Name: quantitative, real-time analysis of base excision repair activity in cell lysates utilizing lesion-specific molecular beacons
Uploaded: 2012-08-06T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons at JoVE.com

وأيد هذا العمل من المنح المقدمة من مؤسسة بيتسبرغ والمعاهد الوطنية للصحة (NIH) [GM087798؛ CA148629؛ ES019498] لRWS. وقدم الدعم لمرفق UPCI Lentiviral إلى RWS من منحة دعم مركز السرطان من المعاهد الوطنية للصحة [P30 CA047904]. كما تم تقديم الدعم من قبل إدارة جامعة بيتسبرغ في علم الصيدلة والبيولوجيا الكيميائية في DS. كما تم تقديم الدعم من قبل ESTRO إلى السيرة الذاتية.

1. الجزيئية منارة التصميم 1.1 تصميم ويأمر منارة الخاص الجزيئية ويجب تصميم منارة الخاص الجزيئية مراعاة ما يلي: <ol class="lalpha" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لدينا نتائج جيدة مع الحمض ?...

<ol>
	<li>Mutamba, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XRCC1+and+base+excision+repair+balance+in+response+to+nitric+oxide.">XRCC1 and base excision repair balance in response to nitric oxide.</a> DNA Repair (Amst). 10, 1282-1293 (2011).</li><li>Tang, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-methylpurine+DNA+glycosylase+and+DNA+polymerase+beta+modulate+BER+inhibitor+potentiation+of+glioma+cells+to+temozolomide.">N-methylpurine DNA glycosylase and DNA polymerase beta modulate BER inhibitor potentiation of glioma cells to temozolomide.</a> Neuro-oncology. 13, 471-486 (2011).</li><li>Clegg, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+resonance+energy+transfer+and+nucleic+acids.">Fluorescence resonance energy transfer and nucleic acids.</a> Methods Enzymol. 211, 353-388 (1992).</li><li>Yaron, A., Carmel, A., Katchalski-Katzir, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intramolecularly+quenched+fluorogenic+substrates+for+hydrolytic+enzymes.">Intramolecularly quenched fluorogenic substrates for hydrolytic enzymes.</a> Anal. Biochem. 95, 228-235 (1979).</li><li>Kreklau, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+fluorometric+oligonucleotide+assay+to+measure+O(+6)-methylguanine+DNA+methyltransferase,+methylpurine+DNA+glycosylase,+8-oxoguanine+DNA+glycosylase+and+abasic+endonuclease+activities:+DNA+repair+status+in+human+breast+carcinoma+cells+overexpressing+methylpurine+DNA+glycosylase.">A novel fluorometric oligonucleotide assay to measure O( 6)-methylguanine DNA methyltransferase, methylpurine DNA glycosylase, 8-oxoguanine DNA glycosylase and abasic endonuclease activities: DNA repair status in human breast carcinoma cells overexpressing methylpurine DNA glycosylase.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2558-2566 (2001).</li><li>Belon, C. A., Frick, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+helicase+activity+with+molecular+beacons.">Monitoring helicase activity with molecular beacons.</a> BioTechniques. 45, 433-442 (2008).</li><li>Ma, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+monitoring+of+DNA+polymerase+activity+using+molecular+beacon.">Real-time monitoring of DNA polymerase activity using molecular beacon.</a> Anal. Biochem. 353, 141-143 (2006).</li><li>Summerer, D., Marx, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+beacon+for+quantitative+monitoring+of+the+DNA+polymerase+reaction+in+real-time.">A molecular beacon for quantitative monitoring of the DNA polymerase reaction in real-time.</a> Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 41, 3620-3622 (2002).</li><li>Liu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+molecular+beacon+to+monitor+activity+of+E.+coli+DNA+ligase.">Using molecular beacon to monitor activity of E. coli DNA ligase.</a> The Analyst. 130, 350-357 (2005).</li><li>Xiao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Catalytic+beacons+for+the+detection+of+DNA+and+telomerase+activity.">Catalytic beacons for the detection of DNA and telomerase activity.</a> J. Am. Chem. Soc. 126, 7430-7431 (2004).</li><li>Kundu, L. M., Burgdorf, L. T., Kleiner, O., Batschauer, A., Carell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleavable+substrate+containing+molecular+beacons+for+the+quantification+of+DNA-photolyase+activity.">Cleavable substrate containing molecular beacons for the quantification of DNA-photolyase activity.</a> Chembiochem : a European journal of chemical biology. 3, 1053-1060 (2002).</li><li>Sokol, D. L., Zhang, X., Lu, P., Gewirtz, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real+time+detection+of+DNA.RNA+hybridization+in+living+cells.">Real time detection of DNA.RNA hybridization in living cells.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 11538-11543 (1998).</li><li>Yang, X., Tong, C., Long, Y., Liu, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+fluorescence+assay+for+hSMUG1+activity+based+on+modified+molecular+beacon.">A rapid fluorescence assay for hSMUG1 activity based on modified molecular beacon.</a> Molecular and cellular probes. 25, 219-221 (2011).</li><li>Mirbahai, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+a+molecular+beacon+to+track+the+activity+of+base+excision+repair+protein+OGG1+in+live+cells.">Use of a molecular beacon to track the activity of base excision repair protein OGG1 in live cells.</a> DNA Repair (Amst). , (2009).</li><li>Maksimenko, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+beacon+assay+for+measuring+base+excision+repair+activities.">A molecular beacon assay for measuring base excision repair activities.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 319, 240-246 (2004).</li></ol>

هناك أكثر من 600 الاستشهادات باستخدام &#39;منارة الجزيئي &quot;على المدى لكشف وقياس جزيئات عديدة والأنشطة الأنزيمية، بما في ذلك النشاط helicase 6، نشاط الحمض النووي بوليميريز 7،8، الحمض النووي يغاز النشاط 9، نشاط التيلوميراز 10، الحمض النووي photolyase نشاط <s...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> كلوريد البوتاسيوم </td><td> الصياد </td><td> P217-500 </td><td> الجزيئية الصف </td></tr><tr><td> EDTA </td><td> الصياد </td><td> BP120-500 </td><td></td></tr><tr><td> الغليسيرول </td><td> الصياد </td><td> BP229-1 </td><td> الجزيئية الصف </td></tr><tr><td> DTT </td><td> الصياد </td><td> BP172-5 </td><td></td></tr><tr><td> HEPES-الحل </td><td> إينفيتروجن </td><td> 15630 </td><td></td></tr><tr><td> HEPES السلط </td><td> سيغما </td><td> H4034-500G </td><td></td></tr><tr><td> هيدروكسيد البوتاسيوم </td><td> سيغما </td><td> 17-8 </td><td></td></tr><tr><td> 0.22μM فلتر </tد&gt; <td> Nalgene </td><td> 167-0020 </td><td></td></tr><tr><td> منتجات غسيل الكلى الشريحة-A-Lyzer </td><td> ثقب </td><td> 66373 </td><td> 7000 ميغاواط </td></tr><tr><td> محقنة </td><td> الصياد </td><td> 309659 </td><td></td></tr><tr><td> إبرة </td><td> الصياد </td><td> 305196 </td><td></td></tr><tr><td> 1.5 مل أنابيب Microcentrifuge </td><td> الصياد </td><td> 05-408-129 </td><td> أسود </td></tr><tr><td> 15 مليلتر الصقر أنابيب </td><td> الصياد </td><td> 352097 </td><td></td></tr><tr><td> كيت NucBuster استخراج البروتين </td><td> Calbiochem </td><td> 71183 </td><td></td></tr><tr><td> برنامج تلفزيوني </td><td> إينفيتروجن </td><td> 14190 </td><td></td></tr><tr><td> الجزيئية منارات </td><td> IDT </td><td></td><td></td></tr><tr><td> BioRad البروتين فحص صبغ إعادةعامل التركيز </td><td> BioRad </td><td> القط # 500-0006 </td><td></td></tr></tbody></table>

quantitative, real-time analysis of base excision repair activity in cell lysates utilizing lesion-specific molecular beacons

ونحن تصف طريقة لقياس الكمي في الوقت الحقيقي، من glycosylase الحمض النووي والأنشطة نوكلياز داخلية AP في lysates النووية الخلية باستخدام قاعدة الختان إصلاح (ديسمبر) منارات الجزيئية. وتتألف الركيزة (منارة) لdeoxyoligonucleotide تحتوي على آفة قاعدة واحدة مع Carboxyfluorescein-6 (6-FAM) شاردة مترافق إلى 5&#39;end وشاردة Dabcyl مترافق إلى نهاية 3 &#39;للنيوكليوتيدات دقيقة. منارة الجزيئية BER هو 43 قواعد في طول وصمم تسلسل للترويج لتشكيل هيكل الجذعية حلقة مع 13 النيوكليوتيدات في حلقة وأزواج قاعدة ال 15 في 1،2 الجذعية. عندما مطوية في هذا التكوين تطفئ شاردة 6-FAM بواسطة Dabcyl بطريقة غير فلوري عبر نقل طاقة الرنين فورستر (الحنق) 3،4. يتم وضع هذه الآفة أن آفة قاعدة التالية إزالة وانفصال حبلا يتم تحرير ما تبقى قليل النوكليوتيد قاعدة 5 يحتوي على شاردة 6-FAM من الجذع. الافراج عنكتيبة الثانية من نتائج (Dabcyl) في فاكهه تقضي بزيادة قدرها مضان أن يتناسب مع مستوى من إصلاح الحمض النووي. من خلال جمع العديد من يقرأ من القيم مضان، في الوقت الحقيقي وتقييم نشاط BER هو ممكن. استخدام معيار كمي الصكوك PCR في الوقت الحقيقي ويسمح تحليل عينات عديدة في وقت واحد. تصميم هذه المنارات BER الجزيئية، مع آفة قاعدة واحدة، غير قابلة للتحليل الحركي، والتحقق من صحة تقدير BER المانع ويمكن تكييفه لتقدير حجم النشاط وإصلاح الحمض النووي في الأنسجة والخلايا السرطانية lysates أو مع تنقية البروتينات. قد تحليل نشاط BER في lysates الورم أو الأنسجة aspirates استخدام هذه منارات الجزيئية أن تنطبق على القياسات العلامات البيولوجية الوظيفية. علاوة على ذلك، تحليل للنشاط BER مع تنقية البروتينات باستخدام هذا الاختبار الكمي ويوفر السريع، والإنتاجية العالية لطريقة لاكتشاف والتحقق من مثبطات BER.

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons at JoVE.com

Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons

ونحن تصف طريقة لقياس الكمي في الوقت الحقيقي، من glycosylase الحمض النووي والأنشطة نوكلياز داخلية AP في lysates النووية الخلية. الفحص تؤدي معدلات النشاط وإصلاح الحمض النووي قابلة للتحليل الحركي ويمكن تكييفه لتقدير حجم النشاط وإصلاح الحمض النووي في الأنسجة وlysates ورم أو مع البروتينات تنقيته.

كمي، في الوقت الحقيقي وتحليل قاعدة الختان في نشاط إصلاح Lysates خلية الاستفادة من الآفات محددة منارات الجزيئية

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base ...

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

الكمية في الوقت الحقيقي باستخدام PCR العلمية الحرارية سولاريس qPCR الفحص

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

تحليل التعبير الجيني في الحفار الرماد الزمرد ( Agrilus planipennis) عن طريق ريال الكمية من الزمن - PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

من التنميط المسبق الجزئي الرناوات و microRNAs باستخدام الكمية في الوقت الحقيقي PCR (qPCR) صالحة

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Application of MassSQUIRM for Quantitative Measurements of Lysine Demethylase Activity

تطبيق MassSQUIRM لقياسات كمية من نشاط Demethylase ليسين

Recently, epigenetic regulators have been discovered as key players in many different diseases 1-3. As a result, these enzymes are prime targets for small ...

A Quantitative Fitness Analysis Workflow

تحليل كمي لياقة سير العمل

Quantitative Fitness Analysis (QFA) is an experimental and computational workflow for comparing fitnesses of microbial cultures grown in parallel1,2,3,4. ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

التصور والتحليل من جزيئات الرنا المرسال عن طريق الإسفار<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين في<em&gt; خميرة الخباز</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

التصوير في الوقت الحقيقي من واحدة المهندسة رنا النصوص في الخلايا الحية عن طريق Ratiometric ثنائي الجزيء منارات

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

Real Time Analysis of Metabolic Profile in Ex Vivo Mouse Intestinal Crypt Organoid Cultures

Real Time Analysis of Metabolic Profile in Ex Vivo Mouse Intestinal Crypt Organoid Cultures

تحليل الوقت الحقيقي ايض الملف في<em&gt; فيفو السابقين</em&gt; الثقافات ماوس المعوية سرداب عضي

The small intestinal mucosa exhibits a repetitive architecture organized into two fundamental structures: villi, projecting into the intestinal lumen and ...

Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

يستند التحقيق، في الوقت الحقيقي PCR مقاربات للقياس الكمي من microRNAs

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

تحليل qPCRTag - إنتاجية عالية، في الوقت الحقيقي PCR الفحص لSc2.0 التنميط الجيني

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...