Name: total protein extraction and 2-d gel electrophoresis methods for burkholderia species
Uploaded: 2013-10-15T17:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species at JoVE.com

Эта работа была поддержана студенчества из Университета Британской Колумбии (к BV) и грантов от муковисцидоза Канада и Канадского института исследований в области здравоохранения (ДПС). Мы благодарим Жаклин Chung для первоначальной подготовки протоколов.

1. Рост культуры (Дни 1 +2) <ol><li> Вырастить закваски: 3 мл Лурия Bertani (LB) бульона в оснастку лучших 15 мл трубки, при 37 ° С ротатора в одночасье. Развести ночной рост к OD 600 0,6. Добавить 1 мл этого раствора до 100 мл LB бульона в колбе Эрленмейера на 250 мл. Инкубировать при 37 ° С с перемешиванием п?...

<ol>
	<li>Drevinek, P., Mahenthiralingam, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Burkholderia+cenocepacia+in+cystic+fibrosis:+epidemiology+and+molecular+mechanisms+of+virulence.">Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis: epidemiology and molecular mechanisms of virulence.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 821-830 (2010).</li><li>Suarez-Moreno, Z. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Common+Features+of+Environmental+and+Potentially+Beneficial+Plant-Associated+Burkholderia.">Common Features of Environmental and Potentially Beneficial Plant-Associated Burkholderia.</a> Microb. Ecol. , (2011).</li><li>Wiersinga, W. J., van der Poll, T., White, N. J., Day, N. P., Peacock, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melioidosis:+insights+into+the+pathogenicity+of+Burkholderia+pseudomallei.">Melioidosis: insights into the pathogenicity of Burkholderia pseudomallei.</a> Nat. Rev. Microbiol. 4, 272-282 (2006).</li><li>White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melioidosis.">Melioidosis.</a> Lancet. 361, 1715-1722 (2003).</li><li>Mahenthiralingam, E., Urban, T. A., Goldberg, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+multifarious,+multireplicon+Burkholderia+cepacia+complex.">The multifarious, multireplicon Burkholderia cepacia complex.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 144-156 (2005).</li><li>Speert, D. P., Henry, D., Vandamme, P., Corey, M., Mahenthiralingam, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epidemiology+of+Burkholderia+cepacia+complex+in+patients+with+cystic+fibrosis.">Epidemiology of Burkholderia cepacia complex in patients with cystic fibrosis.</a> Canada. Emerg. Infect. Dis. 8, 181-187 (2002).</li><li>Dance, D. A., Wuthiekanun, V., Chaowagul, W., White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+susceptibility+of+Pseudomonas+pseudomallei.+Emergence+of+resistance+in+vitro+and+during+treatment.">The antimicrobial susceptibility of Pseudomonas pseudomallei. Emergence of resistance in vitro and during treatment.</a> J. Antimicrob. Chemother. 24, 295-309 (1989).</li><li>Thibault, F. M., Hernandez, E., Vidal, D. R., Girardet, M., Cavallo, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+susceptibility+of+65+isolates+of+Burkholderia+pseudomallei+and+Burkholderia+mallei+to+35+antimicrobial+agents.">Antibiotic susceptibility of 65 isolates of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei to 35 antimicrobial agents.</a> J. Antimicrob. Chemother. 54, 1134-1138 (2004).</li><li>Govan, J. R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+transmission+of+Pseudomonas+cepacia+by+social+contact+in+cystic+fibrosis.">Evidence for transmission of Pseudomonas cepacia by social contact in cystic fibrosis.</a> Lancet. 342, 15-19 (1993).</li><li>Thongboonkerd, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altered+proteome+in+Burkholderia+pseudomallei+rpoE+operon+knockout+mutant:+insights+into+mechanisms+of+rpoE+operon+in+stress+tolerance,+survival,+and+virulence.">Altered proteome in Burkholderia pseudomallei rpoE operon knockout mutant: insights into mechanisms of rpoE operon in stress tolerance, survival, and virulence.</a> J. Proteome. Res. 6, 1334-1341 (2007).</li><li>Park, K. H., Lipuma, J. J., Lubman, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+analysis+of+B.+cenocepacia+using+two-dimensional+liquid+separations+coupled+with+mass+spectrometry.">Comparative proteomic analysis of B. cenocepacia using two-dimensional liquid separations coupled with mass spectrometry.</a> Anal Chim. Acta. 592, 91-100 (2007).</li><li>Wongtrakoongate, P., Mongkoldhumrongkul, N., Chaijan, S., Kamchonwongpaisan, S., Tungpradabkul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomic+profiles+and+the+potential+markers+between+Burkholderia+pseudomallei+and+Burkholderia+thailandensis.+Mol.">Comparative proteomic profiles and the potential markers between Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis. Mol.</a> Cell Probes. 21, 81-91 (2007).</li><li>Harding, S. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+identification+of+surface+proteins+of+Burkholderia+pseudomallei.">The identification of surface proteins of Burkholderia pseudomallei.</a> Vaccine. 25, 2664-2672 (2007).</li><li>Madeira, A., Santos, P. M., Coutinho, C. P., Pinto-de-Oliveira, A., Sa-Correia, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+proteomics+(2-D+DIGE)+reveals+molecular+strategies+employed+by+Burkholderia+cenocepacia+to+adapt+to+the+airways+of+cystic+fibrosis+patients+under+antimicrobial+therapy.">Quantitative proteomics (2-D DIGE) reveals molecular strategies employed by Burkholderia cenocepacia to adapt to the airways of cystic fibrosis patients under antimicrobial therapy.</a> Proteomics. 11, 1313-1328 (2011).</li><li>Zlosnik, J. E. A., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Role+of+Mucoidy+in+Virulence+of+Bacteria+from+the+Burkholderia+cepacia+Complex:+A+Systematic+Proteomic+and+Transcriptomic+Analysis.">The Role of Mucoidy in Virulence of Bacteria from the Burkholderia cepacia Complex: A Systematic Proteomic and Transcriptomic Analysis.</a> J. Infect. Dis. 202, 770-781 (2010).</li><li>Riedel, K., Carranza, P., Gehrig, P., Potthast, F., Eberl, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Towards+the+proteome+of+Burkholderia+cenocepacia+H111:+setting+up+a+2-DE+reference+map.">Towards the proteome of Burkholderia cenocepacia H111: setting up a 2-DE reference map.</a> Proteomics. 6, 207-216 (2006).</li><li>Weiss, W., Gorg, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sample+solublization+buffers+for+two-dimensional+electrophoresis.">Sample solublization buffers for two-dimensional electrophoresis.</a> Methods Mol. Biol. 424, 35-42 (2008).</li><li>von der Haar, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+protein+extraction+for+quantitative+proteomics+of+yeasts.">Optimized protein extraction for quantitative proteomics of yeasts.</a> PLoS One. 2, e1078 (2007).</li><li>O'Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins.">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J. Biol. Chem. 250, 4007-4021 (1975).</li><li>Gorg, A., Weiss, W., Dunn, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+two-dimensional+electrophoresis+technology+for+proteomics.">Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics.</a> Proteomics. 4, 3665-3685 (2004).</li><li>Gygi, S. P., Rist, B., Griffin, T. J., Eng, J., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome+analysis+of+low-abundance+proteins+using+multidimensional+chromatography+and+isotope-coded+affinity+tags.">Proteome analysis of low-abundance proteins using multidimensional chromatography and isotope-coded affinity tags.</a> J. Proteome Res. 1, 47-54 (2002).</li><li>Ross, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+protein+quantitation+in+Saccharomyces+cerevisiae+using+amine-reactive+isobaric+tagging+reagents.">Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents.</a> Mol. Cell Proteomics. 3, 1154-1169 (2004).</li><li>Velapati&#241;o, B., Limmathurotsakul, D., Peacock, S. J., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+differentially+expressed+proteins+from+Burkholderia+pseudomallei+isolated+during+primary+and+relapsing+melioidosis.">Identification of differentially expressed proteins from Burkholderia pseudomallei isolated during primary and relapsing melioidosis.</a> Microbes. Infect. 14, 335-340 (2012).</li><li>Chung, J. W., Speert, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+identification+and+characterization+of+bacterial+factors+associated+with+Burkholderia+cenocepacia+survival+in+a+murine+host.">Proteomic identification and characterization of bacterial factors associated with Burkholderia cenocepacia survival in a murine host.</a> Microbiology. 153, 206-214 (2007).</li><li>Rotz, L. D., Khan, A. S., Lillibridge, S. R., Ostroff, S. M., Hughes, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Public+health+assessment+of+potential+biological+terrorism+agents.">Public health assessment of potential biological terrorism agents.</a> Emerg. Infect. Dis. 8, 225-230 (2002).</li><li>Thon, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+proteomic+analysis+of+protein+changes+during+platelet+storage+requires+complementary+proteomic+approaches.">Comprehensive proteomic analysis of protein changes during platelet storage requires complementary proteomic approaches.</a> Transfusion. 48, 425-435 (2008).</li><li>Wu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+New+and+Emerging+Proteomic+Techniques.">In New and Emerging Proteomic Techniques.</a> Methods Mol. Biol. 328, 71-95 (2006).</li><li>Lopez, M. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+of+silver+stain+and+SYPRO+Ruby+Protein+Gel+Stain+with+respect+to+protein+detection+in+two-dimensional+gels+and+identification+by+peptide+mass+profiling.">A comparison of silver stain and SYPRO Ruby Protein Gel Stain with respect to protein detection in two-dimensional gels and identification by peptide mass profiling.</a> Electrophoresis. 21, 3673-3683 (2000).</li></ol>

Способ получения белков было описано, что можно извлечь большинство Burkholderia белков с хорошей воспроизводимостью. Это продемонстрировано получение такой же профиль белка из двух независимых препаратов, выполненных в разные дни, используя тот же бактериальной культуры, выращенные ...

Род Burkholderia содержит более 62 видов, грамотрицательных организмов, выделенные из широкого спектра ниши, и он разделен на две основные группы 1,2. Первый кластер включает в себя людей, животных и фитотрофных организмов, и большинство исследований были сосредоточены на патогенные видов этой группы в связи с их клиническое значение. Наиболее патогенные члены Б. pseudomallei и В. mallei (который вызывает Melioidosis и сапа соответственно) 3,4 и условно-патогенных микроорганизмов (в 17 определенных видов cepacia комплекса Burkholderia, BCC) 5, которые вызывают заболевания у Муковисцидоз (МВ) и ХГБ (КГД) 1. Второй кластер, с более чем 30 непатогенных видов, включает в себя бактерии, связанные с растениями или с окружающей средой, и считаются потенциально выгоден для хозяина 2. Многочисленные осложнения возникают фром бактериальной инфекции с патогенными членов рода Burkholderia, таких как передача возбудителя между пациентами, распространением болезни и неудачи лечения из-за внутренней или приобретенной устойчивости к антибиотикам, делающих трудно искоренить в большинстве случаев 6-9. Поэтому, приобретая более ясное понимание основы для установления бактериальной инфекции является жизненно важным для лечения заболеваний, вызванных этими организмами. Для того чтобы получить представление о создании инфекции, обширные исследования по бактериальных компонентов, связанных с патогенезом необходимы. Исследования, посвященные протеомного анализа Burkholderia организмов с помощью протеомных подходов описаны белки, которые были вовлечены в бактериальной патогенеза, а также изменения в их протеома профилей 10-16. Методы экстракции белка с использованием ультразвука и сублимационной талой циклов в буфере для лизиса, содержащего высокую концentration мочевины, тиомочевины в сочетании с моющим средством и амфолитов был применен в Burkholderia протеомных исследований 10-13. Хотя мочевина является достаточно эффективным для денатурации белка, он может установить равновесие в водном растворе с изоцианатом аммония, которые могут реагировать с аминогруппами кислота, образуя тем самым артефакты (карбамоилирование реакция) 17. Поэтому рекомендуется включать носителей амфолитов, которые действуют как цианатных мусорщиков и избежать температур выше 37 ° С 17. Кроме того, чтобы предотвратить любую химическую вмешательства лизирующего буфера с белком количественного, так же буфере для лизиса может быть использован для создания стандартной кривой так, что образцы и стандарты имеют одинаковую фона 10. Другие методологии предусматривают использование щелочных буферов и моющих средств с тепловыми инкубационного периода 17,18, однако эти условия могут вызвать изменения в протеома и некоторые моющие средства не совместимы с пр.oteomics приложение, если последующие шаги по удалению моющего средства не включены 17,18. После надлежащей экстракции и количественное, глобальное экспрессии белка каждого отдельного белка могут быть изучены с помощью протеомических подходов, таких как гель-электрофореза двумерной (2-D). Этот метод был впервые описан O&#39;Farell 19 и состоит в разделении белков в соответствии с их изоэлектрической точке методом изоэлектрофокусировки в первом измерении, а затем в соответствии с их молекулярной массы акриламида гель-электрофореза во втором измерении. Благодаря своей разрешением и чувствительностью, этот метод является мощным инструментом для анализа и выявления белков из сложных биологических источников 19,20. Этот метод разделения в настоящее время доступна в белково-ориентированных подходов с большим преимуществом разрешения изоформы белка, вызванные посттранскрипционных модификаций или протеолитической обработки. Количественные изменениямогут быть обнаружены путем сравнения интенсивности соответствующего месте после окрашивания геля 20. Однако этот способ не подходит для идентификации очень больших белков, мембранных белков, крайне основных и кислотных или гидрофобных белков, и несколько трудоемкий и требует много времени техника 20. Новые пептидные ориентированные подходы (не гель на основе), которые являются более прочными и цель становятся доступными и могут быть использованы для количественного сравнения по дифференциальных методов стабильных изотопов маркировки, таких как цистеин маркировки с помощью изотопов кодированием сродством мечения (ICAT) 21 и аминогруппы маркировка изотопом тегов для относительной и абсолютной количественного (iTRAQ) 22. Использование одного протеомики техники может дать достаточной информации, поэтому использование двух дополнительных протеомических подходов является необходимым для большинства полностью оценки изменений в протеоме. Тем не менее, гель-электрофорез 2-D широко используется и может быть обычно применяется для квантовойвенных экспрессию нескольких белков в разных организмов. Здесь мы опишем экстрагирования белка цельноклеточная и 2-D процедуры гель-электрофореза для видов Burkholderia, которые были адаптированы и оптимизированы от GE Healthcare 2-D электрофореза Принципы и методы Руководство 80-6429-60AC 2004 ( <a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a> ). Экстракцию белка проводили с использованием шарик било со стеклянными шариками в присутствии PBS, содержащего 5 мМ ЭДТА (этилендиаминтетрауксусной кислоты) и 1 мМ ФМСФ (фенилметилсульфонилфторид). Эта процедура позволяет количественно оценить белков с минимальными искажениями и исправимо для протеомных подходов как сообщалось ранее 15,23,24. Гель-электрофорез 2-D проводили с использованием 24 см в длину, иммобилизованных рН 4-7 градиента и белки были разделены в соответствии с их изоэлектрической точке. Затем белки были разделены в соответствии с их Molecулар вес на SDS-полиакриламидном геле. Кроме того, мы описали метод окраски серебром для визуализации спот белков, и серебряным методом окраски, совместимый для масс-спектрометрического анализа. Вместе эти процедуры могут позволить идентификацию важных белков из видов Burkholderia, которые могут быть вовлечены в патогенез.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Reagents</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF)</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>P7626</td>
 <td>Toxic, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Acetone</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A18-1</td>
 <td>Flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>PBS Buffer</td>
 <td>Bioscience</td>
 <td>R028</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP118-500 </td>
 <td>toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glass beads (0.1 mm)</td>
 <td>BioSpec Products</td>
 <td>11079101</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Nalgene Oak Ridge Centrifuge tubes, polycarbonate (50 ml)</td>
 <td>VWR</td>
 <td>21009-342</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MicroBCA protein extraction kit</td>
 <td>Pierce</td>
 <td>23235</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Microcentrifuge Tubes 2.0 ml conical Screw cap Tubes with Cap and O-Ring</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>02-681-375</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>2-D Clean-Up kit</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6484-51</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Urea</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15505-050</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>CHAPS</td>
 <td>Amersham Biosciences</td>
 <td>17-1314-01</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Dithiothreitol (DTT)</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>856126</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Immobiline DryStrips pH 4-7 24 cm</td>
 <td>Amersham Biosciences</td>
 <td>176002-46</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Duracryl</td>
 <td>Proteomic Solutions</td>
 <td>80-0148</td>
 <td>Very toxic, carcinogen</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ammonium persulfate</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP179-100</td>
 <td>Flammable, toxic, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15524-010</td>
 <td>Flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP166-500</td>
 <td>Acute toxicity, flammable</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Agarose</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15510-027</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ethanol</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>HC1100-1GL</td>
 <td>Flammable, toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Acetic acid</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A491-212</td>
 <td>Flammable, corrosive</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glutaraldehyde</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>G151-1</td>
 <td>Very toxic, corrosive, dangerous for the environment</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Potassium tetrathionate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>P2926</td>
 <td>Irritant</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium acetate</td>
 <td>EM Science</td>
 <td>7510</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Silver nitrate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>209139</td>
 <td>Corrosive, dangerous for the environment</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Formaldehyde</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>252549</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium thiosulfate</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>S7026</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tris Base</td>
 <td>EMD</td>
 <td>9230</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glycine</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>808831</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glycerol</td>
 <td>MPBiomedical, LCC</td>
 <td>800688</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Methanol</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>A412-4</td>
 <td>Flammable, toxic, health hazard</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sodium carbonate anhydrous</td>
 <td>EMD</td>
 <td>SX0400-3</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Mineral oil</td>
 <td>ACROS</td>
 <td>415080010</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Equipment </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>JA-20 ultracentrifuge rotor</td>
 <td>Beckman Coulter</td>
 <td>334831</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Mini Beadbeater</td>
 <td>Biospec Products</td>
 <td>3110BX</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ettan IPGphor II Isoelectric Focusing System and accessories</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6505-03</td>
 <td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Ettan DALT Large Vertical electrophoresis system</td>
 <td>GE Healthcare</td>
 <td>80-6485-27</td>
 <td><a href="http://www.amershambiosciences.com" target="_blank">www.amershambiosciences.com</a></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

total protein extraction and 2-d gel electrophoresis methods for burkholderia species

Исследование внутриклеточных уровней белка из бактериальных видов имеет важное значение для понимания патогенетические механизмы заболеваний, вызванных этими микроорганизмами. Здесь мы опишем процедуру для извлечения белка из видов Burkholderia на основе механического лизиса с использованием стеклянных шариков в присутствии этилендиаминтетрауксусной кислоты и фенилметилсульфонилфторидом в забуференном фосфатом физиологическом растворе. Этот метод может быть использован для различных видов Burkholderia, для различных условий роста, и вполне вероятно, пригодны для использования в протеомических исследований других бактерий. После экстракции белка, двумерный (2-D) гель-электрофорез протеомный методика описана для изучения глобальных изменений в протеомов этих организмов. Этот метод состоит в разделении белков в соответствии с их изоэлектрической точке методом изоэлектрофокусировки в первом измерении с последующим разделением на основе молекулярной массыгель-электрофорезом акриламида во втором измерении. Визуализация белков, разделенных осуществляется путем окрашивания серебром.

Сравнительный анализ белковых профилей, извлеченных из той же бактериальной культуры в двух различных случаях показали аналогичные модели полос указывает успешных белковые экстракции. Молекулярные белки вес извлеченные колебалась от 10-150 кДа. На рисунке 1 показана представи...

Watch this Scientific Journal Video about Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species at JoVE.com

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

Члены рода Burkholderia являются возбудителями клиническое значение. Мы опишем метод для общего бактериального извлечения белка, с использованием механического разрушения и гель-электрофореза 2-D для последующего протеомного анализа.

Всего экстракции белка и 2-D электрофореза в геле Методы<em&gt; Burkholderia</em&gt; Вид

The investigation of  the intracellular protein levels of bacterial species is of importance to  understanding the pathogenic mechanisms of diseases ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

1,5 час порядок идентификации Enterococcus Виды Непосредственно из культуры крови

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Эпидемиологического надзора за птичьим гриппом с FTA карты: Полевые методы, биобезопасности и транспорта Вопросы Решенные

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

Простой протокол Chelex для выделения ДНК из<em&gt; Anopheles</em&gt; SPP.

Endemic countries are increasingly adopting molecular tools for  efficient typing, identification and surveillance against malaria parasites and  vector ...

Procedures for Identifying Infectious Prions After Passage Through the Digestive System of an Avian Species

Процедуры выявления инфекционных прионов после прохождения через пищеварительный тракт птичьего видов

Infectious prion (PrPRes) material is likely the cause of fatal, neurodegenerative transmissible spongiform encephalopathy (TSE) diseases1. Transmission ...

Establishment and Optimization of a High Throughput Setup to Study Staphylococcus epidermidis and Mycobacterium marinum Infection as a Model for Drug Discovery

Establishment and Optimization of a High Throughput Setup to Study Staphylococcus epidermidis and Mycobacterium marinum Infection as a Model for Drug Discovery

Создание и Оптимизация Верховного установки пропускной изучать<em&gt; Эпидермальный стафилококк</em&gt; И<em&gt; Mycobacterium Marinum</em&gt; Инфекция в качестве модели для Drug Discovery

Zebrafish are becoming a valuable tool in the preclinical phase of drug discovery screenings as a whole animal model with high throughput screening ...

Proteomic Profiling of Macrophages by 2D Electrophoresis

Протеомный профилирования макрофагов 2D электрофореза

The goal of the two-dimensional (2D) electrophoresis protocol described here is to show how to analyse the phenotype of human cultured macrophages. The ...

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-mediated Isothermal Amplification LAMP Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-опосредованной изотермический амплификации (ЛАМП) Анализы на конкретные виды обнаружения<em&gt; Eimeria</em&gt;, Которые заражают цыплят

Eimeria species parasites, protozoa which cause the enteric disease coccidiosis, pose a serious threat to the production and welfare of chickens. In the ...

Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity

Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity

Альтернативные в Vitro методы для определения вирусного капсида структурной целостности

Human norovirus exacts considerable public health and economic losses worldwide. Emerging in vitro cultivation advances are not yet applicable for routine ...

Dissecting Multi-protein Signaling Complexes by Bimolecular Complementation Affinity Purification (BiCAP)

Dissecting Multi-protein Signaling Complexes by Bimolecular Complementation Affinity Purification BiCAP

Пройдя через сигнализации различных белковых комплексов, очищение сродства Bimolecular дополнения (BiCAP)

The assembly of protein complexes is a central mechanism underlying the regulation of many cell signaling pathways. A major focus of biomedical research ...

Native Polyacrylamide Gel Electrophoresis Immunoblot Analysis of Endogenous IRF5 Dimerization

Родной Полякриламимид Гель Электрофорез Иммуноблот Анализ эндогенной димеризации IRF5

Interferon regulatory factor 5 (IRF5) is a key transcription factor for regulating the immune response. It is activated downstream of the Toll-like ...