Name: rapid colorimetric assays to qualitatively distinguish rna and dna in biomolecular samples
Uploaded: 2013-02-04T09:51:00
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Este trabajo fue financiado por la Universidad de Virginia y el Fideicomiso Jeffress Memorial (J-971). Damos las gracias a L. Colón, Jain K., y Randolph P. útil para los debates y lectura crítica del manuscrito.

1. Ensayo de Benedicto XVI para la reducción de azúcares <ol><li> Preparar una cantidad apropiada de reactivo de Benedict - 940 mM de carbonato de sodio anhidro, 588 mM de sodio dihidrato de citrato, 68 mM de cobre (II) pentahidrato de sulfato. Este reactivo puede almacenarse a temperatura ambiente (RT) durante al menos seis meses sin ningún cambio notable en la reactividad. </li><li> El reactivo anterior es 6x. Así, para 600 reacciones mu l, añadir 100 l de reactivo de Benedict a un tubo de microcentrífuga limp...

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	<li>De Mey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+DNA+and+RNA+quantification+methods+suitable+for+parameter+estimation+in+metabolic+modeling+of+microorganisms.">Comparison of DNA and RNA quantification methods suitable for parameter estimation in metabolic modeling of microorganisms.</a> Anal. Biochem. 353, 198-203 (2006).</li><li>Desjardins, P., Conklin, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NanoDrop+Microvolume+Quantitation+of+Nucleic+Acids.">NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids.</a> J. Vis. Exp. (45), e2565 (2010).</li><li>Ausubel, F. 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<html> Los ensayos colorimétricos se presenta aquí ofrecer un enfoque sencillo para evaluar rápidamente la naturaleza química de las mezclas de biomoléculas, tales como se encuentran cuando la purificación de proteínas, ARN o complejos de lisado de células enteras en preparación para estudios posteriores. Como la biología estructural persigue asambleas más similar a la nativa, los retos cada vez mayores, como la heterogeneidad de la muestra, se plantean los complejos complicados y multi-componente. Supramolecu...

Gran parte de la biología celular se produce a través de interacciones moleculares que interviene el ADN y el ARN. 4 Estos ácidos nucleicos de origen natural (AN) interactúan entre sí, con las proteínas, 5 y 6 con una serie de compuestos de pequeñas moléculas y ligandos in vivo (por ejemplo, cationes divalentes 7). Las interacciones pueden ser de corta o de larga duración (cinéticamente), puede variar de alta a moderada a baja afinidad (fuerza termodinámica), y también pueden mostrar una variación sustancial en las propiedades químicas y la especificidad - algunas asociaciones son muy específicas (por ejemplo, ADN · · · los factores de transcripción, ARN · · · los factores de empalme), mientras que otras interacciones son necesariamente mucho más genérico (por ejemplo, el ADN · · · bacterianas histona-como las proteínas HU 8). Interacciones no específicas con AN pueden tener consecuencias prácticas para los experimentos in vitro de mezclas de Biomolecules, ya que es posible, e incluso probable, que algunos AEs se asociará con las biomoléculas de interés, al menos en algún subconjunto de las condiciones experimentales que se utilizan (fuerza iónica, pH de la solución, etc.) Consideremos, por ejemplo, la producción de una proteína de interés (POI) a través de la sobre expresión heteróloga de la proteína recombinante en cultivo de células de Escherichia coli; tal procedimiento se realiza rutinariamente en prácticamente cualquier laboratorio de biología estructural 9 En la preparación para experimentos adicionales, tales. como caracterización bioquímica / biofísica, cristalización, etc., los esfuerzos iniciales se centran generalmente en la obtención de una cantidad suficiente de la PDI en una forma tan pura como sea posible, idealmente como un espécimen químicamente homogénea y monodispersas biofísicamente. Después de la interrupción de las células huésped, las primeras etapas de purificación de un flujo de trabajo típico para aislar el objetivo de PDI de E. coli proteínas, ácidos nucleicos, restos de pared celular,y otros componentes del lisado celular. Sin embargo, host NAS puede co-purificar con el POI por varias razones fisicoquímicas - un PDI altamente básica puede no específicamente desplegable anfitrión de ADN / ARN, el POI puede tener un genérico NA actividad de unión (por ejemplo, el antes mencionado HU); el POI puede ser un bastante específico NA-proteína de unión, pero presentan reactividad cruzada con los ARN o ADN de acogida; anfitrión AN puede interactuar con una matriz de cromatografía y por lo tanto simplemente co-eluir con la PDI, y así sucesivamente. Indiscriminada, de alta afinidad de unión de anfitrión NAS a un POI puede plantear un problema molesto ya que las impurezas NA es probable que interferir con los experimentos posteriores (por ejemplo, ensayos de fluorescencia de anisotropía de POI unión • ARN 10). Alternativamente, el PDI no anticipado · · · asociaciones NA también puede ser visto por casualidad, como tales interacciones iluminar el PDI ácido nucleico capacidad de unión. De cualquier manera, si AN son componentes claves o contaminantes, primero hay que cuantificar yidentificar el tipo (ADN, ARN) de AN co-purificación en preparación para experimentos posteriores. Varios existen métodos analíticos para la detección y cuantificación de AN en una muestra. La mayoría de los métodos disponibles son fundamentalmente ya sea espectrofotométrico (por ejemplo, A 260 y A valores de absorbancia 260 / A 280 coeficientes), fluorométrico (por ejemplo, la unión de tiazol naranja u otros colorantes fluorescentes a NA), o colorimétrico (susceptibilidad de nucleósidos para reacciones químicas que cromóforos absorbentes de rendimiento en la región UV-Vis del espectro electromagnético), como se describió recientemente por De Mey et al. 1 Sin embargo, el paso crucial de identificar el tipo de polinucleótido como ARN o ADN está más allá del alcance de muchos de estos cuantificación enfoques. Aquí se proporciona un conjunto de ensayos colorimétricos para identificar rápidamente los tipos de componentes de NA en una muestra proteica. Los protocolos descritos aquí cun ser ejecutados eficientemente sin etapas adicionales de aislamiento de las posibles impurezas de NA, y se basan en el ensayo de Benedict para azúcares reductores 11, el ensayo de orcinol para pentosas 12,13, 14,15 y reacciones de difenilamina de 2&#39;-deoxypentoses (Figuras 1 y 2) . Prueba de la Benedict (Figura 2a) utiliza la capacidad de la forma lineal, de cadena abierta (aldehído) de un azúcar aldosa para reducir Cu 2 +, con la oxidación concomitante de carbonilo del azúcar a un resto carboxilato y producción de Cu 2 O como un precipitado de color rojo insoluble. Esta reacción tendrá un resultado positivo con libres de azúcares reductores tales como aldosas y cetosas (que se convierten en las aldosas correspondientes a través de productos intermedios enediol), pero no con los azúcares de pentosa que están bloqueados en forma cíclica como parte del esqueleto covalente de un ADN o polinucleótido de ARN. Debido a la exigencia minimalista de una funcionalidad hemiacetal libre, co otrompounds que podrían dan positivo en este ensayo - y por lo tanto actuar como interferentes potenciales - incluyen α-hidroxi-cetonas y oligosacáridos cortos (por ejemplo, el disacárido maltosa). Tanto el de Bial orcinol (Figura 2b) y difenilamina Dische (Figura 2c), las reacciones se basan en la destrucción inicial de la columna vertebral de polinucleótido, a través de la despurinización del nucleósido y ácido-o adicionalmente catalizada por base hidrólisis de los nucleótidos matrices, para dar furano-2 -carbaldehído (furfural) derivados; estos derivados luego reaccionar ya sea con un polihidroxi fenol tal como orcinol (Bial) o difenilamina (Dische de) los reactivos para formar productos coloreados de condensación de estructura química en gran medida desconocido. El ADN frente a la especificidad de ARN de ensayo de la Dische se deriva del hecho de que el azúcar pentosa debe ser 2&#39;-desoxigenado con el fin de ser susceptible a la oxidación a ω-hydroxylevulinyl aldehído, que además reacciona con difenilaminaen condiciones ácidas para producir un color azul brillante de condensado (Figura 2c). Utilizando los protocolos simplificados descritos aquí, se ha encontrado que estas reacciones colorimétricas específicas de azúcar puede diferenciar entre ARN y ADN, y también indican la presencia de azúcares libres reductores tales como glucosa, fructosa, ribosa o en una muestra biomolecular.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reactivo o equipo </td><td> Proveedor / empresa </td><td> El número de catálogo </td><td> Comentarios, notas </td></tr><tr><td> Carbonato de sodio anhidro </td><td> Fisher Scientific </td><td> S263 </td><td></td></tr><tr><td> Sodio dihidrato de citrato </td><td> Sigma </td><td> S-4641 </td><td></td></tr><tr><td> Cobre (II) sulfato pentahidratado </td><td> VWR </td><td> VW3312-2 </td><td></td></tr><tr><td> Monohidrato de orcinol </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> O1875 </td><td></td></tr><tr><td> HCl concentrado </td><td> VWR </td><td> BDH3030 </td><td></td></tr><tr><td> Cloruro de hierro hexahidratado </td><td> Sigma </td><td> F-2877 </td><td></td></tr><tr><td> Difenilamina </td><td> Aldrich </td><td> 112763 </td><td></td></tr><tr><td> Ácido acético glacial </td><td> Fisher Scientific </td><td> A28 </td><td></td></tr><tr><td> Ácido sulfúrico </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 258105 </td><td></td></tr><tr><td> Etanol </td><td> Koptec </td><td> V1101 </td><td></td></tr><tr><td> Ribosa </td><td> Sigma </td><td> R-7500 </td><td> prep a 1% w / v en H 2 O </td></tr><tr><td> El ácido ribonucleico de levadura (S. cerevisiae) </td><td> Sigma </td><td> R6750 </td><td> prep a 10 mg / ml en H 2 O; almacenar a -20 ° C </td></tr><tr><td> El ácido desoxirribonucleico (sal de sodio), a partir de timo de ternera </td><td> Sigma </td><td> D1501 </td><td> prep a 10 mg / ml en H 2 O; almacenar a 4 ° C </td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> Los reactivos, equipos y Seguridad Los materiales se enumeran en la foguientes tabla en el orden en que aparecen en la sección de Protocolo. A menos que se indique lo contrario (arriba), todos los reactivos pueden almacenarse a temperatura ambiente y la iluminación. Para cualquier artículo no se enumeran a continuación (por ejemplo, tubos de microcentrífuga), la marca habitual / modelo / variedad que se encuentra en un laboratorio de bioquímica estándar se puede utilizar (por ejemplo, Eppendorf de 1,5 ml marca tubos de microfuga). Estándar tubos de microcentrífuga de plástico se debe utilizar para los pasos que implican centrifugación (por ejemplo, para material de sedimento de partículas cerca del final de cada protocolo). Ningún material en particular es preferible, siempre y cuando los tubos puede ser sellada; los tubos de polipropileno típicos que se encuentran en los laboratorios de bioquímica funcionan bien. En cuanto a las preocupaciones de seguridad y eliminación de residuos, las precauciones estándar de laboratorio (gafas de seguridad, campanas de extracción) debe ser ejercida de pre-parar, trabajando, y disponer de soluciones que contienen concentrado acético, clorhídrico o sulfúrico. Para los reactivos orgánicos como orcinol o difteriaenilamina, guantes de nitrilo son preferibles al látex común (caucho natural) variedad. </td></tr></tbody></table>

rapid colorimetric assays to qualitatively distinguish rna and dna in biomolecular samples

Experimentación bioquímica general, requiere el conocimiento exacto, en una etapa temprana, del ácido nucleico, proteína y otros componentes biomoleculares en muestras potencialmente heterogéneos. Los ácidos nucleicos pueden ser detectados a través de varios métodos establecidos, incluyendo métodos analíticos que son espectrofotométrico (por ejemplo, A 260), fluorométrico (por ejemplo, la unión de tintes fluorescentes), o colorimétrico (nucleósidos específicos de reacciones químicas cromogénicos). 1 A pesar de que no puede distinguir fácilmente ARN a partir de ADN, la A 260 / A 280 se emplea comúnmente, ya que ofrece una simple y rápida 2 evaluación del contenido relativo de ácido nucleico, que absorbe predominantemente cerca de 260 nm y proteínas, que absorbe principalmente cerca de 280 nm. Ratios &lt;0,8 se toman como indicadores de muestras &quot;puras&quot; de proteínas, mientras que el ácido nucleico puro (NA) se caracteriza por relaciones de&gt; 1,5 3. Hobargo, hay escenarios en los que el contenido de proteína / NA no puede ser tan clara o fiable inferirse de simples uv-vis medidas espectrofotométricas. Por ejemplo, (i) muestras podrá contener una o más proteínas que son relativamente carente de los aminoácidos aromáticos responsables de la absorción a 280 nm (≈ Trp, Tyr, Phe), como es el caso con algunos pequeños ARN-proteínas de unión, y (ii) muestras pueden exhibir intermedio A 260 / A 280 ratios (~ 0,8 &lt;~ 1,5), donde el contenido de proteína / NA es mucho menos clara e incluso pueden reflejar algunos de alta afinidad de la asociación entre la proteína y componentes de NA. Para tales escenarios, se describe en la presente memoria un conjunto de ensayos colorimétricos para distinguir rápidamente ARN, ADN, y azúcares reductores en una muestra mixta potencialmente de biomoléculas. Los métodos se basan en la sensibilidad diferencial de las pentosas y otros hidratos de carbono a Benedict, Bial (orcinol), y reactivos de Dische (difenilamina); los protocolos simplificados puede ser comcompletado en cuestión de minutos, sin ningún paso adicional de tener que aislar los componentes. Los ensayos pueden realizarse en paralelo a diferenciar entre ARN y ADN, así como para indicar la presencia de azúcares libres reductores tales como glucosa, fructosa y ribosa (Figura 1).

Los resultados se muestran en la Figura 3 para la aplicación de estos ensayos colorimétricos para los compuestos de referencia conocidos. Los datos representativos se muestran cualitativos para (a), el orcinol Benedict Bial (B), y Dische de difenilamina (c) ensayos, y las curvas de calibración para estos tres ensayos se muestran en la Figura 4. En los paneles 3 (AC), los paneles de la izquierda muestran positivos / negativos experimentos de control usando analitos adecuadamente react...

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Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples

Un conjunto de ensayos colorimétricos se describe para la proteína rápidamente distintivo, ARN, ADN, y ducing re-azúcares en muestras de biomoléculas potencialmente heterogéneos.

Rapid ensayos colorimétricos para distinguir cualitativamente ARN y ADN en muestras Biomolecular

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