Name: chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay
Uploaded: 2012-02-06T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay at JoVE.com

Gli autori desiderano ringraziare il Dott. Cliona M. McHale per criticamente la lettura e la modifica del manoscritto. Questo lavoro è stato finanziato dal National Institute of Environmental Health Sciences, National Institute of Health concessione R01ES017452 a L Zhang.

1. Preparazione del vetrino del campione <ul><li> FISH OctoChrome è stato progettato per esaminare i cambiamenti cromosomici in metafase delle cellule umane, incluso ma non limitato a colture di cellule del sangue periferico, le cellule staminali / progenitrici, e le linee cellulari. I campioni devono essere preparati seguendo la procedura standard per la raccolta di metafasi 3,11-13: impiegando il trattamento Colcemid per arrestare le cellule in metafase, trattamento ipotonico a gonfiare le cellule e fiss...

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	<li>Levsky, J. M., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization:+past,+present+and+future.">Fluorescence in situ hybridization: past, present and future.</a> J. Cell. Sci. 116, 2833-2838 (2003).</li><li>Zhang, L., Eastmond, D. A., Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nature+of+chromosomal+aberrations+detected+in+humans+exposed+to+benzene.">The nature of chromosomal aberrations detected in humans exposed to benzene.</a> Crit. Rev. Toxicol. 32, 1-42 (2002).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrations+in+chromosomes+associated+with+lymphoma+and+therapy-related+leukemia+in+benzene-exposed+workers.">Aberrations in chromosomes associated with lymphoma and therapy-related leukemia in benzene-exposed workers.</a> Environ. Mol. Mutagen. 48, 467-474 (2007).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Benzene+increases+aneuploidy+in+the+lymphocytes+of+exposed+workers:+a+comparison+of+data+obtained+by+fluorescence+in+situ+hybridization+in+interphase+and+metaphase.">Benzene increases aneuploidy in the lymphocytes of exposed workers: a comparison of data obtained by fluorescence in situ hybridization in interphase and metaphase.</a> Environ. Mol. Mutagen. 34, 260-268 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+aneusomy+and+long+arm+deletion+of+chromosomes+5+and+7+in+the+lymphocytes+of+Chinese+workers+exposed+to+benzene.">Increased aneusomy and long arm deletion of chromosomes 5 and 7 in the lymphocytes of Chinese workers exposed to benzene.</a> Carcinogenesis. 19, 1955-1961 (1998).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+translocations+and+aneusomy+in+chromosomes+8+and+21+among+workers+exposed+to+benzene.">Increased translocations and aneusomy in chromosomes 8 and 21 among workers exposed to benzene.</a> Cancer. Res. 58, 2176-2181 (1998).</li><li>Bayani, J., Squire, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+detection+of+chromosomal+aberrations+using+spectral+karyotyping.">Advances in the detection of chromosomal aberrations using spectral karyotyping.</a> Clin. Genet. 59, 65-73 (2001).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome-wide+aneuploidy+study+(CWAS)+in+workers+exposed+to+an+established+leukemogen,+benzene.">Chromosome-wide aneuploidy study (CWAS) in workers exposed to an established leukemogen, benzene.</a> Carcinogenesis. 32, 605-612 (2011).</li><li>Rowley, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+chromosome+translocations+in+leukemogenesis.">The role of chromosome translocations in leukemogenesis.</a> Semin. Hematol. 36, 59-72 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+OctoChrome+fluorescence+in+situ+hybridization+to+detect+specific+aneuploidy+among+all+24+chromosomes+in+benzene-exposed+workers.">Use of OctoChrome fluorescence in situ hybridization to detect specific aneuploidy among all 24 chromosomes in benzene-exposed workers.</a> Chem. Biol. Interact. , 153-154 (2005).</li><li>Barch, M. J., Lawce, H. J., Arsham, M. S., Barch, M. 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T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroquinone,+a+benzene+metabolite,+increases+the+level+of+aneusomy+of+chromosomes+7+and+8+in+human+CD34-positive+blood+progenitor+cells.">Hydroquinone, a benzene metabolite, increases the level of aneusomy of chromosomes 7 and 8 in human CD34-positive blood progenitor cells.</a> Carcinogenesis. 21, 1485-1490 (2000).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+understanding+benzene+health+effects+and+susceptibility.">Advances in understanding benzene health effects and susceptibility.</a> Annu. Rev. Public. Health. 31, 133-148 (2010).</li></ol>

Questo romanzo OctoChrome-FISH test permette di esaminare contemporaneamente tutti i 24 cromosomi umani in una ibridazione solo su una diapositiva. La disposizione delle combinazioni cromosomiche sugli 8 quadrati è stato progettato per facilitare l&#39;identificazione delle non-casuali riarrangiamenti cromosomici nei più comuni leucemie e linfomi. Così, il saggio può rilevare numerico (aneuploidia) nonché strutturali (traslocazioni) alterazioni cromosomiche contemporaneamente. La fase p...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nome del reattivo </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td> Commenti (opzionale) </td><tr><tr><td> OctoChrome Kit </td><td> Cytocell Ltd, Cambridge, UK </td><td> PMP 803 </td><td></td></tr><tr><td> fitoemoagglutinina (PHA) </td><td> Invitrogen Corporation </td><td> 10576-015 </td><td></td></tr><tr><td> Colcemid </td><td> Invitrogen Corporation </td><td> 15212-012 </td><td></td></tr><tr><td> Fissativo di Carnoy </td><td></td><td></td><td> Metanolo: acido acetico glaciale = 3: 1 </td></tr><tr><td> Fluorescenza mimicroscopio </td><td></td><td></td><td> Dotato di filtri per visualizzare DAPI, Texas Red, FITC, e gli spettri cumarina individualmente e uno DAPI / FITC / Texas Red triplo filtro per visualizzare colori diversi contemporaneamente </td></tr><tr><td> Metafer software </td><td> MetaSystems, Altlußheim, Germania </td><td></td><td> Facilitare per individuare tutte le metafasi e di rivalutare le anomalie </td></tr></tbody></table>

chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay

Ibridazione fluorescente in situ (FISH) è una tecnica che permette sequenze di DNA specifiche per essere rilevato su cromosomi in metafase o interfase in nuclei cella 1. La tecnica utilizza sonde di DNA con sequenze uniche che ibridano a interi cromosomi o specifiche regioni cromosomiche, e serve come un potente strumento in aggiunta alle classiche citogenetica. Per esempio, molti studi precedenti riportato la rilevazione frequente di aberrazioni cromosomiche aumento dei pazienti affetti da leucemia connessi con l&#39;esposizione benzene, benzene-avvelenamento pazienti e lavoratori sani esposti a benzene, utilizzando l&#39;analisi citogenetica classica 2. A base di pesce, alterazioni cromosomiche leucemia-specifici sono stati osservati per essere elevati nei lavoratori apparentemente sani esposti a benzene 3-6, indicando i ruoli critici dei cambiamenti cytogentic a benzene-indotta leucemogenesi. In generale, un test singolo pesce prende in esame solo uno o pochi cromosomi pochi intereo loci specifici per vetrino, in modo ibridazioni più bisogno di essere condotta su più diapositive per coprire tutti i cromosomi umani. Cariotipo spettrale (SKY) permette di visualizzare contemporaneamente l&#39;intero genoma, ma l&#39;esigenza di un apposito software e attrezzature limiti la sua applicazione 7. Qui, descriviamo un nuovo metodo di analisi FISH, OctoChrome-FISH, che può essere applicato per Chromosomics, che definiamo qui come l&#39;analisi simultanea di tutti i 24 cromosomi umani in una diapositiva in studi sull&#39;uomo, come ad esempio il cromosoma studio a livello aneuploidia (CWA) 8. La base del metodo, commercializzato dalla Cytocell come il Sistema Multiprobe Chromoprobe, è un dispositivo OctoChrome che è divisa in 8 quadrati, ciascuno dei quali svolge tre diverse intere sonde pittura cromosomiche (Figura 1). Ciascuno dei tre sonde è marcato direttamente con un fluoroforo colore diverso, verde (FITC), rosso (Texas Red), e blu (cumarina). La disposizione di combinazioni cromosomiche sul OctoChromdispositivo e è stato progettato per facilitare l&#39;identificazione delle non-casuali alterazioni cromosomiche strutturali (traslocazioni) che si trovano nei più comuni leucemie e linfomi, per esempio t (9; 22), t (15; 17), t (8; 21 ), t (14; 18) 9. Inoltre, le variazioni numeriche (aneuploidia) nei cromosomi possono essere rilevati simultaneamente. La diapositiva corrispondente modello è anche diviso in 8 quadrati sulla quale sono vincolati in metafase (Figura 2), e sia posizionata sopra il dispositivo OctoChrome. Le sonde e DNA bersaglio sono denaturato ad alta temperatura e ibridato in una camera umida, e quindi tutte le 24 cromosomi umani possono essere visualizzati simultaneamente. OctoChrome FISH è una tecnica promettente per la diagnosi clinica di leucemia e linfoma e per il rilevamento di aneuploidie in tutti i cromosomi. Abbiamo applicato questo nuovo approccio cromosomica in uno studio CWA dei lavoratori cinesi benzene esposti 8,10.

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Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Un romanzo fluorescenza<em&gt; In situ</emIbridazione&gt; (FISH), metodo che prende in esame contemporaneamente sia alterazioni cromosomiche numeriche e strutturali, in particolare le specifiche traslocazioni cromosomiche associate a leucemia e linfoma, di tutti i 24 cromosomi umani su un singolo dispositivo in una ibridazione, è descritto.

Chromosomics: Rilevamento delle alterazioni numeriche e strutturali in tutti i 24 cromosomi umani simultaneamente utilizzando un nuovo metodo di analisi FISH OctoChrome

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

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