Name: locked nucleic acid flow cytometry-fluorescence in situ hybridization (lna flow-fish): a method for bacterial small rna detection
Uploaded: 2012-01-10T13:00:00
Duration: 9 min 45 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Locked Nucleic Acid Flow Cytometry-fluorescence in situ Hybridization LNA flow-FISH: a Method for Bacterial Small RNA Detection at JoVE.com

Bu çalışma, ABD Deniz Kuvvetleri Araştırma Laboratuvarı temel fonları yoluyla Deniz Kuvvetleri Araştırma Ofisi tarafından desteklenmiştir.

1. LNA probları ve deneysel tasarım <ol><li> Transkripsiyonu Srna / mRNA ters tamamlayıcı ya da onlara özel tasarlanmış Tasarım LNA probları <a href="http://www.exiqon.com">www.exiqon.com</a> . Eğer özel bir tasarım seçeneği kullanarak, sırası biliyorum, ama LNA spike desen değil. T m arasında değişen bir artış DNA veya RNA oligonükleotid sonuçları her LNA kalıntı yanı sıra iki ve 10 ° C LNA-RNA hibridizasyon dubleks 14. İdeal olarak, tasarlanan LNA probları, uzunluğu 20-25 nükleotidler (uzun probları sentezlemek için daha zordur) arasında olmalı ve T m ° C arasında 85-90 RNA hibridizasyon olmalıdır . </li><li> Dizisi tasarladıktan sonra, BLAST kullanımlı <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> veya prob sadece Srna / ilgi mRNA özgü olduğundan emin olmak için yerel veritabanı prob dizisi karşılaştırmak. </li><li>LNA prob sipariş ederken, LNA oligonükleotid 5 &#39;uç bir biotin-TEG değişiklik ekleyin. Biyotinilasyon streptavidin-boya konjuge post-hibridizasyon boyama için gerekli. 3. Bu değişiklik eklemek mümkün &#39;gerekirse sonu, ancak&#39; son 5 için ek daha az pahalı ve daha yüksek verim sonuçlanması gerekiyor. </li><li> Üç negatif kontroller yöntemi dahil edilmelidir: (i) LNA prob hibridizasyon adım sırasında eklenen olduğu bir &#39;hayır LNA kontrolü, (ii)&#39; boya &#39;kontrol LNA prob melezleşmiştir hedef Srna ama hibridizasyon olay floresan leke olmaması nedeniyle tespit ve (iii) &#39;olmayan ifade Srna / mRNA&#39; kontrolü için bir olmayan veya non-ifade Srna hedefleyen bir LNA prob kullanan değil non-spesifik hibridizasyon izlemek için. </li><li> Burada belirli bir LNA prob (LNA monomerlerin Srna CsrB tamamlayıcı ve &#39;5&#39;-biotin-TEG-gTccAttTccCgtCctTagCagC-3 dizisi varharfleri büyük). </li><li> -20 ° C&#39;de 10-20 mcL alikotları nükleaz içermeyen su ile tekrar süspansiyon 50 mg / ml ve mağaza liyofilize LNA alınmasından sonra </li></ol> Çözümler <ul><li> % 8 paraformaldehye (PFA), PBS içinde% 10 asetik asit: Mix 1 ml% 32 pfa, 400 mcL asetik asit, 400 mcL 10X PBS, pH = 7.4 ve 2.2 mL nükleaz içermeyen su. Dondurulmuş alikot için, -20 ° C&#39;de asetik asit olmadan tek kullanımlık alikotları dondurma. </li><li> % 60 dekstran sülfat çözeltisi: 50 ml konik boru 6.0 g dekstran sülfat ekleyin ve son hacim 10 ml su ekleyin. Dekstran sülfat eriyene kadar (1-2 saat sürebilir) bu karışıma bir su banyosunda 65 ° C ısıtın. İlave su, 10 ml hacmi korumak için çözünürleştirme süreci boyunca eklenmesi gerekir. Kısım, kullanılıncaya kadar -20 ° C&#39;de% 60 dekstran sülfat çözeltisi ve mağaza. </li></ul> 2. Tespit <ol><li> Hasat 1x10 bioluminescent, 8 hücre <em&gt; Vibrio campbellii veya bakteri ilgi ve 1.5 mL mikrosantrifüj tüp içine aktarabilirsiniz. Bu miktar hücre dört akış FISH örnekleri (belirli bir LNA prob örneği ve üç negatif kontroller) için yeterli başlangıç ​​materyali sağlar. Ek 1.5 mL mikrosantrifüj tüp alikotları diğer Srna / mRNA türleri test edilmesi gerekiyorsa alınmalıdır. </li><li> Pelet, beş dakika boyunca 2300 xg santrifüj yoluyla bakteri hücrelerinin. Pipetleme süpernatantı atın ve 1X PBS 400 mcL hücreleri tekrar süspansiyon haline getirin. </li><li> Bu karışıma, (1X PBS) çözümü tamponlu tuz iyice karıştırın 400 mcL 1X fosfat,% 8 paraformaldehye (PFA) ve% 10 asetik asit, 25, 10 dakika boyunca inkübe ° C beş dakika sonra bir kez karıştırma. Aksi belirtilmediği sürece tüm inkubasyon, ısıtılan bir tüp tutucu yapılmaktadır. Pfa çözelti taze olarak hazırlanır veya asetik asit ilave edildikten sonra dondurulmuş alikot kullanılmalıdır gerekir. Paraformaldehit crosslinking fiksatif bu helps korumak hücre morfolojisi ve hücre içi RNA korumak için. </li><li> Pelet, iki dakika boyunca 4500 xg santrifüj bu karışım hücreleri ve pipetleme süpernatant kaldırmak. Santrifüj gerektiren tüm gelecekteki adımları aynı ayarları (7K, 2 dak.) Kullanmanız gerekir. Süpernatantlar pipetleme ve şişeden kaldırılması gerektiğini aşağıdaki santrifüj dikkat etmek önemlidir. </li><li> Hücreler 400 mcL 1X PBS ile iki kez yıkayın ve 400 mcL 1X PBS nihai hücre pelletini tekrar süspansiyon haline getirin. Hücreler artık sabit ve 4 ° C 400 mcL 1X PBS yedi gün kadar saklanabilir. </li></ol> 3. Dietil pyrocarbonate tedavisi <ol><li> 1X PBS (400 bu çözüm, mcL buna göre ölçekli test edilecek her bir örnek için gereklidir) dietil pyrocarbonate (DEPC)% 0,1 çözüm 400 mcL hazırlayın. DEPC çözüm DEPC bir stok taze olarak hazırlanması gerekir. DEPC tedavi carbethoxylation RNases inaktive ve azalırarka plan sinyali. </li><li> Pipetleme tarafından her sabit bakteri hücre örneği için% 0.1 DEPC çözüm 400 mcL ekleyin ve iyice karıştırın. Bu karışımı 12 dakika boyunca 25 ° C&#39;de inkübe edin. 400 mcL 1X PBS, pelet hücreleri (7K, 2 dk) ile iki kez yıkayın ve hücrelerin süpernatantı kaldırmak. </li></ol> 4. Permeabilization <ol><li> Lizozim, 1.0 mg, 1.0 mg / ml çözümü için 1 ml Tris-EDTA tamponu (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 8.0) ekleyin. Bu çözüm, taze olarak hazırlanması gerekir. 25 800 hücrelerine 1 mg / ml lizozim çözüm mcL pipetleme ile iyice karıştırın ve inkübe ° C ile 30 dakika boyunca zaman zaman karıştırma. Pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak. Lizozim bakteri hücre duvarları peptidoglikan mevcut hidrolize permeabilization reaktif olarak görür. </li><li> TE tamponunda proteinaz K 3.0 mcg / mL solüsyon hazırlayın. Bu çözüm, -20 ° C&#39;de saklanan bir 20 mg / ml proteinaz K stok taze hazırlanmalıdırProteinaz K çeşitli proteinleri sindirir ve RNA probları ve reaktifler erişilebilirlik yardımcı bir serin proteaz. </li><li> Pipetleme ile 3.0 mikrogram / ml proteinaz K çözümü hücre pelletini 800 mcL ekleyin ve iyice karıştırın. Inkübasyon yarısına vorteks ile 15 dakika boyunca 25 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> Pelet hücreleri (7K, 2 dak), süpernatant kaldırmak ve hücrelerin 400 mcL 1X PBS ile bir kez yıkayın. Yıkama süpernatant çıkardıktan sonra, 400 mcL 1X PBS hücrelerin tekrar süspansiyon ve dört yeni 1.5 ml mikrosantrifüj tüpler içine tabanda 100 mcL ekleyin. Pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak. </li></ol> 5. Melezleme <ol><li> Her bir örnek için hibridizasyon tamponu (HB) 100 mcL hazırlayın. HB, hacim, kütle olarak% 10 dekstran sülfat (her 100 mcL için 16,7% 60 dekstran sülfat çözeltisi mcL eklemek), 1X Denhardt çözümü, 50 mM sodyum fosfat pH değeri 7.0 ile% 50 formamid oluşur2X sodyum sitrat (SSC), makaslanmış somon sperm DNA (SSSD) ve 20 mg maya tRNA, 20 mg. </li><li> HB bileşenleri her biri farklı bir amacı vardır. Formamid, böylece RNA denatürasyon ve hücre hasarını en aza indirmek yardımcı nükleik asit dublekslerden erime sıcaklığını düşürür. Dekstran sülfat hacim hariç polimer konsantresi ve prob hibridizasyon oranını artırmak için kullanılır. Denhardts çözüm, maya tRNA ve SSSD, non-spesifik bağlanma azaltmak için bir bloke edici ajanlar olarak hizmet. </li><li> Tabanda içeren 1,5 mL mikrosantrifüj tüpler hücrenin her birinde 95 mcL Srna / HB ve 5.0 mcL eklemek mRNA özel LNA ya da su (LNA negatif kontrol için) [özel LNA final konsantrasyonu 20 pmol]. Örneğin: <ol class="lalpha"><li> Tüp 1 - 95 mcL HB + 5.0 mcL Srna / mRNA özel prob </li><li> Tüp 2 - 95 mcL HB + 5.0 mcL Srna / mRNA özel probu (&#39;hiçbir boya&#39; negatif kontrol) </li><li> Tüp 3 - 95 mcL HB + 5.0 mcL Srna/ MRNA&#39;nın prob (&#39;non-ifade Srna / mRNA&#39; negatif kontrol) </li><li> Tüp 4 - 95 mcL HB + 5.0 mcL su (&#39;hayır LNA&#39; negatif kontrol) </li></ol></li></ol><ol start="4"><li> Dört örneğin 60 ° C&#39;de 60 dakika inkübe edin. Hibridizasyon sıcaklığı LNA prob (ler) T m bağlıdır ve yaklaşık 30 ° C tavlama RNA T m tahmin altında. HB yükseltilmiş hibridizasyon sıcaklık ve formamid Her iki Srna veya ilgi mRNA ikincil yapı denatürasyon sağlar. </li></ol> 6. Post-hibridizasyon yıkar <ol><li> Hibridizasyon sonra,% 0.1 arasında-20 (SSCT) hibridizasyon karışıma 1,0 mL 0.1x SSC ekleyin. Bu hücrelerin viskoz hibridizasyon çözüm kaldırıldı izin vermek için gerekli. Pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak. </li><li> % 50 formamid 200 mcL, 2X SSC,% 0.1 arasında-20 hücre pelletleri, iyice karıştırın ve incub30 dakika boyunca 65 ° C ısıtma bloğu yedik. </li><li> 1 ml 0.1x SSCT ekleyin ve karışımı, pelet hücreleri (7K, 2 dak) süpernatantı kaldırmak. </li><li> Hücrelerin tekrar süspansiyon haline getirin ve bir ısı bloğu içinde 40 dakika 65 ° C inkübe 500 mcL 0.1x SSCT ekleyin. Pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak. </li></ol> 7. Engelleme ve boyama <ol><li> (BB) engelleme tampon ve streptavidin-boya boyama çözüm hazırlayın. 5X stok (piyasada, Reaktifler bakınız) bir 1X BB çözüm hazırlayın. Dört tüplerin her set için 1.2 ml 1X BB hazırlamak. </li><li> Hücre pelet, tekrar süspansiyon 200 mcL 1X BB ekleyin ve 30 dakika boyunca inkübe 25 ° C </li><li> Streptavidin-konjuge boya biotinlenmiş LNA probları saptamak için kullanılır. Bloke ederken, 2 mcg / ml DyLight 488 streptavidin veya 30 dakika (üç örnekleri için, 300 mcL) 1X BB istenen boya streptavidin konjuge bir solüsyon hazırlanır. </li><li> Incub sonra1X BB, pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak ation. Hücre pelletleri streptavidin-boya çözüm 50 mcL ekleyin, iyice karıştırın ve 12 dakika boyunca inkübe 25 ° C sabit bir girdap veya bir Thermomixer karıştırma. &#39;Boya&#39; kontrol için, sadece 50 mcL 1X engelleme tampon ekleyin. Protokolün geri kalanı için, alüminyum folyo kullanarak ışık tüpleri korumak. </li><li> 500 mcL 0.1x SSCT tampon hücreler ile bir kez yıkayın ve bir kez 400 mcL 1X PBS ile% 0.1 arasında-20 (PBST). Pelet hücreleri (7K, 2 dk) ve süpernatant kaldırmak. </li><li> Ilk streptavidin-konjuge boyama ardından streptavidin-boya konjuge biotinlenmiş bir anti-streptavidin antikor tanıtan ve daha sonra ikinci kez (Şekil 2) melezleşmiş LNA prob başı sinyal çıkışı artırarak böylece streptavidin-boya ile boyanması, sinyal yükseltilir . </li><li> 100 mcL ekleyin, 1 mcg / ml, anti-1X PBS, resuspen streptavidin antikor biotinlenmiş25 d hücreleri ve inkübe ° C ile 30 dakika boyunca zaman zaman karıştırma. Pelet hücreleri (7K, 2 dak), süpernatant kaldırmak ve 400 mcL 1X PBST ile iki kez yıkayın. </li><li> 50 mcL 2 mcg / mL hücrelerin streptavidin-boya çözüm ekleyin, iyice karıştırın ve 12 dakika boyunca inkübe 25 ° C bir girdap veya bir Thermomixer sürekli karıştırma. &#39;Boya&#39; kontrol için, sadece 50 mcL 1X engelleme tampon ekleyin. </li><li> 500 mcL 0.1x SSCT tampon hücreler ile bir kez yıkayın ve bir kez 400 mcL 1X PBST. </li><li> 4 200 mcL 1X PBST ve mağaza hücrelerin yeniden süspanse ° C akış sitometri analizi için hazır olana kadar. Küçük bakteri hücrelerinin çekirdek büyüklüğünü azaltmak için yavaş akış hızı ayarlayın. Buna ek olarak, forward scatter eşik kesilecek akış sitometrelerinde, kesim küçük bakteri hücreleri tespit sağlamak için mümkün olduğu kadar düşük olmalıdır. </li><li> DyLight 488 tespiti için, akış sitometresinin, 488 nm lazer ve standart emisyon ile donatılmış olmalıdırFITC için filtreler. En az 2x10 4 olayları alınmalıdır. Diğer streptavidin-konjuge fluorophores farklı lazer ile donatılmış akış sitometrelerinde ile uyumluluk için, bu protokol için kullanılabilir. </li></ol> 8. Temsilcisi sonuçları Şekil 3A akım sitometri nokta arsa içinde, sabit ve etkin bir şekilde permeabilize hücrelerinin bir örnek gösterilmiştir . Permeabilization için yukarıda açıklanan koşullar kullanırken, hücre popülasyonu, küçük ve homojen gösteren birkaç hücre agrega. Lizozim yüksek konsantrasyonlarda (5 mg / ml) kullanıldığı zaman, hücreler agrega için daha sık ve daha büyük parçacıklar (Şekil 3B) göstergesi ileri artan dağılım değerleri göstermek. Başarılı bir LNA akış BALIK deney flow sitometri verileri bir örnek Şekil 4&#39;te gösterilmiştir. Histogram üç negatif kontroller ile birlikte, belirli bir hedef Srna algılama gösteriyor.&#39;Boya&#39; negatif kontrol &#39;hayır LNA&#39; ve &#39;olmayan ifade Srna&#39; negatif kontrollerin ardından en floresan üretir. Son olarak, Srna özel LNA prob ile örnek büyük floresan üretir. Yöntem ve LNA sondalar bu şekilde doğrulandıktan sonra, ek deneyler, mutasyonlar ya da çeşitli kültür koşulları, vb yanıt olarak, zaman içinde Srna sinyal değişiklikleri izlemek için tasarlanmıştır. <img alt="Şekil 1." src="/files/ftp_upload/3655/3655fig1.jpg" /> Şekil 1 genel bakteriyel Srna tespiti için bir LNA akış FISH deney düzeni tasviri. <img alt="Şekil 2." src="/files/ftp_upload/3655/3655fig2.jpg" /> Şekil 2 Boyama ve LNA akış BALIK sinyal amplifikasyon. a) biotinlenmiş LNA prob hibridizasyon. b) floresan DyLight 488 streptavidin konjuge Boyama. c) biotinlenmiş anti-s CiltDyLight 488 streptavidin treptavidin antikor. Antikor, antijen-bağlayıcı sitesi aracılığıyla streptavidin bağlamak veya biotin artıkları ile streptavidin bağlı olabilir. d) floresan DyLight 488 streptavidin konjuge daha fazla boyama ile sinyal Amplifikasyon. <img alt="Şekil 3." src="/files/ftp_upload/3655/3655fig3.jpg" /> Şekil 3: a) 1 mg / ml lizozim, 3 mg / ml proteinaz K permeabilization ve b) 5 mg / ml lizozim, 3 mg / ml proteinaz K permeabilization yan dağılım sonuçları karşısında ileri gösteren Flow sitometri nokta araziler . <img alt="Şekil 4." src="/files/ftp_upload/3655/3655fig4.jpg" /> Şekil 4 LNA akış-FISH sonuçları Histogram analizi. Her örnekten üretilen floresan sinyal dört izleri gösterilmiştir: siyah - Srna özel LNA prob, kırmızı - &#39;olmayan ifade Srna&#39; negatif kontrol, mavi - &#39;hiçbir LNA&#39; negatif kontrol, mor -&#39;Hayır boya&#39; negatif kontrol.

<ol>
	<li>Rufer, N., Dragowska, W., Thornbury, G., Roosnek, E., Lansdorp, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomere+length+dynamics+in+human+lymphocyte+subpopulations+measured+by+flow+cytometry.">Telomere length dynamics in human lymphocyte subpopulations measured by flow cytometry.</a> Nat. Biotechnol. 16, 743-747 (1998).</li><li>Lansdorp, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+in+telomere+length+of+human+chromosomes.">Heterogeneity in telomere length of human chromosomes.</a> Hum. Mol. Genet. 5, 685-691 (1996).</li><li>Pernthaler, A., Amann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+Fluorescence+In+Situ+Hybridization+of+mRNA+and+rRNA+in+Environmental+Bacteria.">Simultaneous Fluorescence In Situ Hybridization of mRNA and rRNA in Environmental Bacteria.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 5426-5433 (2004).</li><li>Jen, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow-FISH+analysis+and+isolation+of+clostridial+strains+in+an+anaerobic+semi-solid+bio-hydrogen+producing+system+by+hydrogenase+gene+target.">Flow-FISH analysis and isolation of clostridial strains in an anaerobic semi-solid bio-hydrogen producing system by hydrogenase gene target.</a> Appl. Microbiol. Biotechnol. 74, 1126-1134 (2007).</li><li>Robertson, K. L., Verhoeven, A. B., Thach, D., Chang, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+Viral+RNA+in+Infected+Cells+with+LNA+Flow-FISH.">Monitoring Viral RNA in Infected Cells with LNA Flow-FISH.</a> RNA. 16, 1679-1685 (2010).</li><li>Friedrich, U., Lenke, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+Enumeration+of+Lactic+Acid+Bacteria+in+Mesophilic+Dairy+Starter+Cultures+by+Using+Multiplex+Quantitative+Real-Time+PCR+and+Flow+Cytometry-Fluorescence+In+Situ+Hybridization.">Improved Enumeration of Lactic Acid Bacteria in Mesophilic Dairy Starter Cultures by Using Multiplex Quantitative Real-Time PCR and Flow Cytometry-Fluorescence In Situ Hybridization.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72, 4163-4171 (2006).</li><li>Thomsen, R., Nielsen, P. S., Jensen, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dramatically+improved+RNA+in+situ+hybridization+signals+using+LNA-modified+probes.">Dramatically improved RNA in situ hybridization signals using LNA-modified probes.</a> RNA. 11, 1745-1748 (2005).</li><li>Silahtaroglu, A. N., Tommerup, N., Vissing, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FISHing+with+locked+nucleic+acids+(LNA):+evaulation+of+different+LNA/DNA+mixmers.">FISHing with locked nucleic acids (LNA): evaulation of different LNA/DNA mixmers.</a> Mol. Cell. Probes. 17, 165-169 (2003).</li><li>Obika, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+2'-O,+4'-C-methyleneuridine+and+-cytidine.+Novel+bicyclic+nucleosides+having+a+fixed+C3'-endo+sugar+puckering.">Synthesis of 2'-O, 4'-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3'-endo sugar puckering.</a> Tetrahedron. Lett. 38, 8735-8738 (1997).</li><li>Koshkin, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LNA+(locked+nucleic+acids):+synthesis+of+the+adenine,+cytosine,+guanine,+5-methylcytosine,+thymine,+and+uracil+bicyclonucleoside+monomers+oligomerisation,+and+unprecedented+nucleic+acid+recognition.">LNA (locked nucleic acids): synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine, and uracil bicyclonucleoside monomers oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition.</a> Tetrahedron. 54, 3607-3630 (1998).</li><li>Kubota, K., Ohashi, A., Imachi, H., Harada, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+in+situ+hybridization+efficiency+with+locked-nucleic-acid-incorporated+DNA+probes.">Improved in situ hybridization efficiency with locked-nucleic-acid-incorporated DNA probes.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72, 5311-5317 (2006).</li><li>Robertson, K. L., Thach, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LNA+flow-FISH:+A+flow+cytometry-fluorescence+in+situ+hybridization+method+to+detect+messenger+RNA+using+locked+nucleic+acid+probes.">LNA flow-FISH: A flow cytometry-fluorescence in situ hybridization method to detect messenger RNA using locked nucleic acid probes.</a> Anal. Biochem. 390, 109-114 (2009).</li><li>Waters, L., Storz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+RNAs+in+bacteria.">Regulatory RNAs in bacteria.</a> Cell. 136, 615-628 (2009).</li><li>Petersen, M., Wengel, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LNA:+a+versatile+tool+for+therapeutics+and+genomics.">LNA: a versatile tool for therapeutics and genomics.</a> Trends. Biotechnol. 21, 74-81 (2003).</li><li>Corput, M. P. C. v. d., Grosveld, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+in+Situ+Hybridization+Analysis+of+Transcript+Dynamics+in+Cells.">Fluorescence in Situ Hybridization Analysis of Transcript Dynamics in Cells.</a> Methods. 25, 111-118 (2001).</li><li>Silveira, A. C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+non-coding+RNAs+in+environmental+vibrios.">Identification of non-coding RNAs in environmental vibrios.</a> Microbiology. 156, 2452-2458 (2010).</li></ol>

Yazarlar ifşa etmek başka bir şey var.

Burada sunulan LNA akış FISH yöntemi olan ifade önceden mikroarray tabanlı ifade profilleme ve ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu 16 ile teyit edilmiştir Gram-negatif deniz bir bakteri Vibrio campbellii bir Srna ifade algılamak için kullanılır oldu . Bugüne kadar, çeşitli RNA&#39;lar (protein aktivitesi, riboswitches ve mRNA modüle örneğin Trans-kodlanmış Srna, Srna) ifadesi izlemek için bu yöntemi kullanmıştır. Bunun gibi, biz yöntemi uyarlanabilir ve herhangi bir Srna veya mRNA hedef tespit etmek için kullanılan ve kullanılmak üzere, herhangi bir bakteri türlerinin ya da hücre tipi değiştirilebilir olabilir eminiz. Bu protokol değişikliği, diğer hücre türleri için gerekli ise, en önemli değişken manipüle dikkate permeabilization adımdır. Örneğin, burada açıklanan permeabilization koşullarını değiştirirken, lizozim ve proteinaz K konsantrasyonlarında değişiklikler test edilmelidir. Veya bu iki katına bulundu.lizozim ve proteinaz K miktarını üç katına LNA akış-FISH sonuçları büyük değişikliklere neden olmuştur. Ayrıca, ek permeabilization koşullarında test ederken, hücreler, hücre kaybı ve arka plan floresans oranı elde edilebilecek en iyi sinyal topaklanma için analiz edilmelidir. Hücre topaklanma ölçüde mikroskopi ve / veya akım sitometri test edilebilir. Ileri karşı tarafında dağılım nokta arsa ve doğru permeabilization yöntemi kuyrukları bu atık etkisini en aza indirmek olarak akış sitometri, hücre kümeleri bulunmaktadır. Bu yöntem ayrıca böyle digoxigenin gibi diğer hapten etiketli ek LNA probları hibridizasyon adımı sırasında eklenir ve daha sonra bir anti-digoxigenin antikor ve sekonder antikor fluorofor konjuge ile tespit olarak açıklanan protokole büyük değişiklikler olmadan multipleks Srna tespiti için uygun. Şu anda, biz bu yöntem ile karşılaştığım tek sınırlama, zayıf eski yeterli sinyal oluşturmak için onun yeteneksizliğialgılama eşiğini belirlemek için (hücre başına mutlak kopya sayısı) basıldığında Srna türler ve çabaları devam etmektedir. Genel olarak, LNA akış FISH yöntemi varlığı ve bir Srna türlerin göreceli bolluk ve kendi ifadesini değişir derece anlayışlar sağlamak için yüksek kapasiteli bir şekilde tek bir hücre seviyesinde bakteriyel Srna veya mRNA ölçmek için bir fırsat sunuyor bir nüfus.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktifi Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> 10X Fosfat salin (PBS), pH 7.4 tamponlu </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM9625 </td><td></td></tr><tr><td> Nükleazlar-serbest su </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM9932 </td><td> (DEPC tedavi edilmezse) </td></tr><tr><td> 32% paraformaldehid </td><td> Elektron Mikroskopi Bilimleri </td><td> RT 15.714 </td><td> Etanol ücretsiz </td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Acros Organics </td><td> 327290010 </td><td></td></tr><tr><td> Dietil pyrocarbonate (DEPC) </td><td> Sigma Aldrich </td><td> D5758 </td><td&gt; tutun kurutulmuş </td></tr><tr><td> Lizozim </td><td> Sigma Aldrich </td><td> L2879 </td><td></td></tr><tr><td> Proteinaz K (20 mg / ml) </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM2546 </td><td></td></tr><tr><td> Formamid </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM9342 </td><td> Deiyonize, kısım ve donma </td></tr><tr><td> Dekstran sülfat MW&gt; 500.000 </td><td> Sigma Aldrich </td><td> D8906 </td><td> Kısım% 60 çözüm ve donma </td></tr><tr><td> Denhardt çözümü 50X konsantre </td><td> Sigma Aldrich </td><td> D2532 </td><td> Kısım ve donma </td></tr><tr><td> Sodyum sitrat tampon 20X </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM9770 </td><td></td></tr><tr> &lt;td&gt; Somon sperm DNA (makaslanmış) 10 mg / ml </td><td> Uygulamalı Biyosistem / Ambion </td><td> AM9680 </td><td> Kısım ve donma </td></tr><tr><td> Maya tRNA (10 mg / ml) </td><td> Yaşam Teknolojileri / Invitrogen </td><td> 15401-011 </td><td> Kısım ve donma </td></tr><tr><td> Tween-20 </td><td> Sigma Aldrich </td><td> P9416 </td><td></td></tr><tr><td> In situ hibridizasyon engelleme çözümü 5x </td><td> Vektör Laboratuvarları </td><td> MB-1220 </td><td></td></tr><tr><td> DyLight 488 streptavidin </td><td> Vektör Laboratuvarları </td><td> SA-5488-1 </td><td></td></tr><tr><td> Biotinlenmiş, anti-streptavidin </td><td> Vektör Laboratuvarları </td><td> BA-0500 </td><td> Kısım ve donma </td></tr></tbody></table>

locked nucleic acid flow cytometry-fluorescence in situ hybridization (lna flow-fish): a method for bacterial small rna detection

Floresan in situ hibridizasyon (FISH), hücresel ortamda özel nükleik asit dizileri tespit ve lokalize için kullanılan güçlü bir tekniktir. Verimi arttırmak amacıyla, BALIK, tek tek hücrelerin binlerce hedef nükleik asit dizilerinin algılamayı etkinleştirmek için flow sitometri (flow-FISH) ile kombine edilebilir. Sonuç olarak, akış-FISH her hücre, böylece güçlü bir istatistik ve varyans analizleri izin, bağımsız bir gözlem olarak kabul edilir, çünkü lizat / topluluğu tabanlı nükleik asit algılama yöntemleri üzerinde ayrı bir avantaj sunuyor. Bu nitelikleri, FISH ve akış-FISH yöntemleri farklı uygulamaları bir dizi teşvik etmiştir ve bu yöntemlerin programını başarıyla viral çarpma izleme, telomer uzunluğu belirlenmesi 1,2, hücresel kimlik ve gen ekspresyonu 3,4 gösterilmiştir enfekte hücreleri 5, ve bakteriyel topluluk analizi ve numaralandırma6. Geleneksel olarak, özgüllük FISH ve akış-FISH yöntemleri, DNA oligonükleotit probları tarafından aktarılırdı olmuştur. Ancak, FISH ve akış-FISH probları olarak nükleik asit analogları ile DNA oligonükleotid problar değiştirilmesi nedeniyle doğal nükleik asitler 7,8 için bu analogları yüksek erime sıcaklığına (T m), her iki tekniğin de duyarlılık ve özgüllük arttı . Kilitli nükleik asit (LNA) probları nükleik asit analog bir DNA veya RNA dizisi 9,10 boyunca çivili LNA nükleotidler içeren bir tür. Akış FISH ile birleştiğinde, LNA problar daha önce geleneksel DNA probları 7,11 daha iyi performans göstermiştir edilmiş ve başarılı bir şekilde 5 memeli hücrelerinin ökaryotik mRNA 12 ve viral RNA tespit etmek için kullanılır olmuştur. İşte biz bu kapasitesini artırmak ve bakteri hücre RNA belirli algılama izin veren bir LNA akış FISH yöntemi tarif(Şekil 1). Özellikle, biz tespiti ile ilgilenen küçük olmayan kodlama düzenleyici RNA (Srna) çok kritik hücresel süreçleri 13 anahtar düzenleyici unsurları olarak hizmet olduğu gibi son birkaç yıl içinde oldukça büyük ilgi topladı. Ancak, sRNAs ve bakteri hücrelerinin Srna tespit zorlukları çalışma sınırlı araçlar bölümünde (genellikle uzunluğu 50-300 nükleotidler) nispeten küçük boyutu ve Srna moleküllerin düşük bolluk yanı sıra çalışma genel zorluk nedeniyle değişen hücre zarının küçük biyolojik hücreleri ile. Bu yöntemde, bakteri hücrelerinin yapısını korumak ve LNA probları penetrasyon yanı sıra düşük bolluk Srna belirli algılama (Şekil 2) sağlayan sinyal amplifikasyonu adımları izin fiksasyon ve permeabilzation koşulları açıklar.

Watch this Scientific Journal Video about Locked Nucleic Acid Flow Cytometry-fluorescence in situ Hybridization LNA flow-FISH: a Method for Bacterial Small RNA Detection at JoVE.com

Locked Nucleic Acid Flow Cytometry-fluorescence in situ Hybridization LNA flow-FISH: a Method for Bacterial Small RNA Detection

Yeni yüksek verimli bir yöntem kilitli nükleik asit probları ve flow sitometri floresan kullanarak tek bir bakteri hücrelerinin algılama ve göreceli küçük RNA ve mRNA ekspresyonu kantitatif açıklanan<em&gt; Yerinde</em&gt; Melezleşme.

Kilitli Nükleik Asit Sitometrisi-floresan Yerinde Hibridizasyon (LNA akış FISH): Bakteriyel Küçük RNA Algılama Yöntemi

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a powerful technique that is used to detect and localize specific nucleic acid sequences in the cellular ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Locked Nucleic Acid Flow Cytometry-fluorescence in situ Hybridization (LNA flow-FISH): a Method for Bacterial Small RNA Detection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Transfection and Mutagenesis of Target Genes in Mosquito Cells by Locked Nucleic Acid-modified Oligonucleotides

Kilitli Nükleik Asit modifiye Oligonükleotidler Transfeksiyon ve Sivrisinek Hücreler Hedef Genler Mutagenez

Plasmodium parasites, the causative agent of malaria, are transmitted through the bites of infected Anopheles mosquitoes resulting in over 250 million new ...

'Bioluminescent' Reporter Phage for the Detection of Category A Bacterial Pathogens

Kategori Algılama Bir Bakteriyel Patojenler &#39;Bioluminescent&#39; Muhabir Faj

Yersinia pestis and Bacillus anthracis are Category A bacterial pathogens that are the causative agents of the plague and anthrax, respectively 1. ...

Hybridization in situ of Salivary Glands, Ovaries, and Embryos of Vector Mosquitoes

Hybridization in situ of Salivary Glands, Ovaries, and Embryos of Vector Mosquitoes

Melezleme<em&gt; In situ</em&gt; Bezler, Yumurtalık ve Vektör Sivrisinek ve Embriyoların

Mosquitoes are vectors for a diverse set of pathogens including arboviruses, protozoan parasites and nematodes.  Investigation of transcripts and gene ...

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

Floresan<em&gt; In situ</emSivrisinekler ve Mitotik Kromozomlar üzerinde&gt; Hibridizasyon

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a technique routinely used by many laboratories to determine the chromosomal position of DNA and RNA probes. ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

Bakteriyel Yapay Kromozom: RNA Virüsler Pozitif iplikli Araştırmaları Fonksiyonel Genomik Aracı

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Rapid, Safe, and Simple Manual Bedside Nucleic Acid Extraction for the Detection of Virus in Whole Blood Samples

Tam kan örneklerinde virüs tespiti için hızlı, güvenli ve basit el ile başucu nükleik asit çıkarma

The rapid diagnosis of an infection is essential for the outbreak management, risk containment, and patient care. We have previously shown a method for ...

Quantitative Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) and Immunofluorescence (IF) of Specific Gene Products in KSHV-Infected Cells

Quantitative Fluorescence In Situ Hybridization FISH and Immunofluorescence IF of Specific Gene Products in KSHV-Infected Cells

KSHV Enfekte Hücrelerde Spesifik Gen Ürünlerinin Situ Hibridizasyonunda (FISH) ve İmmünfloresansında (IF) Kantitatif Floresan

Mechanistic insight arrives from careful study and quantification of specific RNAs and proteins. The relative locations of these biomolecules throughout ...

Modeling Hepatitis B Virus Infection in Non-Hepatic 293T-NE-3NRs Cells

Hepatik Olmayan 293T-NE-3NR Hücrelerinde Hepatit B Virüs Enfeksiyonunun Modelilmesi

HBV mainly infects human hepatocytes, but it has also been found to infect extrahepatic tissues such as kidney and testis. Nonetheless, cell-based HBV ...

A Non-Coding Small RNA MicC Contributes to Virulence in Outer Membrane Proteins in Salmonella Enteritidis

A Non-Coding Small RNA MicC Contributes to Virulence in Outer Membrane Proteins in Salmonella Enteritidis

Kodlamayan küçük RNA MicC, salmonella enteritidisteki dış zar proteinlerinde virülansa katkıda bulunur

A non-coding small RNA (sRNA) is a new factor to regulate gene expression at the post-transcriptional level. A kind of sRNA MicC, known in Escherichia ...