Name: using rna-mediated interference feeding strategy to screen for genes involved in body size regulation in the nematode c. elegans
Uploaded: 2013-02-13T12:00:00
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우리는 다양한 개발 시간 지점에서 동물의 숫자를 제공하기 위해 제임스 클락을 감사드립니다. C. 본 연구의 elegans 변종은 연구 자원에 대한 NIH 국립 센터 (NCRR)에 의해 지원됩니다 Caenorhabditis 유전학 센터에서 얻은되었습니다. 이 작품은 CUNY에서 JL과 CSD에 CIRG 1817에 의해 지원되었다, 그리고 NIH 1R15GM073678-01와 CSD로 1R15GM097692-01에 의해 우리는 원고에 대한 의견에 박사 윌리엄 J 쌀, 박사 Nathalia Holtzman, 그리고 멜리사 Silvestrini 감사드립니다. 이 작품은 뉴욕시 대학 (S. Xiong)의 대학원 센터에서 박사 학위에 대한 요구 사항의 일부 이행 실시되었다.

1. 대상 유전자 시퀀스을 지니고 RNAi 수유 플레이트 준비 <ol><li> 상업적으로 이용 가능한 RNAi 라이브러리 (예를 들면 소스 BioScience LifeSciences에서) 사용하는 경우, 1.4 단계로 진행합니다. 또한, 표준 복제 프로토콜, 벡터 L4440, 8 RNAi 플라스미드 일반적으로 사용되는 웜으로 대상 유전자 시퀀스를 복제. </li><li> 박테리아 변종 HT115 (DE3), 25 μg / ML carbenicillin과 LB 한천 플레이트에 문화를 ?...

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	<li>Melnyk, C. W., Molnar, A., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+and+systemic+movement+of+RNA+silencing+signals.">Intercellular and systemic movement of RNA silencing signals.</a> Embo J. 30, 3553-3563 (2011).</li><li>Wall, N. R., Shi, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+RNA:+can+RNA+interference+be+exploited+for+therapy.">Small RNA: can RNA interference be exploited for therapy.</a> Lancet. 362, 1401-1403 (2003).</li><li>Kalantidis, K., Schumacher, H. T., Alexiadis, T., Helm, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+silencing+movement+in+plants.">RNA silencing movement in plants.</a> Biol. Cell. 100, 13-26 (2008).</li><li>Shim, M. 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이 프로토콜에서는, 우리는 C.의 몸 크기 결함이있는 돌연변이의 식별을위한 우리의 방법을 설명 RNAi 먹이로 elegans. 이 방법은 TGF-β 신호 구성 요소의 식별에 적용됩니다. 이러한 구성 요소가 매우 진화 15 일까지 보존되어 있으므로, 이러한 화면은 metazoans에서 TGF-β 신호의 분자 메커니즘을 elucidating에 관련이 있습니다. 이러한 화면 설계의 중요한 고려 사항은 시작 변형입니?...

<table border="1"><tbody><tr><td></td><td></td><td></td><td> RNAi 웜 판 17.7 g 웜 매체 믹스 60g의 한천 3리터에 H 2 O를 추가합니다. 압력솥. 3 ML 1M IPTG (살균), 3 ML 25 MG / ML Carbenicillin을 (무균)을 추가 한 후 60mm 배양 접시에 부어. 웜 판 17.7 g 웜 매체 믹스 0.6 g의 스트렙토 마이신의 황산 60g의 한천 3리터에 H 2 O를 추가합니다. 압력솥. 60mm 배양 접시에 넣어. 웜 매체 믹스 55g 트리스-CL 24g 트리스-OH 310g Bacto 펩톤 800 MG의 콜레스테롤 200g NaCl 철저하게 섞어서 덩어리를 방지해야합니다,이 가루 혼합물을 사용하기 전에 몇 개월 동안 저장 될 수 있습니다. 2퍼센트 아가로 오스 0.5 g 아가로 오스 광고D 25 ML DH 2 O. 전자 레인지의 열 용해 될 때까지. 1M 이소 프로필 β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) 2g IPTG in10 ML DH 2 O를 해산 1M 앤 3 6.5 g 앤 3 100 ML에 DH 2 O를 추가합니다 25 MM 앤 3 2.5 ML 1M 앤 3 100 ML에 DH 2 O를 추가합니다 Caenorhabditis 유전학 센터에서 Caenorhabditis elegans 플라스미드 L4440 (암피실린 저항 유전자를 운반) 16, 박테리아가 HT115 (DE3)을 (또한 테트라 사이클린 - 저항 유전자를 운반 RNAse III 유전자 (dsRNAse)에 대한 결함 IPTG inducible T7의 효소 포함) 변형 60mm 페트리 요리 100mm 배양 접시 14 ML 둥근 바닥 팔콘 문화 관 유리 슬라이드 유리 coverslips 1-20 μl pipettor 20-200 μl pipettor 200-1000 μlpipettor 1-200 μl pipet 팁 200-1000 μl pipet 팁 1.5 ML Eppendorf 튜브 백금 와이어 웜 픽 </td></tr></tbody></table>

using rna-mediated interference feeding strategy to screen for genes involved in body size regulation in the nematode c. elegans

두 번 스트랜드 RNA로 인한 간섭 (RNAi)는 대상 유전자 표현 1-3를 비판 할 효과적인 전략이다. 그것은 식물, 무척추 동물 및 vertebrates 등 많은 모델 시스템에 적용되었습니다. 생체 4,5에서 RNAi를 달성하기위한 다양한 방법이 있습니다. 예를 들어, 대상 유전자는 RNAi 벡터로 변환 한 후 영구적 또는 transiently 셀 라인 또는 유전자 최저 효과를 달성 할 기본 세포로 변환 될 수 있으며, 대안 특정 대상 유전자 (RNAi oligos)에서 두 번 스트랜드의 oligonucleotides를 합성 transiently 수 있습니다 대상 유전자를 침묵하는 세포 라인 또는 기본 세포로 변환, 또는 합성 두 번 좌초 RNA 분자는 생명체로 microinjected 할 수 있습니다. 선충류 C. 이후 elegans는 박테리아가 대상 유전자에 대한 이중 가닥 RNA을 표현과 함께 동물 먹이, 식품 소스로 박테리아를 사용하는 가능한 전략 6 제공합니다. 여기 RNAi 먹이를 제공방법은 몸 크기 표현형의 점수를합니다. C. 몸 크기 elegans는 주로 TGF-β에 의해 규제되어 있습니다 - 같은 리간드 DBL-1,이 분석은 TGF-β 신호 구성 요소를 7 식별에 적합합니다. 우리는 RNAi 먹이 실험을 반복하는 두 RNAi 지나치게 긴장 등의 다양한 변종을 사용. 우리의 결과는 rrf-3 스트레인가 우리에게 가장 예상 RNAi의 표현형 준 것으로 나타났다. 방법은 수행 할 수 쉽게 재현, 쉽게 계량입니다. 또한, 우리의 프로토콜은 특수 장비의 사용을 최소화하기 때문에 작은 실험실 또는 주로 대학 기관에서 사람들에게 적합합니다.

우리의 연구에서, 우리는 DBL-1/TGF-β 경로의 몸 크기 조절에 중점을두고 있습니다. 야생 형 동물 7,10,11에 비해 짧은 몸 길이 등의 작은 몸 크기 DBL-1 경로 결과의 함수의 손실. C.에 따라서 화면 elegans의 몸 크기 돌연변이 TGF-β 신호 구성 요소와 수식을 식별 할 수 있습니다. DBL-1 신호는 세포 표면 수용체와 세포 Smad 신호 변환기 12 포함 보존 TGF-β 신호 전달 경로에 의해 ?...

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Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

우리는에서 대상 유전자와 점수 몸 크기 표현형을 노크 RNAi 먹이 기술을 사용하는 방법을 보여줍니다<em&gt; C. elegans</em&gt;. 이 방법은 같은 DBL-1/TGF-β 신호의 몸 크기 조절에 관여 것과 같은 관심의 잠재적 유전자 구성 요소를 식별하기 위해 대규모 화면에 사용 될 수 있습니다.

선충류의 바디 크기 규정에 참여 유전자에 대한 화면으로 RNA로 인한 간섭 수유 전략을 사용하여<em&gt; C. elegans</em

Double-strand RNA-mediated interference (RNAi) is an effective strategy to knock down target gene expression1-3. It has been applied to many model systems ...

Research

JoVE Journal

Biology

Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

잠재적인 파킨슨병의 유전자 검증을위한 C. 엘레간스 도파민 신경 세포의 변성 분석의 응용

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

연구

생물학

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribosome 바운드 초기 Polypeptides의 분리<em&gt; 체외에서</em&gt; mRNA 함께 Translational 일시 중지 사이트를 식별하려면

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribosome 바운드 Polypeptides을 파악하는 도구로 SecM 체포 시퀀스를 사용하여

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

Antibody Staining in C. Elegans Using "Freeze-Cracking"

항체 염색법에<em&gt; C. 엘레</em&gt; &quot;동결 크래킹 사용&quot;

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes

Large-scale Gene Knockdown in C. elegans Using dsRNA Feeding Libraries to Generate Robust Loss-of-function Phenotypes

대규모 유전자 넉다운에<em&gt; C. 엘레</em&gt; 강력한 기능 상실 표현형을 생성하는 dsRNA를 먹이는 라이브러리 사용

RNA interference by feeding worms bacteria expressing dsRNAs has been a useful tool to assess gene function in C. elegans. While this strategy works well ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

사용<em&gt; 예쁜 꼬마 선충</em&gt; 다세포 생물의 단백질 항상성을 연구하는 모델 시스템으로

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

방법은 근육의 세포 내 구획을 평가하기 위해<em&gt; C. 엘레</em

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age ...

Measuring Glutathione-induced Feeding Response in Hydra

히드라의 글루타티온 유도 먹이 반응을 측정

Hydra is among the most primitive organisms possessing a nervous system and chemosensation for detecting reduced glutathione (GSH) for capturing the prey. ...

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

의 발달 프로세스 추적 및 정량화<em&gt; C. 엘레</em&gt; 오픈 소스 도구를 사용하여

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

C. 예쁜꼬마선충에서 RAN 펩타이드 독성 측정

C. elegans is commonly used to model age-related neurodegenerative diseases caused by repeat expansion mutations, such as Amyotrophic Lateral Sclerosis ...