלאה (דגים) שיטה כי במקביל בוחנת שינויים כרומוזום הן מספריים ומבניים, בעיקר טרנסלוקציות כרומוזומליות ספציפיות הקשורות לוקמיה ולימפומה, של כל 24 הכרומוזומים האנושיים במכשיר אחד הכלאה 1, מתואר.

Chromosomics: איתור של שינוי המספרי מבני 24 כרומוזומים כל אדם בו זמנית באמצעות Assay רומן דגים OctoChrome

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

Research

JoVE Journal

Biology

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

פלואורסצנציה באתרו הכלאה (FISH) פרוטוקול של זרע אדם

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials

תפוקה גבוהה Saccharification Assay חומרים Lignocellulosic

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

זיהוי של רנ&quot;א נגיפי על ידי הקרינה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה (דגים)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Detecting Somatic Genetic Alterations in Tumor Specimens by Exon Capture and Massively Parallel Sequencing

זיהוי שינויים גנטיים סומטי בדגימות גידול על ידי לכידת אקסון וריצוף מקביל מסיבי

Efforts  to detect and investigate key oncogenic mutations have proven valuable to  facilitate the appropriate treatment for cancer patients. The ...

Efficient Production and Purification of Recombinant Murine Kindlin-3 from Insect Cells for Biophysical Studies

הפקה וטיהור יעילה של רקומביננטי Murine Kindlin-3 מתאי חרקים לBiophysical לימודים

Kindlins are essential coactivators, with talin, of the cell surface receptors&#160;integrins and also participate in integrin outside-in signalling, and ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

הערכת תרומות מינים ספציפיות כדי Craniofacial פיתוח באמצעות מפלצות שליו-ברווז

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Recombinant Protein Expression for Structural Biology in HEK 293F Suspension Cells: A Novel and Accessible Approach

ביטוי חלבון רקומביננטי לביולוגיה מבנית בתאי ההשעיה HEK 293F: רומן וגישה נגישה

The expression and purification of large amounts of recombinant protein complexes is an essential requirement for structural biology studies. For over two ...

Targeted RNA Sequencing Assay to Characterize Gene Expression and Genomic Alterations

ממוקד RNA רצף Assay לאפיון ביטוי גנים ושינויים הגנום

RNA sequencing (RNAseq) is a versatile method that can be utilized to detect and characterize gene expression, mutations, gene fusions, and noncoding ...

Studying Ribonucleotide Incorporation: Strand-specific Detection of Ribonucleotides in the Yeast Genome and Measuring Ribonucleotide-induced Mutagenesis

לומד Ribonucleotide התאגדות: זיהוי סטרנד ספציפיים של Ribonucleotides הגנום שמרים, מדידה Ribonucleotide-induced מוטגנזה מכוונת

The presence of ribonucleotides in nuclear DNA has been shown to be a source of genomic instability. The extent of ribonucleotide incorporation can be ...

Improved Fecundity and Fertility Assay for Aedes aegypti using 24 Well Tissue Culture Plates (EAgaL Plates)

Improved Fecundity and Fertility Assay for Aedes aegypti using 24 Well Tissue Culture Plates EAgaL Plates

מבחני פוריות ופוריות משופרים עבור Aedes aegypti באמצעות 24 צלחות תרבית רקמה באר (צלחות EAgaL)

Mosquitoes represent a significant public health problem as vectors of various pathogens. For those studies that require an assessment of mosquito fitness ...