Name: whole mount rna fluorescent in situ hybridization of drosophila embryos
Uploaded: 2013-01-30T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos at JoVE.com

ويدعم عمل أجريت في المختبر Lécuyer بتمويل من علوم والهندسة الوطنية مجلس كندا (NSERC)، والمعاهد الكندية لأبحاث الصحة (CIHR) ودي فون بحوث EN سانتيه كيبيك (FRSQ). ويدعم فابيو الكسيس يفبفر وجايل Moquin-Beaudry من NSERC دراسية البحوث الجامعية، في حين يتم اعتماد كارول Iampietro من الزمالة ما بعد الدكتوراه Pizzagalli انجيلو.

1. دقق إعداد RNA لمحة عامة: يصف القسم التالي الخطوات اللازمة لجعل Digoxigenin (حفر)-RNA المسمى تحقيقات مناسبة للأسماك. الخطوة الأولى تنطوي على استنساخ أو تضخيم PCR تسلسل المقابلة لمنطقة المحولة من الجين من الفائدة التي سيتم استخدامه...

<ol>
	<li>Wilcox, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fundamental+principles+of+in+situ+hybridization.">Fundamental principles of in situ hybridization.</a> J. Histochem. Cytochem. 41, 1725-1733 (1993).</li><li>Tautz, D., Pfeifle, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+non-radioactive+in+situ+hybridization+method+for+the+localization+of+specific+RNAs+in+Drosophila+embryos+reveals+translational+control+of+the+segmentation+gene+hunchback.">A non-radioactive in situ hybridization method for the localization of specific RNAs in Drosophila embryos reveals translational control of the segmentation gene hunchback.</a> Chromosoma. 98, 81-85 (1989).</li><li>Lecuyer, E., Tomancak, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+the+gene+expression+universe.">Mapping the gene expression universe.</a> Curr Opin Genet Dev. 18, 506-512 (2008).</li><li>Tomancak, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+analysis+of+patterns+of+gene+expression+during+Drosophila+embryogenesis.">Global analysis of patterns of gene expression during Drosophila embryogenesis.</a> Genome Biol. 8, 2007-208 (2007).</li><li>Thisse, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+and+temporal+expression+of+the+zebrafish+genome+by+large-scale+in+situ+hybridization+screening.">Spatial and temporal expression of the zebrafish genome by large-scale in situ hybridization screening.</a> Methods Cell Biol. 77, 505-519 (2004).</li><li>Quiring, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+expression+screening+by+automated+whole-mount+in+situ+hybridization.">Large-scale expression screening by automated whole-mount in situ hybridization.</a> Mech. Dev. 121, 971-976 (2004).</li><li>Pollet, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+atlas+of+differential+gene+expression+during+early+Xenopus+embryogenesis.">An atlas of differential gene expression during early Xenopus embryogenesis.</a> Mech. Dev. 122, 365-439 (2005).</li><li>Lein, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain.">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445, 168-176 (2007).</li><li>Lecuyer, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+analysis+of+mRNA+localization+reveals+a+prominent+role+in+organizing+cellular+architecture+and+function.">Global analysis of mRNA localization reveals a prominent role in organizing cellular architecture and function.</a> Cell. 131, 174-187 (2007).</li><li>Imai, K. S., Levine, M., Satoh, N., Satou, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+blueprint+for+a+chordate+embryo.">Regulatory blueprint for a chordate embryo.</a> Science. 312, 1183-1187 (2006).</li><li>Bell, G. W., Yatskievych, T. A., Antin, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GEISHA,+a+whole-mount+in+situ+hybridization+gene+expression+screen+in+chicken+embryos.">GEISHA, a whole-mount in situ hybridization gene expression screen in chicken embryos.</a> Dev. Dyn. 229, 677-687 (2004).</li><li>Wilkie, G. S., Shermoen, A. W., O'Farrell, P. H., Davis, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcribed+genes+are+localized+according+to+chromosomal+position+within+polarized+Drosophila+embryonic+nuclei.">Transcribed genes are localized according to chromosomal position within polarized Drosophila embryonic nuclei.</a> Curr. Biol. 9, 1263-1266 (1999).</li><li>Rothwell, W. F., Sullivan, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+embryo+dechorionation.">Drosophila embryo dechorionation.</a> CSH Protoc. , (2007).</li><li>Stapleton, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+gene+collection:+identification+of+putative+full-length+cDNAs+for+70%+of+D.+melanogaster+genes.">The Drosophila gene collection: identification of putative full-length cDNAs for 70% of D. melanogaster genes.</a> Genome Res. 12, 1294-1300 (2002).</li><li>Rubin, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Drosophila+complementary+DNA+resource.">A Drosophila complementary DNA resource.</a> Science. 287, 2222-2224 (2000).</li><li>Tomancak, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+determination+of+patterns+of+gene+expression+during+Drosophila+embryogenesis.">Systematic determination of patterns of gene expression during Drosophila embryogenesis.</a> Genome Biol. 3, (2002).</li><li>Terashima, J., Bownes, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+available+food+into+the+number+of+eggs+laid+by+Drosophila+melanogaster.">Translating available food into the number of eggs laid by Drosophila melanogaster.</a> Genetics. 167, 1711-1719 (2004).</li><li>Lecuyer, E., Parthasarathy, N., Krause, H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescent+in+situ+hybridization+protocols+in+Drosophila+embryos+and+tissues.">Fluorescent in situ hybridization protocols in Drosophila embryos and tissues.</a> Methods Mol. Biol. 420, 289-302 (2008).</li><li>Lecuyer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+fluorescent+in+situ+hybridization+in+Drosophila.">High resolution fluorescent in situ hybridization in Drosophila.</a> Methods Mol. Biol. 714, 31-47 (2011).</li><li>Kosman, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+detection+of+RNA+expression+in+Drosophila+embryos.">Multiplex detection of RNA expression in Drosophila embryos.</a> Science. 305, 846 (2004).</li></ol>

للحصول على خطوات تركيب التحقيق، ونحن عادة ما تولد جريان تحقيقات RNA مضاد من قبل في النسخ المختبر من cDNAs ذبابة الفاكهة كامل طول تضخيم من البلازميدات وجدت في مجموعة جين ذبابة الفاكهة (DGC)، موردا بالتفصيل على الموقع التالي: <a href="http://www.fruitfly.org/DGC/index.html" targe...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم الكاشف </td><td> شركة </td><td> كتالوج رقم </td><td> التعليقات (اختياري) </td></tr><tr><td> T7، T3 أو RNA البلمرة SP6 </td><td> Fermentas العلوم الحياتية </td><td> EP0101، EP0111، EP0131 </td><td> مجموعات تحتوي على رد فعل العازلة. </td></tr><tr><td> DIG RNA وصفها ميكس </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 11 277 073 910 </td><td></td></tr><tr><td> RNAguard </td><td> أمرشام العلوم البيولوجية </td><td> 27-0816-01 </td><td></td></tr><tr><td> 3M الصوديوم خلات </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> الباردة الإيثانول بنسبة 100٪. </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> الباردة الإيثانول 70٪. </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> المخفف الكلور التبييض حل 1:1 مع الماء. </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> هيبتان </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> الميثانول </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> بروتين K </td><td> سيغما الدريتش أوكفيل، ON، كندا </td><td> كتالوج رقم P2308 </td><td></td></tr><tr><td> 40٪ محلول الفورمالديهايد، الطازجة </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> PBS-توين الحل (PBT) </td><td></td><td> 1xPBS، 0.1٪ توين-20 </td><td></td></tr><tr><td> جليكاين الحل </td><td></td><td> 2 ملغ / مل في PBT جليكاين </td><td></td></tr><tr><td> HRP، مترافق الماوس وحيدة النسيلة المضادة للDIG </td><td> جاكسون ImmunoResearch المختبرات المؤتمر الوطني العراقي </td><td> 200-032 - 156 </td><td> (1/400 التخفيف من 1 ملغ / مل محلول المخزون في PBTB </td></tr><tr><td> HRP، مترافق الأغنام وحيدة النسيلة المضادة للDIG </td><td> روش التطبيقية Scienم، لافال، QC </td><td> 1 207 733 </td><td> 1/500 التخفيف من محلول المخزون في PBTB </td></tr><tr><td> البيوتين، مترافق الماوس وحيدة النسيلة المضادة للDIG </td><td> جاكسون ImmunoResearch مختبرات شركة، غرب غروف، PA، الولايات المتحدة الأمريكية </td><td> 200-062-156 </td><td> (1/400 التخفيف من 1 ملغ / مل محلول المخزون في PBTB </td></tr><tr><td> Streptavidin-HRP المتقارن </td><td> مجسات الجزيئية، يوجين OR، الولايات المتحدة الأمريكية </td><td> S991 </td><td> (1/100 التخفيف من مخزون ميكروغرام / 1 مل </td></tr></tbody></table>

whole mount rna fluorescent in situ hybridization of drosophila embryos

تقييم نمط التعبير عن الجينات، وكذلك توطين التحت خلوية خصائص الحمض النووي الريبي في نسخها، هي الملامح الرئيسية لفهم وظيفتها البيولوجية خلال التنمية. RNA في الموقع التهجين (RNA-ISH) هو وسيلة قوية تستخدم لتصور خصائص توزيع RNA، سواء كان ذلك على المستوى العضوي أو الخلوي التحت خلوية 1. ويستند RNA-ISH على تهجين الحمض النووي تحقيقا المسمى (مثل العقاقير RNA، أليغنوكليوتيد]) مكملة لسلسلة من مرنا أو RNA هدفا غير الترميز من الفائدة 2. كما يتطلب الإجراء الأساسي وحده تسلسل المعلومات لتوليد تسلسل محدد تحقيقات، فإنه يمكن تطبيقها عالميا لطائفة واسعة من الكائنات الحية وعينات الأنسجة 3. وبالفعل، تم تنفيذ عدد من الدراسات على نطاق واسع لتوثيق ISH التعبير الجيني والحمض النووي الريبي ديناميات توطين الكائنات الحية في نموذج مختلف، مما أدى إلىإنشاء موارد المجتمع المهم 4-11. في حين وضعت مجموعة متنوعة من العلامات التحقيق والكشف عن استراتيجيات على مر السنين، جنبا إلى جنب من استخدام الكواشف كشف fluorescently-صفت والأنزيمية خطوات التضخيم إشارة تقديم تحسينات كبيرة في الحساسية وقرار إجراء 12. هنا، ونحن تصف طريقة الفلورسنت الأمثل في الموقع التهجين (FISH) توظيف tyramide التضخيم إشارة (TSA) لتصور RNA التعبير وديناميات التوطين في الأجنة ذبابة الفاكهة على مراحل. يتم تنفيذ الإجراء في 96-PCR كذلك شكل لوحة، مما يسهل كثيرا من المعالجة المتزامنة لعدد كبير من العينات.

عندما أجريت بنجاح، هذا الإجراء يوفر مستوى معزز لافت للنظر من التفاصيل في التحليل المكانية والزمانية في التعبير الجيني وديناميات توطين مرنا خلال مرحلة التطور الجنيني المبكر ذبابة الفاكهة. في الواقع، كما هو موضح في الشكل 3A للقزم الكلاسيكية زوج من ا...

Watch this Scientific Journal Video about Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos at JoVE.com

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

نحن هنا وصف كامل الفلورسنت جبل<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH) لتحديد بروتوكول خصائص التعبير والترجمة من RNAs أعرب خلال مرحلة التطور الجنيني في ذبابة الفاكهة،<em&gt; ذبابة الفاكهة الدروسوفيلا</em&gt;.

كله جبل RNA نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأجنة

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Research

JoVE Journal

Biology

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

الجامعة جبل مزدوجة في الموقع التهجين لافراخ الدجاج في وقت مبكر

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

جبل به الجامعة في الموقع تهجين ارتباط البيولوجيا الجزيئية والعضوي

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

الكشف عن الحمض النووي الريبي الفيروسي بواسطة الإسفار<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

تحليل النسخ الجيني وحيدة الخلية التي كتبها نيون RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

التوقيت كروموسوم النسخ المتماثل جنبا إلى جنب مع نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين في الأجنة جبل الجامعة وعلم الأنسجة الخلية مقتبس عن Elasmobranchs البحرية

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

ارتفاع القرار جبل بأكمله<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين داخل الأجنة الزرد لدراسة التعبير الجيني وظيفة

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...