Embrioni di zebrafish trasparente si sono dimostrati padroni di casa modello utile per la visualizzazione e lo studio delle interazioni funzionali tra cellule immunitarie innate e batteri patogeni intracellulari, come ad esempio Salmonella typhimurium E Mycobacterium marinum. Micro-iniezione di batteri e multi-colore di imaging fluorescenza sono tecniche essenziali interessate dall'applicazione di modelli zebrafish infezione embrioni.