Name: total protein extraction and 2-d gel electrophoresis methods for burkholderia species
Uploaded: 2013-10-15T17:30:00
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यह काम एक (BV) के लिए ब्रिटिश कोलंबिया विश्वविद्यालय से छात्रवृत्ति और (डीपीएस) के लिए स्वास्थ्य अनुसंधान सिस्टिक फाइब्रोसिस कनाडा और कनाडा के संस्थानों से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया. हम प्रोटोकॉल का प्रारंभिक तैयारी के लिए जैकलिन चुंग धन्यवाद.

1. संस्कृति के विकास (दिन 1 +2) <ol><li> 37 डिग्री सेल्सियस रातोंरात रोटेटर पर, एक तस्वीर शीर्ष 15 मिलीलीटर ट्यूब में Luria Bertani (पौंड) शोरबा के 3 मिलीलीटर: एक स्टार्टर संस्कृति बढ़ें. एक आयुध डिपो 0.6 की 600 रातोंरात वृद्?...

<ol>
	<li>Drevinek, P., Mahenthiralingam, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Burkholderia+cenocepacia+in+cystic+fibrosis:+epidemiology+and+molecular+mechanisms+of+virulence.">Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis: epidemiology and molecular mechanisms of virulence.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 821-830 (2010).</li><li>Suarez-Moreno, Z. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Common+Features+of+Environmental+and+Potentially+Beneficial+Plant-Associated+Burkholderia.">Common Features of Environmental and Potentially Beneficial Plant-Associated Burkholderia.</a> Microb. Ecol. , (2011).</li><li>Wiersinga, W. J., van der Poll, T., White, N. J., Day, N. P., Peacock, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melioidosis:+insights+into+the+pathogenicity+of+Burkholderia+pseudomallei.">Melioidosis: insights into the pathogenicity of Burkholderia pseudomallei.</a> Nat. Rev. Microbiol. 4, 272-282 (2006).</li><li>White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melioidosis.">Melioidosis.</a> Lancet. 361, 1715-1722 (2003).</li><li>Mahenthiralingam, E., Urban, T. A., Goldberg, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+multifarious,+multireplicon+Burkholderia+cepacia+complex.">The multifarious, multireplicon Burkholderia cepacia complex.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 144-156 (2005).</li><li>Speert, D. P., Henry, D., Vandamme, P., Corey, M., Mahenthiralingam, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epidemiology+of+Burkholderia+cepacia+complex+in+patients+with+cystic+fibrosis.">Epidemiology of Burkholderia cepacia complex in patients with cystic fibrosis.</a> Canada. Emerg. Infect. Dis. 8, 181-187 (2002).</li><li>Dance, D. A., Wuthiekanun, V., Chaowagul, W., White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+susceptibility+of+Pseudomonas+pseudomallei.+Emergence+of+resistance+in+vitro+and+during+treatment.">The antimicrobial susceptibility of Pseudomonas pseudomallei. Emergence of resistance in vitro and during treatment.</a> J. Antimicrob. Chemother. 24, 295-309 (1989).</li><li>Thibault, F. M., Hernandez, E., Vidal, D. R., Girardet, M., Cavallo, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+susceptibility+of+65+isolates+of+Burkholderia+pseudomallei+and+Burkholderia+mallei+to+35+antimicrobial+agents.">Antibiotic susceptibility of 65 isolates of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei to 35 antimicrobial agents.</a> J. Antimicrob. Chemother. 54, 1134-1138 (2004).</li><li>Govan, J. R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+transmission+of+Pseudomonas+cepacia+by+social+contact+in+cystic+fibrosis.">Evidence for transmission of Pseudomonas cepacia by social contact in cystic fibrosis.</a> Lancet. 342, 15-19 (1993).</li><li>Thongboonkerd, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altered+proteome+in+Burkholderia+pseudomallei+rpoE+operon+knockout+mutant:+insights+into+mechanisms+of+rpoE+operon+in+stress+tolerance,+survival,+and+virulence.">Altered proteome in Burkholderia pseudomallei rpoE operon knockout mutant: insights into mechanisms of rpoE operon in stress tolerance, survival, and virulence.</a> J. Proteome. Res. 6, 1334-1341 (2007).</li><li>Park, K. H., Lipuma, J. J., Lubman, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+analysis+of+B.+cenocepacia+using+two-dimensional+liquid+separations+coupled+with+mass+spectrometry.">Comparative proteomic analysis of B. cenocepacia using two-dimensional liquid separations coupled with mass spectrometry.</a> Anal Chim. Acta. 592, 91-100 (2007).</li><li>Wongtrakoongate, P., Mongkoldhumrongkul, N., Chaijan, S., Kamchonwongpaisan, S., Tungpradabkul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+profiles+and+the+potential+markers+between+Burkholderia+pseudomallei+and+Burkholderia+thailandensis.+Mol.">Comparative proteomic profiles and the potential markers between Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis. Mol.</a> Cell Probes. 21, 81-91 (2007).</li><li>Harding, S. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+identification+of+surface+proteins+of+Burkholderia+pseudomallei.">The identification of surface proteins of Burkholderia pseudomallei.</a> Vaccine. 25, 2664-2672 (2007).</li><li>Madeira, A., Santos, P. M., Coutinho, C. P., Pinto-de-Oliveira, A., Sa-Correia, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+proteomics+(2-D+DIGE)+reveals+molecular+strategies+employed+by+Burkholderia+cenocepacia+to+adapt+to+the+airways+of+cystic+fibrosis+patients+under+antimicrobial+therapy.">Quantitative proteomics (2-D DIGE) reveals molecular strategies employed by Burkholderia cenocepacia to adapt to the airways of cystic fibrosis patients under antimicrobial therapy.</a> Proteomics. 11, 1313-1328 (2011).</li><li>Zlosnik, J. E. A., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Role+of+Mucoidy+in+Virulence+of+Bacteria+from+the+Burkholderia+cepacia+Complex:+A+Systematic+Proteomic+and+Transcriptomic+Analysis.">The Role of Mucoidy in Virulence of Bacteria from the Burkholderia cepacia Complex: A Systematic Proteomic and Transcriptomic Analysis.</a> J. Infect. 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Biol. 424, 35-42 (2008).</li><li>von der Haar, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+protein+extraction+for+quantitative+proteomics+of+yeasts.">Optimized protein extraction for quantitative proteomics of yeasts.</a> PLoS One. 2, e1078 (2007).</li><li>O'Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins.">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J. Biol. Chem. 250, 4007-4021 (1975).</li><li>Gorg, A., Weiss, W., Dunn, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+two-dimensional+electrophoresis+technology+for+proteomics.">Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics.</a> Proteomics. 4, 3665-3685 (2004).</li><li>Gygi, S. P., Rist, B., Griffin, T. J., Eng, J., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome+analysis+of+low-abundance+proteins+using+multidimensional+chromatography+and+isotope-coded+affinity+tags.">Proteome analysis of low-abundance proteins using multidimensional chromatography and isotope-coded affinity tags.</a> J. Proteome Res. 1, 47-54 (2002).</li><li>Ross, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+protein+quantitation+in+Saccharomyces+cerevisiae+using+amine-reactive+isobaric+tagging+reagents.">Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents.</a> Mol. Cell Proteomics. 3, 1154-1169 (2004).</li><li>Velapati&#241;o, B., Limmathurotsakul, D., Peacock, S. J., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+differentially+expressed+proteins+from+Burkholderia+pseudomallei+isolated+during+primary+and+relapsing+melioidosis.">Identification of differentially expressed proteins from Burkholderia pseudomallei isolated during primary and relapsing melioidosis.</a> Microbes. Infect. 14, 335-340 (2012).</li><li>Chung, J. W., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+identification+and+characterization+of+bacterial+factors+associated+with+Burkholderia+cenocepacia+survival+in+a+murine+host.">Proteomic identification and characterization of bacterial factors associated with Burkholderia cenocepacia survival in a murine host.</a> Microbiology. 153, 206-214 (2007).</li><li>Rotz, L. D., Khan, A. S., Lillibridge, S. R., Ostroff, S. M., Hughes, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Public+health+assessment+of+potential+biological+terrorism+agents.">Public health assessment of potential biological terrorism agents.</a> Emerg. Infect. Dis. 8, 225-230 (2002).</li><li>Thon, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+proteomic+analysis+of+protein+changes+during+platelet+storage+requires+complementary+proteomic+approaches.">Comprehensive proteomic analysis of protein changes during platelet storage requires complementary proteomic approaches.</a> Transfusion. 48, 425-435 (2008).</li><li>Wu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+New+and+Emerging+Proteomic+Techniques.">In New and Emerging Proteomic Techniques.</a> Methods Mol. Biol. 328, 71-95 (2006).</li><li>Lopez, M. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+silver+stain+and+SYPRO+Ruby+Protein+Gel+Stain+with+respect+to+protein+detection+in+two-dimensional+gels+and+identification+by+peptide+mass+profiling.">A comparison of silver stain and SYPRO Ruby Protein Gel Stain with respect to protein detection in two-dimensional gels and identification by peptide mass profiling.</a> Electrophoresis. 21, 3673-3683 (2000).</li></ol>

प्रोटीन की तैयारी के लिए एक विधि अच्छा reproducibility के साथ Burkholderia प्रोटीन का बहुमत निकाल सकते हैं कि वर्णित किया गया है. यह चित्र 1 में दिखाया के रूप में लेग या YEM शोरबा में उगाए वही जीवाणु संस्कृति का उपय...

जीनस Burkholderia 62 से अधिक प्रजातियों, आलों की एक विस्तृत श्रृंखला से अलग ग्राम नकारात्मक जीवों शामिल हैं, और यह दो मुख्य समूहों 1,2 में बांटा गया है. पहले क्लस्टर मानव, पशु और phytotrophic जीव भी शामिल है, और सबसे अधिक अध्ययन की वजह से उनके नैदानिक ​​महत्व के लिए इस समूह की रोगजनक प्रजातियों पर ध्यान केंद्रित किया है. सबसे रोगजनक सदस्यों बी हैं pseudomallei और बी (क्रमशः melioidosis और ग्लैंडर्स कारण बनता है) mallei 3,4 और सिस्टिक फाइब्रोसिस (CF) और पुरानी granulomatous रोग (सीजीडी) में रोग का कारण जो अवसरवादी रोगजनकों 5 (Burkholderia cepacia जटिल, बीसीसी की 17 परिभाषित प्रजाति), 1. 30 से अधिक nonpathogenic प्रजातियों के साथ दूसरे क्लस्टर, पौधों के साथ या वातावरण के साथ जुड़े बैक्टीरिया भी शामिल है, और मेजबान 2 के लिए संभावित लाभदायक माना जाता है. कई जटिलताओं fr उभरनेऐसी क्योंकि मामलों 6-9 से ज्यादातर में उन्मूलन के लिए कड़ी मेहनत कर रही एंटीबायोटिक दवाओं के लिए आंतरिक या अधिग्रहण प्रतिरोध के रोगियों, रोग के प्रसार और उपचार विफलता के बीच रोगज़नक़ के प्रसारण के रूप में Burkholderia जीनस के रोगजनक सदस्यों के साथ ओम जीवाणु संक्रमण. इसलिए, जीवाणु संक्रमण की स्थापना के लिए आधार का एक स्पष्ट समझ पाने के लिए इन जीवों से होने वाली बीमारी के उपचार के लिए महत्वपूर्ण है. संक्रमण की स्थापना में जानकारी हासिल करने के लिए, रोगजनन के साथ जुड़े जीवाणु घटकों पर व्यापक जांच की जरूरत है. प्रोटिओमिक दृष्टिकोण का उपयोग Burkholderia जीवों की प्रोटिओमिक विश्लेषण पर ध्यान केंद्रित अध्ययन बैक्टीरियल रोगजनन में फंसा साथ ही उनके proteome में परिवर्तन 10-16 प्रोफाइल गया है कि प्रोटीन का वर्णन किया. उच्च सान्द्र युक्त lysis बफर में sonication और फ्रीज thawed चक्र का उपयोग प्रोटीन निष्कर्षण तरीकोंयूरिया की entration, डिटर्जेंट और ampholytes साथ संयोजन में Thiourea Burkholderia प्रोटिओमिक पढ़ाई 10-13 में लागू किया गया है. यूरिया प्रोटीन विकृतीकरण के लिए काफी कुशल है, यह इस तरह (carbamylation प्रतिक्रिया) 17 कलाकृतियों के गठन, अमीनो एसिड समूहों के साथ प्रतिक्रिया कर सकते हैं जो अमोनियम आइसोसाइनेट, साथ जलीय घोल में एक संतुलन स्थापित कर सकते हैं. इसलिए, यह cyanate मैला ढोने वालों के रूप में कार्य जो वाहक ampholytes, शामिल हैं और 37 डिग्री सेल्सियस 17 से ऊपर तापमान से बचने के लिए सिफारिश की है. इसके अलावा, प्रोटीन मात्रा का ठहराव के साथ lysis बफर के किसी भी रासायनिक हस्तक्षेप को रोकने के लिए, एक ही lysis बफर नमूने और मानकों में एक ही पृष्ठभूमि 10 इतनी है कि मानक वक्र उत्पन्न करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. अन्य तरीके में गर्मी ऊष्मायन अवधि 17,18 साथ क्षारीय buffers और डिटर्जेंट का उपयोग शामिल है, लेकिन इन स्थितियों proteome में परिवर्तन उत्पन्न हो सकता है और कुछ डिटर्जेंट जनसंपर्क के साथ संगत नहीं हैंoteomics आवेदन बाद में डिटर्जेंट हटाने कदम 17,18 शामिल किए गए हैं जब तक. पर्याप्त निकासी और मात्रा का ठहराव के बाद, प्रत्येक व्यक्ति प्रोटीन की वैश्विक प्रोटीन अभिव्यक्ति इस तरह के दो आयामी (2 डी) जेल वैद्युतकणसंचलन के रूप में प्रोटिओमिक दृष्टिकोण का उपयोग का अध्ययन किया जा सकता है. यह तकनीक पहले O&#39;Farell 19 से वर्णित है और दूसरा आयाम में acrylamide जेल वैद्युतकणसंचलन द्वारा प्रथम आयाम में ध्यान केंद्रित समविद्युतविभव द्वारा उनके isoelectric बिंदु के अनुसार प्रोटीन की जुदाई, और फिर उनके आणविक वजन के हिसाब में शामिल किया गया था. इसकी वजह से संकल्प और संवेदनशीलता के लिए, इस तकनीक जटिल जैविक स्रोतों 19,20 से प्रोटीन का विश्लेषण और पहचान के लिए एक शक्तिशाली उपकरण है. इस जुदाई तकनीक बाद transcriptional संशोधनों या proteolytic प्रसंस्करण की वजह से प्रोटीन isoforms के समाधान के महान लाभ के साथ प्रोटीन केंद्रित दृष्टिकोण में वर्तमान में उपलब्ध है. मात्रात्मक परिवर्तनजेल में 20 की धुंधला के बाद इसी स्थान की तीव्रता की तुलना से पता लगाया जा सकता है. हालांकि, इस तकनीक बहुत बड़े प्रोटीन, झिल्ली प्रोटीन, बेहद बुनियादी और अम्लीय या हाइड्रोफोबिक प्रोटीन की पहचान के लिए अनुकूल है, और कुछ हद तक एक श्रमसाध्य और समय लेने वाली तकनीक 20 है नहीं है. और अधिक मजबूत और उद्देश्य हैं कि नई पेप्टाइड केंद्रित दृष्टिकोण (गैर जेल आधारित) उपलब्ध हो जाते हैं और इस तरह के (ICAT) 21 टैगिंग आइसोटोप कोडित आत्मीयता से सिस्टीन लेबलिंग, और एमिनो समूह के रूप में अंतर स्थिर आइसोटोप लेबलिंग तरीकों से मात्रात्मक तुलना के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है सापेक्ष और निरपेक्ष quantitation (iTRAQ) 22 के लिए आइसोटोप टैगिंग द्वारा लेबलिंग. एक एकल प्रोटिओमिक तकनीक का उपयोग अपर्याप्त जानकारी दे सकता है, इसलिए दो पूरक प्रोटिओमिक दृष्टिकोण का उपयोग proteome में सबसे पूरी तरह से आकलन करने में परिवर्तन के लिए आवश्यक है. फिर भी, 2 डी जेल वैद्युतकणसंचलन व्यापक रूप से इस्तेमाल किया जाता है और नियमित तौर पर क्वान के लिए लागू किया जा सकता हैविभिन्न जीवों में कई प्रोटीन की अभिव्यक्ति titative. यहाँ हम अनुकूलित और अनुकूलित जीई हेल्थकेयर 2 डी वैद्युतकणसंचलन सिद्धांतों से और तरीकों हैंडबुक 80-6429-60AC 2004 (गया कि Burkholderia प्रजातियों के लिए एक पूरे सेल प्रोटीन निष्कर्षण और 2 डी जेल वैद्युतकणसंचलन प्रक्रियाओं का वर्णन <a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a> ). प्रोटीन निष्कर्षण 5 मिमी EDTA (ethylenediamine tetraacetic एसिड) और 1 मिमी PMSF (phenylmethylsulfonyl फ्लोराइड युक्त) पीबीएस की उपस्थिति में ग्लास मोतियों के साथ एक मनका डिब्बा का उपयोग किया गया था. यह प्रक्रिया कम से कम गिरावट के साथ प्रोटीन की मात्रा का ठहराव की अनुमति देता है और जैसा कि पहले बताया 15,23,24 के रूप में प्रोटिओमिक दृष्टिकोण के लिए संशोधनीय है. 2 डी जेल वैद्युतकणसंचलन 24 सेमी लंबे समय से स्थिर पीएच 4-7 ढाल और प्रोटीन का उपयोग किया गया था उनके isoelectric बिंदु के अनुसार अलग हो गए थे. तो प्रोटीन उनके molec के अनुसार अलग हो गए थेएसडीएस polyacrylamide जेल से ular वजन. इसके अतिरिक्त, हम हाजिर प्रोटीन के दृश्य, और मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए संगत है कि एक चांदी दाग ​​विधि के लिए एक चांदी धुंधला विधि का वर्णन किया. साथ में इन प्रक्रियाओं के रोगजनन में शामिल किया जा सकता है कि Burkholderia प्रजातियों से महत्वपूर्ण प्रोटीन की पहचान की अनुमति कर सकते हैं.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Reagents</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF)</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>P7626</td>
 <td>Toxic, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Acetone</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A18-1</td>
 <td>Flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PBS Buffer</td>
 <td>Bioscience</td>
 <td>R028</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP118-500 </td>
 <td>toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glass beads (0.1 mm)</td>
 <td>BioSpec Products</td>
 <td>11079101</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Nalgene Oak Ridge Centrifuge tubes, polycarbonate (50 ml)</td>
 <td>VWR</td>
 <td>21009-342</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MicroBCA protein extraction kit</td>
 <td>Pierce</td>
 <td>23235</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Microcentrifuge Tubes 2.0 ml conical Screw cap Tubes with Cap and O-Ring</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>02-681-375</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>2-D Clean-Up kit</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6484-51</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Urea</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15505-050</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>CHAPS</td>
 <td>Amersham Biosciences</td>
 <td>17-1314-01</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Dithiothreitol (DTT)</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>856126</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Immobiline DryStrips pH 4-7 24 cm</td>
 <td>Amersham Biosciences</td>
 <td>176002-46</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Duracryl</td>
 <td>Proteomic Solutions</td>
 <td>80-0148</td>
 <td>Very toxic, carcinogen</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ammonium persulfate</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP179-100</td>
 <td>Flammable, toxic, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15524-010</td>
 <td>Flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP166-500</td>
 <td>Acute toxicity, flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agarose</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15510-027</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethanol</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>HC1100-1GL</td>
 <td>Flammable, toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Acetic acid</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A491-212</td>
 <td>Flammable, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glutaraldehyde</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>G151-1</td>
 <td>Very toxic, corrosive, dangerous for the environment</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Potassium tetrathionate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>P2926</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium acetate</td>
 <td>EM Science</td>
 <td>7510</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Silver nitrate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>209139</td>
 <td>Corrosive, dangerous for the environment</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Formaldehyde</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>252549</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium thiosulfate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>S7026</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tris Base</td>
 <td>EMD</td>
 <td>9230</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glycine</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>808831</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glycerol</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>800688</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Methanol</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A412-4</td>
 <td>Flammable, toxic, health hazard</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium carbonate anhydrous</td>
 <td>EMD</td>
 <td>SX0400-3</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Mineral oil</td>
 <td>ACROS</td>
 <td>415080010</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Equipment </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>JA-20 ultracentrifuge rotor</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>334831</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Mini Beadbeater</td>
 <td>Biospec Products</td>
 <td>3110BX</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ettan IPGphor II Isoelectric Focusing System and accessories</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6505-03</td>
 <td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ettan DALT Large Vertical electrophoresis system</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6485-27</td>
 <td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

total protein extraction and 2-d gel electrophoresis methods for burkholderia species

बैक्टीरियल प्रजातियों के intracellular प्रोटीन के स्तर की जांच के लिए इन जीवों से होने वाली बीमारी के रोगजनक तंत्र को समझने के लिए महत्वपूर्ण है. यहाँ हम फॉस्फेट बफर खारा में ethylenediamine tetraacetic एसिड और phenylmethylsulfonyl फ्लोराइड की उपस्थिति में ग्लास मनकों का उपयोग मैकेनिकल सेल पर आधारित Burkholderia प्रजातियों से प्रोटीन निष्कर्षण के लिए एक प्रक्रिया का वर्णन. इस विधि अलग विकास की स्थिति के लिए, अलग Burkholderia प्रजातियों के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, और यह अन्य जीवाणुओं की प्रोटिओमिक अध्ययन में इस्तेमाल के लिए संभावना उपयुक्त है. प्रोटीन निकासी के बाद, एक दो आयामी (2 डी) जेल वैद्युतकणसंचलन प्रोटिओमिक तकनीक इन जीवों की proteomes में वैश्विक परिवर्तनों का अध्ययन करने के लिए वर्णित है. इस विधि आणविक वजन के आधार पर अलग होने के द्वारा पीछा प्रथम आयाम में ध्यान केंद्रित समविद्युतविभव द्वारा उनके isoelectric बिंदु के अनुसार प्रोटीन की जुदाई के होते हैं,दूसरा आयाम में acrylamide जेल वैद्युतकणसंचलन द्वारा. अलग हो प्रोटीन के दृश्य चांदी धुंधला द्वारा किया जाता है.

दो अलग अलग अवसरों पर ही जीवाणु संस्कृति से निकाले प्रोटीन प्रोफाइल का तुलनात्मक विश्लेषण सफल प्रोटीन एक्सट्रेक्शन का संकेत भी इसी पैटर्न बैंडिंग दिखाया. निकाले आण्विक वजन प्रोटीन 10-150 केडीए से बताया ?...

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Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

Burkholderia जीनस के सदस्य नैदानिक ​​महत्व के रोगजनकों हैं. हम यांत्रिक विघटन, और बाद में प्रोटिओमिक विश्लेषण के लिए 2 डी जेल वैद्युतकणसंचलन का उपयोग, कुल बैक्टीरियल प्रोटीन निकासी के लिए एक विधि का वर्णन.

कुल प्रोटीन निष्कर्षण और 2 डी जेल वैद्युतकणसंचलन तरीके के लिए<em&gt; Burkholderia</em&gt; प्रजाति

The investigation of  the intracellular protein levels of bacterial species is of importance to  understanding the pathogenic mechanisms of diseases ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

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की पहचान के लिए एक 1.5 घंटो प्रक्रिया Enterococcus प्रजाति सीधे रक्त संस्कृतियों से

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

एवियन इन्फ्लुएंजा निगरानी के साथ मुक्त व्यापार समझौते कार्ड: फील्ड तरीके, जैवसुरक्षा, और परिवहन मुद्दे का हल

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

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डीएनए निष्कर्षण के लिए एक सरल Chelex से प्रोटोकॉल<em&gt; एनोफ़ेलीज़</em&gt; एसपीपी.

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Procedures for Identifying Infectious Prions After Passage Through the Digestive System of an Avian Species

एक एवियन प्रजातियों की पाचन प्रणाली के माध्यम से पारित होने के बाद संक्रामक prions की पहचान के लिए प्रक्रिया

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Establishment and Optimization of a High Throughput Setup to Study Staphylococcus epidermidis and Mycobacterium marinum Infection as a Model for Drug Discovery

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स्थापना और अध्ययन करने के लिए एक उच्च throughput सेटअप का अनुकूलन<em&gt; Staphylococcus epidermidis</em&gt; और<em&gt; माइकोबैक्टीरियम marinum</em&gt; संक्रमण ड्रग डिस्कवरी के लिए एक मॉडल के रूप में

Zebrafish are becoming a valuable tool in the preclinical phase of drug discovery screenings as a whole animal model with high throughput screening ...

Proteomic Profiling of Macrophages by 2D Electrophoresis

2 डी वैद्युतकणसंचलन द्वारा मैक्रोफेज की प्रोटिओमिक रूपरेखा

The goal of the two-dimensional (2D) electrophoresis protocol described here is to show how to analyse the phenotype of human cultured macrophages. The ...

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

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की प्रजाति विशिष्ट पहचान के लिए लूप की मध्यस्थता इज़ोटेर्माल प्रवर्धन (दीपक) Assays<em&gt; Eimeria</em&gt; मुर्गियों को संक्रमित करते हैं

Eimeria species parasites, protozoa which cause the enteric disease coccidiosis, pose a serious threat to the production and welfare of chickens. In the ...

Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity

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वैकल्पिक इन विट्रो तरीके वायरल कैप्सिड संरचनात्मक अखंडता के निर्धारण के लिए

Human norovirus exacts considerable public health and economic losses worldwide. Emerging in vitro cultivation advances are not yet applicable for routine ...

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Bimolecular पूरित अपनत्व शुद्धि (BiCAP) द्वारा विदारक मल्टी प्रोटीन सिगनल कॉम्प्लेक्स

The assembly of protein complexes is a central mechanism underlying the regulation of many cell signaling pathways. A major focus of biomedical research ...

Native Polyacrylamide Gel Electrophoresis Immunoblot Analysis of Endogenous IRF5 Dimerization

देशी Polyacrylamide जेल इलेक्ट्रोफोरोसिस इम्यूनोब्लॉट विश्लेषण अंतर्जात IRF5 Dimerization

Interferon regulatory factor 5 (IRF5) is a key transcription factor for regulating the immune response. It is activated downstream of the Toll-like ...