Name: chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay
Uploaded: 2012-02-06T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay at JoVE.com

Yazarların eleştirel okuma ve el yazması düzenleme için Dr. Cliona M. McHale teşekkür etmek istiyoruz. Bu çalışma, Ulusal Çevre Sağlığı Bilimleri, L Zhang Sağlığı Hibe R01ES017452 bölgesinin Enstitüsü Ulusal Enstitüsü tarafından finanse edildi.

1. Örnek slayt hazırlama <ul><li> OctoChrome FISH,,,, de dahil olmak üzere,, insan hücreleri, of metafaz spreadler in chromosomal değişiklikleri incelemek etmek olarak tasarlanmış, ancak,, kültürlü periferik kan hücreleri,, stem / progenitor hücreleri, ve hücre hatları etmek sınırlıdır değil edilir. Örnekleri hazırlanan metafaz 3,11-13 hasat için standart bir prosedür takip edilmelidir: hücreleri şişmeye metafaz, hipotonik tedavi hücreleri tutuklamak için colcemid tedavi istihda...

<ol>
	<li>Levsky, J. M., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+situ+hybridization:+past,+present+and+future.">Fluorescence in situ hybridization: past, present and future.</a> J. Cell. Sci. 116, 2833-2838 (2003).</li><li>Zhang, L., Eastmond, D. A., Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nature+of+chromosomal+aberrations+detected+in+humans+exposed+to+benzene.">The nature of chromosomal aberrations detected in humans exposed to benzene.</a> Crit. Rev. Toxicol. 32, 1-42 (2002).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrations+in+chromosomes+associated+with+lymphoma+and+therapy-related+leukemia+in+benzene-exposed+workers.">Aberrations in chromosomes associated with lymphoma and therapy-related leukemia in benzene-exposed workers.</a> Environ. Mol. Mutagen. 48, 467-474 (2007).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Benzene+increases+aneuploidy+in+the+lymphocytes+of+exposed+workers:+a+comparison+of+data+obtained+by+fluorescence+in+situ+hybridization+in+interphase+and+metaphase.">Benzene increases aneuploidy in the lymphocytes of exposed workers: a comparison of data obtained by fluorescence in situ hybridization in interphase and metaphase.</a> Environ. Mol. Mutagen. 34, 260-268 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+aneusomy+and+long+arm+deletion+of+chromosomes+5+and+7+in+the+lymphocytes+of+Chinese+workers+exposed+to+benzene.">Increased aneusomy and long arm deletion of chromosomes 5 and 7 in the lymphocytes of Chinese workers exposed to benzene.</a> Carcinogenesis. 19, 1955-1961 (1998).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+translocations+and+aneusomy+in+chromosomes+8+and+21+among+workers+exposed+to+benzene.">Increased translocations and aneusomy in chromosomes 8 and 21 among workers exposed to benzene.</a> Cancer. Res. 58, 2176-2181 (1998).</li><li>Bayani, J., Squire, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+detection+of+chromosomal+aberrations+using+spectral+karyotyping.">Advances in the detection of chromosomal aberrations using spectral karyotyping.</a> Clin. Genet. 59, 65-73 (2001).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome-wide+aneuploidy+study+(CWAS)+in+workers+exposed+to+an+established+leukemogen,+benzene.">Chromosome-wide aneuploidy study (CWAS) in workers exposed to an established leukemogen, benzene.</a> Carcinogenesis. 32, 605-612 (2011).</li><li>Rowley, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+chromosome+translocations+in+leukemogenesis.">The role of chromosome translocations in leukemogenesis.</a> Semin. Hematol. 36, 59-72 (1999).</li><li>Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+OctoChrome+fluorescence+in+situ+hybridization+to+detect+specific+aneuploidy+among+all+24+chromosomes+in+benzene-exposed+workers.">Use of OctoChrome fluorescence in situ hybridization to detect specific aneuploidy among all 24 chromosomes in benzene-exposed workers.</a> Chem. Biol. Interact. , 153-154 (2005).</li><li>Barch, M. J., Lawce, H. J., Arsham, M. S., Barch, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> In The ACT cytogenetics laboratory. , 17-30 (1991).</li><li>Zhang, L., Yang, W., Hubbard, A. E., Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonrandom+aneuploidy+of+chromosomes+1,+5,+6,+7,+8,+9,+11,+12,+and+21+induced+by+the+benzene+metabolites+hydroquinone+and+benzenetriol.">Nonrandom aneuploidy of chromosomes 1, 5, 6, 7, 8, 9, 11, 12, and 21 induced by the benzene metabolites hydroquinone and benzenetriol.</a> Environ. Mol. Mutagen. 45, 388-396 (2005).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroquinone,+a+benzene+metabolite,+increases+the+level+of+aneusomy+of+chromosomes+7+and+8+in+human+CD34-positive+blood+progenitor+cells.">Hydroquinone, a benzene metabolite, increases the level of aneusomy of chromosomes 7 and 8 in human CD34-positive blood progenitor cells.</a> Carcinogenesis. 21, 1485-1490 (2000).</li><li>Smith, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+understanding+benzene+health+effects+and+susceptibility.">Advances in understanding benzene health effects and susceptibility.</a> Annu. Rev. Public. Health. 31, 133-148 (2010).</li></ol>

Bu roman OctoChrome-FISH testi, aynı anda tek bir slayt tek bir hibridizasyon Tüm 24 insan kromozomlarını incelemek için olanak sağlar. ,, 8 küçük kareler on chromosome kombinasyonları of aranjman,,,,,,, en çok,, ortak bir lösemilerin ve lenfomalarin in non bir-rasgele bir bir bir chromosome Çevrilmeler of tanımlama kolaylaştırmak etmek olarak tasarlanmış&gt; edilmiştir&gt; gelmiştir. Böylece, deney aynı zamanda sayısal (anöploidi) yanı sıra yapısal (translokasyonlar) kromozom değişiklikleri...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td><tr><tr><td> OctoChrome Seti </td><td> Cytocell Ltd, Cambridge, İngiltere </td><td> PMP 803 </td><td></td></tr><tr><td> fitohemaglutininlerin (PHA) </td><td> Invitrogen Corporation&#39;ın </td><td> 10576-015 </td><td></td></tr><tr><td> Colcemid </td><td> Invitrogen Corporation&#39;ın </td><td> 15212-012 </td><td></td></tr><tr><td> Carnoy Kullanıcı sabitleştirici </td><td></td><td></td><td> Methanol: glasiye asetik asit, = 3: 1 </td></tr><tr><td> Floresans microscope </td><td></td><td></td><td> Farklı renkler aynı anda görüntülemek için, DAPI, Texas Kırmızı, FITC, ve KUMARİN spektrumları bireysel ve DAPI / FITC / Texas Red üçlü filtre filtreler ile donatılmış </td></tr><tr><td> Metafer yazılım </td><td> :, MetaSystems, Altlussheim, Almanya </td><td></td><td> Tüm metafaz bulmak için kolaylaştırılması ve için anormallikler yeniden değerlendirmek </td></tr></tbody></table>

chromosomics: detection of numerical and structural alterations in all 24 human chromosomes simultaneously using a novel octochrome fish assay

Floresan in situ hibridizasyon (FISH), spesifik DNA dizilerinin hücre çekirdekleri 1 metafaz veya interfaz kromozomlar üzerinde tespit edilmesini sağlayan bir tekniktir. Tekniği, tüm kromozom ya da belirli kromozomal bölgeler melezler eşsiz dizileri ile DNA probları kullanır ve klasik sitogenetik güçlü bir yardımcı olarak hizmet vermektedir. Örneğin, çok daha önceki çalışmalarda, klasik sitogenetik analiz 2 kullanılarak, benzen maruz kalma, benzen zehirlenmesi hasta ve benzen maruz sağlıklı işçi ile ilgili lösemi hastalarında artmış kromozom anormallikleri sık algılama bildirdi. BALIK kullanarak, lösemi-spesifik kromozomal değişiklikler, benzen kaynaklı lökomogenezisin cytogentic değişikliklerin kritik rolleri belirten, benzen 3-6 maruz görünüşte sağlıklı işçiler yükselmiş olduğu gözlenmiştir. Genellikle olarak,,, bir tek bir bir FISH assay inceliyor,, yalnızca birini ya da, bir birkaç bir tamamını chromosomes ileveya slayt başına belirli lokusları, birden çok hibridizasyonları birden çok slayt insan kromozomlarının tümünü kapsayacak şekilde yürütülmesi gerekir. Spektral karyotip (SKY), aynı anda tüm genom görselleştirme, ancak özel bir yazılım ve donanım limitlerini uygulama 7 için gereksinimi sağlar. Burada, bir roman FISH testi, kromozom çapında anöploidi çalışma olarak insan çalışmaları, bir slayt tüm 24 insan kromozomlarının eşzamanlı analizi (CWAS) olarak tanımlayan Chromosomics için, uygulanabilir OctoChrome-BALIK, tarif 8. ,,,,, Chromoprobe Multiprobe System olarak Cytocell kullanıcısı tarafından pazarlanan yöntemini,, of temelinde,,,,,,,, üç farklı bir bir tamamını chromosome painting probları (Figure sık kullanılan 1) taşır her biri hangi 8 küçük kareler, içine bölünmüş edilir, bir OctoChrome bir aygıt konumundadır. Her üç probları doğrudan farklı bir renkli florofor yeşil (FITC), kırmızı (Texas Kırmızı) ve mavi (KUMARİN) ile etiketlenmiştir. Kromozom kombinasyonlarının OctoChrom düzenleme,,, t (15,; 17), t (8; 21 e-aygıt;,, örneğine t (22 9,) için,,,, en çok,, ortak bir lösemilerin ve lenfomalarin in bulundu non-rasgele bir bir bir,,, yapısal chromosome değişikler (translakosyon belirlenmiş) of olduğunda kimlik tespitinin kolaylaştırılması için olarak tasarlanmış olmuştur ), t (14; 18) 9 izlediği görülmüştür. Ayrıca, kromozomlardaki sayısal değişiklikleri (anöploidi) aynı anda tespit edilebilir. The karşılık gelen bir şablon slaydın,, aynı zamanda, 8 küçük kareler içine metafaz spreadler bağlıdırlar (Figure 2), ve,, OctoChrome bir aygıt üzerinden konumlandırılmış edilir hangi üzerine: bölünmüş edilir. Prob ve hedef DNA yüksek sıcaklık ve nemli bir odasında melezleşmiştir denatüre olup, daha sonra 24 insan kromozomlarının aynı anda görüntülenebilmekte. OctoChrome BALIK lösemi ve lenfoma klinik teşhis ve bütün kromozomlarda anöploidiler tespit için gelecek vaat eden bir tekniktir. Biz, benzen maruz kalan Çinli işçilerin 8,10 CWAS çalışmada bu yeni kromozomal yaklaşım uyguladık.

Watch this Scientific Journal Video about Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay at JoVE.com

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Bir roman floresans<em&gt; In-situ</em&gt; Hibridizasyon (FISH) yöntemi, aynı anda, özellikle sayısal ve yapısal kromozom değişiklikleri, lösemi ve lenfoma ile ilişkili bir hibridizasyon tek bir cihaz tüm 24 insan kromozomlarının belirli kromozomal translokasyonlar, inceler açıklanmıştır.

Chromosomics: Sayısal ve Yapısal Değişmeler Algılama Tüm 24 İnsan Kromozomlar Aynı zamanda Roman OctoChrome BALIK Test kullanma

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

Research

JoVE Journal

Biology

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

Floresan In situ İnsan Sperm hibridizasyon (FISH) Protokolü

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials

Lignocellulosic Malzemeler için Yüksek verim Saccharification Testi

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

Floresans tarafından viral RNA tespit edilmesi<em&gt; In situ</em&gt; Hibridizasyon (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Detecting Somatic Genetic Alterations in Tumor Specimens by Exon Capture and Massively Parallel Sequencing

Ekson yakalama ve Devasa Paralel Dizilimine tarafından Tümör Örneklerinin somatik genetik değişiklikler tespit

Efforts  to detect and investigate key oncogenic mutations have proven valuable to  facilitate the appropriate treatment for cancer patients. The ...

Efficient Production and Purification of Recombinant Murine Kindlin-3 from Insect Cells for Biophysical Studies

Verimli Üretimi ve Saflaştırılması Rekombinant murin kindlin-3 Biophysical Çalışmaları Böcek hücrelerinden

Kindlins are essential coactivators, with talin, of the cell surface receptors&#160;integrins and also participate in integrin outside-in signalling, and ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

Bıldırcın-ördek Chimeras kullanma Kraniyofasiyal Kalkınma için Türlere özgü Katılımlar değerlendirilmesi

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Recombinant Protein Expression for Structural Biology in HEK 293F Suspension Cells: A Novel and Accessible Approach

Bir Roman ve Erişilebilir Yaklaşım: Yapısal HEK 293F Askı Hücreleri Biyoloji Rekombinant Protein

The expression and purification of large amounts of recombinant protein complexes is an essential requirement for structural biology studies. For over two ...

Targeted RNA Sequencing Assay to Characterize Gene Expression and Genomic Alterations

RNA Sıralama Deneyi Gen İfade ve Genomik değişiklikleri tanımlamak için hedeflenen

RNA sequencing (RNAseq) is a versatile method that can be utilized to detect and characterize gene expression, mutations, gene fusions, and noncoding ...

Studying Ribonucleotide Incorporation: Strand-specific Detection of Ribonucleotides in the Yeast Genome and Measuring Ribonucleotide-induced Mutagenesis

Eğitim Ribonucleotide ortaklık: Strand-özel hafiye-in Ribonucleotides Maya genom ve Ribonucleotide kaynaklı Mutagenesis ölçme

The presence of ribonucleotides in nuclear DNA has been shown to be a source of genomic instability. The extent of ribonucleotide incorporation can be ...

Improved Fecundity and Fertility Assay for Aedes aegypti using 24 Well Tissue Culture Plates (EAgaL Plates)

Improved Fecundity and Fertility Assay for Aedes aegypti using 24 Well Tissue Culture Plates EAgaL Plates

24 Kuyu Doku Kültürü Plakası (EAgaL Plakaları) kullanılarak Aedes aegypti için Geliştirilmiş Doğurganlık ve Doğurganlık Tahlilleri

Mosquitoes represent a significant public health problem as vectors of various pathogens. For those studies that require an assessment of mosquito fitness ...