Name: a protocol for phage display and affinity selection using recombinant protein baits
Uploaded: 2014-02-16T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits at JoVE.com

Dette prosjektet ble delvis finansiert av en NSF IOS (0849230); Hatch, McIntire-Stennis (AD421 SFI), USDA Seed Grant (2011-04375), og Sir Frederick McMaster Stipendiat til ABD.

En grafisk fremstilling av fremgangsmåten beskrevet nedenfor (fig. 1) fremhever de to primære komponenter for affinitet valg ved hjelp av et fag display-bibliotek: A) et fag display-bibliotek cDNA sannsynlig å koder proteiner med affinitet for agnet, og, b) et renset rekombinant agn protein. Produksjon av agn (rekombinant protein) har blitt grundig undersøkt og litteratur som beskriver beste praksis for å sikre løselig, aktiv rekombinant protein fra E. coli 12-13, eukaryote gj?...

<ol>
	<li>Georgieva, Y., Konthur, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+screening+of+M13+phage+display+cDNA+libraries.">Design and screening of M13 phage display cDNA libraries.</a> Molecules. 16, 1667-1681 (2011).</li><li>Beghetto, E., Gargano, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lambda-display:+a+powerful+tool+for+antigen+discovery.">Lambda-display: a powerful tool for antigen discovery.</a> Molecules. 16, 3089-3105 (2011).</li><li>Li, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ORF+phage+display+to+identify+cellular+proteins+with+different+functions.">ORF phage display to identify cellular proteins with different functions.</a> Methods. 58, 2-9 (2012).</li><li>Willats, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phage+display:+practicalities+and+prospects.">Phage display: practicalities and prospects.</a> Plant Mol. Biol. 50, 837-854 (2002).</li><li>Konthur, Z., Crameri, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+applications+of+phage+display+in+proteomic+analyses.">High-throughput applications of phage display in proteomic analyses.</a> Targets. 2, 261-270 (2003).</li><li>Chen, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Substrates+of+the+Arabidopsis+thaliana+protein+isoaspartyl+methyltransferase+1+identified+using+phage+display+and+biopanning.">Substrates of the Arabidopsis thaliana protein isoaspartyl methyltransferase 1 identified using phage display and biopanning.</a> J. Biol. Chem. 285, 37281-37292 (2010).</li><li>Jung, S., Honegger, A., Pluckthun, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selection+for+improved+protein+stability+by+phage+display.">Selection for improved protein stability by phage display.</a> J. Mol. Biol. 294, 163-180 (1999).</li><li>Battaglia, M., Olvera-Carrillo, Y., Garciarrubio, A., Campos, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+enigmatic+LEA+proteins+and+other+hydrophilins.">The enigmatic LEA proteins and other hydrophilins.</a> Plant Physiol. 148, 6-24 (2008).</li><li>Egli, D. B., Bruening, W. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Source-sink+relationships,+seed+sucrose+levels+and+seed+growth+rates+in+soybean.">Source-sink relationships, seed sucrose levels and seed growth rates in soybean.</a> Ann. Botany. 88, 235-242 (2001).</li><li>Badotti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Switching+the+mode+of+sucrose+utilization+by+Saccharomyces+cerevisiae.">Switching the mode of sucrose utilization by Saccharomyces cerevisiae.</a> Microb. Cell Fact. 7, 4 (2008).</li><li>Kushwaha, R., Lloyd, T. D., Schafermeyer, K. R., Kumar, S., Downie, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Late+Embryogenesis+Abundant+(LEA)+Protein+Putative+Interactors+Using+Phage+Display.">Identification of Late Embryogenesis Abundant (LEA) Protein Putative Interactors Using Phage Display.</a> Int. J. Mol. Sci. 13, 6582-6603 (2012).</li><li>Sorensen, H. P., Mortensen, K. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Soluble+expression+of+recombinant+proteins+in+the+cytoplasm+of+Escherichia+coli.">Soluble expression of recombinant proteins in the cytoplasm of Escherichia coli.</a> Microb. Cell Fact. 4, 2859 (2005).</li><li>Gasser, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+folding+and+conformational+stress+in+microbial+cells+producing+recombinant+proteins:+a+host+comparative+overview.">Protein folding and conformational stress in microbial cells producing recombinant proteins: a host comparative overview.</a> Microb. Cell Fact. 7, 11 (2008).</li><li>Daly, R., Hearn, M. T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+heterologous+proteins+in+Pichia+pastoris:+a+useful+experimental+tool+in+protein+engineering+and+production.">Expression of heterologous proteins in Pichia pastoris: a useful experimental tool in protein engineering and production.</a> J. Mol. Recognit. 18, 119-138 (1002).</li><li>Davis, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+recombinant+protein+production+of+eight+insect+cell+lines.">Comparative recombinant protein production of eight insect cell lines.</a> In Vitro Cell Dev. Biol. Anim. 29, 388-390 (1993).</li><li>Kost, T. A., Condreay, J. P., Jarvis, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Baculovirus+as+versatile+vectors+for+protein+expression+in+insect+and+mammalian+cells.">Baculovirus as versatile vectors for protein expression in insect and mammalian cells.</a> Nat. Biotechnol. 23, 567-575 (2005).</li><li>Popescu, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+binding+of+calmodulin-related+proteins+to+their+targets+revealed+through+high-density+Arabidopsis+protein+microarrays.">Differential binding of calmodulin-related proteins to their targets revealed through high-density Arabidopsis protein microarrays.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104, 4730-4735 (2007).</li><li>Popescu, S. C., Snyder, M., Dinesh-Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+protein+microarrays+for+the+high-throughput+identification+of+protein-protein+interactions.">Arabidopsis protein microarrays for the high-throughput identification of protein-protein interactions.</a> Plant Signal Behav. 2, 416-420 (2007).</li><li>Al-Fageeh, M. B., Marchant, R. J., Carden, M. J., Smales, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cold-shock+response+in+cultured+mammalian+cells:+Harnessing+the+response+for+the+improvement+of+recombinant+protein+production.">The cold-shock response in cultured mammalian cells: Harnessing the response for the improvement of recombinant protein production.</a> Biotechnol. Bioeng. 93, 829-835 (2006).</li><li>Wurm, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Production+of+recombinant+protein+therapeutics+in+cultivated+mammalian+cells.">Production of recombinant protein therapeutics in cultivated mammalian cells.</a> Nat. Biotechnol. 22, 1393-1398 (2004).</li></ol>

Ved å kjøre forsøket i tre replikerte brønner, kan uavhengig ervervet phage av samme proteinbinding til agn skilles selv om de er de samme klon (dvs. ingen forskjell i nukleotid-sekvensen til det CDS region som er blitt ervervet, men disse har vært hentes fra uavhengige brønner). Hvis ikke, er den eneste måte å skille blant fag som koder for den samme proteinbinding til agn hvis de uavhengig er omvendt transkriberte regioner som er forskjellige på en eller annen del av nukleotid-sekvensen. <p class...

Hvorfor bruke fag-skjerm og affinitet utvalg i stedet for de utallige andre teknikker for å oppdage og etterforske protein interaksjoner med andre molekyler? Phage skjerm kan kreve noen unike fordeler fremfor andre fremgangsmåter for påvisning av protein-ligand interaksjoner 1-3 inkludert følgende: Svært bredt repertoar av agn molekyler Den fremste årsaken er i mangfoldet av molekyler som kan opptre som agn i affinitet utvalg fire. Phage Display er en meget kraftig middel til å isolere proteinfragmenter som interagerer med andre proteiner, nukleotider, karbohydrater, etc. 5 I hovedsak, dersom en polymer / molekyl kan være festet til en gjenvinnbar støtte, kan det bli screenet for affiniteten med phage viste proteiner. I tillegg kan agnet molekyl er tilgjengelig for å bestemme om den beholder biologisk aktivitet når de immobilisert 6, hvis betingelsene som brukes til å reduce / eliminere dens aktivitet er effektive til 6, eller for å innføre post-translasjonelle modifikasjoner til agnet før affinitet markering. Fag motstand mot utenforliggende faktorer En annen grunn for å bruke fag-display, er at det er mulig at noen agn krever miljøstress (varme, høy osmolyte konsentrasjoner, spesifikke kofaktorer, etc.) For å fange opp de interagerende proteiner, eller fagen viste proteiner kan trenge å bli noe forandret før affinitet utvalg. Den primære faktor som studeres er samspillet mellom agn og protein, ikke den tilstand som tillater interaksjon forekommer, eller hvis det er dødelig for testorganismen. Den T7 phage er spesielt godt egnet til slike studier fordi det kan tåle tøffe eksperimentelle betingelser både intakte og levedyktig (for eksempel den publiserte termo maksimum for T7 levedyktighet er ~ 60 ° C 7). Som et eksempel på en endring phage viste proproteiner, når undersøke Arabidopsis thaliana frø proteomet for protein substrater for reparasjonen enzymet, Protein Isoaspartyl Methyl Transferease (PIMT), viruset som brukes i disse studiene hadde vært &quot;gammel&quot; i en uke, før hver affinitet utvalg runde, for å oppmuntre til innføring av isoaspartate (isoAsp) tørket i mottakelige proteiner seks som ikke er mulig i organismer som kan gjenkjenne og reparasjon / forbrenne slike misdannelser. Metabolsk inert Videre fagen er vanligvis motstandsdyktige mot metabolske giftstoff og forstyrrer små molekyler som kan, i det minste resultere i mitogen effekt på metabolsk aktive testorganismer. Etter stringens vaskinger, er giften fjernes før et stort volum av bakterier er innført for infeksjon slik at giften fortynnes til et område uskadelige for bakterier eller påfølgende fag-replikasjon. Mens undersøke protein mål av PIMT reparasjonenzym, ble S-adenosylmetionin (AdoMet) som brukes til å aktivere mikro titer-plate-brønn immobilisert enzym for å tillate målprotein fangst samtidig avhengig av S-adenosylhomocystein (AdoHcy) for å inaktivere enzymet, og gir en nyttig negativ kontroll fiksere vissheten om at viruset ikke ville bli negativt påvirket av enten AdoMet eller AdoHcy seks. I tillegg er visse medlemmer av sen embryogenese Rikelig (LEA) proteinfamilier, som er undersøkt i dette laboratoriet, er kjent for å endre sin form, i nærvær av additiver, slik som sakkarose 8, som kan oppnå konsentrasjoner så høye som 200 mM i soyabønne frø ved punktet av fysiologisk modenhet ni. Viruset er ikke forventet å være påvirket ved tilsetning av 200 mM sukrose i hver affinitet valg runde, eventuelt nødvendig for visse LEA-client protein interaksjoner, som ikke er tilfelle for autonomt levedyktige testorganismer 10. Dette laboratoriet har fokusert på discovering protein-protein interaksjoner i modne, dehydrerte eller spirende frø som ligger til grunn for mekanismen av lagret proteom beskyttelse under dehydrering 11 eller reparasjon av komponenter av den lagrede proteomet som er utsatt for isoAsp formasjon når frøet har imbibed seks. Dermed produksjon og rensing av rekombinante proteiner som kreves som agn i en aktiv stat, og å sikre at de forblir slik, før og etter at de er immobilisert, men ofte vanskelig, er en hjørnestein i vårt arbeid. Men som hver rekombinant protein produksjon scenario er forskjellig, optimalisere forholdene for rekombinant protein produksjonen vil ikke bli behandlet her. Brukere oppfordres til å forsøke, der det er mulig, for å avgjøre om det immobiliserte protein er fortsatt funksjonell (for eksempel hvis det er et enzym, gjør et enzym assay i mikrotitreringsplate brønnene). Dette vil gi en viss tillit til at agnet er biologisk aktive og derfor at enhver oppdaget interaksjoner ernoe mer tilbøyelige til å ha biologisk relevans.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of Reagent/Material</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalog Number</td>
 <td>Comments</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tryptone</td>
 <td>Becton Dickinson Co.</td>
 <td>211705</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Yeast Extract</td>
 <td>Becton Dickinson</td>
 <td>212750</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agar</td>
 <td>Becton Dickinson</td>
 <td>214010</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium Chloride</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP358-10</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agarose</td>
 <td>Research Products International</td>
 <td>A20090</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Blocking Reagent</td>
 <td>EMD Chemicals Inc.</td>
 <td>69064</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tween 20</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP337-100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium Hydroxide</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP359-212</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium Dodecyl Sulfate</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP166-500</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tris Base</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP152-5</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chloroform</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP1145-1</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Escherichia coli BLT5403</td>
 <td>EMD Chemicals Inc.</td>
 <td>BLT5403</td>
 <td>Genotype: F- ompT hsdSB (rB - mB -) gal dcm pAR5403 (AmpR)</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>ampicillin, Sodium Salt</td>
 <td>Research Products International</td>
 <td>A40040</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>ethidium bromide</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>BP102-1</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
 <td>Sigma-Aldrich Corp.</td>
 <td>A-9647</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>penta-HIS primary antibody</td>
 <td>Qiagen Inc.</td>
 <td>34660</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Goat anti mouse alkaline phosphatise conjugate</td>
 <td>Sigma-Aldrich Corp.</td>
 <td>A-5153</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>para-nitrophenylphosphate</td>
 <td>Sigma-Aldrich Corp.</td>
 <td>N-7653</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>T7-UP primer</td>
 <td>EMD Chemicals Inc.</td>
 <td></td>
 <td>5'-GGAGCTGTCGTATTCCAGTC-3'</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>T7-DOWN primer</td>
 <td>EMD Chemicals Inc.</td>
 <td></td>
 <td>5'-AACCCCTCAAGACCCGTTTA-3'</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Qiaquick PCR Purification kit</td>
 <td>Qiagen Inc.</td>
 <td>28104</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Qiaquick Gel Extraction kit </td>
 <td>Qiagen Inc.</td>
 <td>28706</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Big Dye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit</td>
 <td>Invitrogen Life Technologies</td>
 <td>4336917</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Heating Block</td>
 <td>Pierce Chemical Co. (Thermo Fisher Scientific Co.)</td>
 <td>18780</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>96 Well Cell Culture Plates</td>
 <td>Corning</td>
 <td>Costar 3590</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Isotemp Incubator Oven</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>516D</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Pasteur Pipets, 5 &frac34;"</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>13-678-20A</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>ChromaView Transilluminator</td>
 <td>UVP Inc.</td>
 <td>TS-15</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>UV Shield</td>
 <td>Oberon</td>
 <td>071AF</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Gloves, Nitrile</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>19-170-010C</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sterile 1.5 ml tubes</td>
 <td>USA Scientific Inc</td>
 <td>1615-5500</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>10 ml borosilicate Pipets</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>13-678-25E</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Borosilicate culture tubes</td>
 <td>Fisher Scientific</td>
 <td>14-961-27</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Uniskan I, ELISA plate reader</td>
 <td>Labsystem and Flow Laboratories, Helsinki, Finland</td>
 <td>Type 362</td>
 <td></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

a protocol for phage display and affinity selection using recombinant protein baits

Ved hjelp av rekombinant fag som et stillas for å presentere ulike protein deler kodet av en retnings klonet cDNA bibliotek til immobilisert agn molekyler er et effektivt middel for å oppdage interaksjoner. Teknikken har i stor grad blitt brukt for å oppdage protein-protein interaksjoner, men agnet molekylet for å bli utfordret trenger ikke være begrenset til proteiner. Protokollen presenteres her har blitt optimalisert for å tillate et beskjedent antall agn for å bli vist i replikater å maksimere identifisering av uavhengige kloner presentere det samme proteinet. Dette tillater større tillit til at samspill proteiner identifisert er legitime interactors av agn molekylet. Overvåking av fag-titeret etter hver affinitet valg gir året informasjon om hvordan affinitet valg utvikler seg, så vel som på effekten av negative kontroller. Et virkemiddel titering fagen, og hvordan og hva de skal forberede seg på forhånd for å tillate denne prosessen for å komme videre så effektivt sommulig, er presentert. Attributter av amplicons hentet følgende isolering av uavhengige plakk er markert som kan brukes til å fastslå hvor godt affinitet utvalget har kommet. Feilsøking teknikker for å minimere falske positive eller å omgå vedvarende utvinnes fag er forklart. Virkemiddel for å redusere viruskontaminasjon blusse opp er diskutert.

Å være i stand til å nedsette evnen av agnet til å interagere med phage-tall proteiner (metabolsk forgiftning agnet) er et potent negativ kontroll for denne teknikken. Det er også tilrådelig å fastslå om agnet, når bundet til mikrotiter-plate-brønn, beholder sin funksjon. Begge disse kontrollene vil øke tilliten som samhandlende, fagplakker-vises proteiner utvinnes av nonpoisoned agn er legitime. Prøvetaking tre triplicates fra hver brønn legger vesentlig til tid og arbeid invol...

Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits at JoVE.com

A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits

Phage skjermen er en kraftfull teknikk for å fange proteiner eller proteinmolekyldeler som virker sammen med et immobilisert molekyl av interesse. Når en beslutning om hva slags fag cDNA bibliotek for å opprette og skjermen har blitt gjort, protokollen beskrevet her tillater effektiv affinitet valg som fører til identifisering av interactors.

En protokoll for Fag Display og Affinitetsutvelgelse Bruke rekombinante protein agn

Using  recombinant phage as a scaffold to present various protein portions encoded by  a directionally cloned cDNA library to immobilized bait molecules ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Method For Production of Recombinant mCD1d Protein in Insect Cells.

CD1 proteins constitute a third class of antigen-presenting molecules. They are cell surface glycoproteins, expressed as approximately 50-kDa glycosylated ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Primer-Free Aptamer Selection Using A Random DNA Library

Aptamers are highly structured oligonucleotides (DNA or RNA) that can bind to targets with affinities comparable to antibodies 1. They are identified ...

Peptides from Phage Display Library Modulate Gene Expression in Mesenchymal Cells and Potentiate Osteogenesis in Unicortical Bone Defects

Two novel synthetic peptides accelerate bone formation and can be delivered using a collagen matrix. The aim of this study was to investigate the effects ...

Automated Hydrophobic Interaction Chromatography Column Selection for Use in Protein Purification

Automatisert Hydrofobisk Samspill Kromatografi Kolonne markering for bruk i proteinrensing

In contrast to other chromatographic methods for purifying proteins (e.g. gel filtration, affinity, and ion exchange), hydrophobic interaction ...

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

En protokoll for Computer-Based Protein struktur og funksjon Prediction

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

Identification of Protein Interacting Partners Using Tandem Affinity Purification

Identifisering av Protein Samspill Partners Bruke Tandem Affinity Rensing

A critical and often limiting step in understanding the function of host and viral proteins is the identification of interacting cellular or viral protein ...

A Liquid Phase Affinity Capture Assay Using Magnetic Beads to Study Protein-Protein Interaction: The Poliovirus-Nanobody Example

En væskefase Affinity Capture Assay hjelp av magnetiske perler å studere protein-Protein Interaction: Den poliovirus-Nanobody Eksempel

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. Provided that one protein can be tagged and another protein ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

En protokoll for identifikasjon av protein-protein interaksjoner Basert på<sup&gt; 15</sup&gt; N Metabolsk Merking, Immunoutfellingsanalyse, Quantitative massespektrometri og Affinity Modulation

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

High-throughput Purification of Affinity-tagged Recombinant Proteins

High-throughput Rensing av Affinity-merket rekombinante proteiner

X-ray crystallography is the method of choice for obtaining a detailed view of the structure of proteins. Such studies need to be complemented by further ...