Name: a practical guide to phylogenetics for nonexperts
Uploaded: 2014-02-05T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

Vi takker medlemmer af O&#39;Halloran lab for kommentarer til manuskriptet. Vi takker George Washington University Biologisk Institut og Columbian College of Arts and Sciences om støtte til D. O&#39;Halloran.

1.. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST): Online-grænseflade <ol><li> Klik på dette link for at besøge BLAST 1 webserver på National Center for Biotechnology Information (NCBI). - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (figur 1). </li><li> Input et FASTA formateret tekst sekvens (se figur 2 for eksempel) i søgefelt. </li><li> Klik på den relevante BLAST programmet og relevante database eller enkelte arter af ...

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLUSTAL+W:+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting,+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice.">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li><li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm.">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li><li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+version+5:+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment.">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li><li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT:+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform.">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-coffee:+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment.">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li><li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeView:+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers.">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=jModelTest+2:+More+models,+new+heuristics+and+parallel+computing.">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li><li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

Vores håb for denne artikel er, at det vil tjene som et udgangspunkt for at vejlede forskere eller studerende, som er nye for fylogeni. Genomsekventering projekter er blevet billigere i løbet af de sidste par år og som en konsekvens af brugernes efterspørgsel efter denne teknologi er stigende, og nu produktion af store sekvens datasæt er hverdagskost i små laboratorier. Disse datasæt ofte give forskerne med sæt af gener, der kræver en fylogenetisk ramme til at begynde at forstå deres funktion. Hertil kommer, f...

For at forstå, hvordan to (eller flere) arter udviklet sig, er det nødvendigt først at indhente sekvens eller morfologiske data fra hver prøve, og disse data repræsenterer mængder, som vi kan bruge til at måle deres forhold gennem evolutionær rum. Ligesom når man måler lineære afstand, at have flere data tilgængelige (f.eks miles, tommer, mikron), vil svare til en mere nøjagtig måling. Ergo, er den nøjagtighed, hvormed en forsker kan udlede evolutionær afstand stærkt påvirket af mængden af ​​informative data til rådighed til at måle relationer. Hertil kommer, fordi forskellige prøver udvikle sig på forskellige satser og ved forskellige mekanismer, den metode, som vi bruger til at måle forholdet mellem to taxa også direkte indflydelse på nøjagtigheden af ​​evolutionære målinger. Derfor, og fordi evolutionære relationer ikke observeres direkte, men i stedet ekstrapoleres fra sekvens eller morfologiske data, problemet med at udlede evolutionærerelationer bliver en af ​​statistik. Fylogeni er den gren af ​​beskæftiger sig med at anvende statistiske modeller til mønstre af evolution for at optimalt rekonstruere den evolutionære historie mellem taxa biologi. Denne rekonstruktion mellem taxa er benævnt taxa s fylogeni. For at hjælpe bygge bro i ekspertise mellem molekylærbiologer og evolutionære biologer, vi beskriver her en trinvis pipeline for at udlede fylogenier fra et sæt af sekvenser. For det første, vi detalje involveret i databasen forhør ved hjælp af Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 1) algoritme via web-baseret interface og også ved hjælp af lokale eksekverbare skridt, og dette er ofte det første skridt i at opnå en liste over lignende sekvenser til en uidentificeret forespørgsel, selvom nogle forskere også kan være interesseret i at indsamle data for en enkelt gruppe via web grænseflader såsom Phylota (http://www.phylota.net/). BLAST er en algoritme for Comparing primære aminosyre eller nukleotidsekvensdata mod en database af sekvenser for at søge efter &quot;hits&quot;, der ligner forespørgslen sekvens. BLAST-program er designet af Stephen Altschul et al. på National Institutes of Health (NIH) 1.. BLAST-serveren består af en række forskellige programmer, og her er en liste over nogle af de mest almindelige BLAST-programmer: i) Nukleotid-nukleotid BLAST (BLASTN): Dette program kræver en DNA-sekvens input og returnerer de mest lignende DNA-sekvenser fra DNA-database, som brugeren angiver (f.eks for en specifik organisme). ii) protein-protein BLAST (BLASTP): Her indlæser brugeren en proteinsekvens og programmet returnerer de tilsvarende proteinsekvenser fra proteinet database, specificerer brugeren. iii) Position-Specific Iterativ BLAST (PSI-BLAST) (blastpgp): Brugeren indgang er en protei sekvens, som returnerer et sæt nært beslægtede proteiner, og fra dette datasæt en bevaret profil er genereret. Næste en ny forespørgsel er genereret ved hjælp af kun disse konserverede &quot;motiver&quot;, som bruges til at afhøre et protein-database, og det returnerer en større gruppe af proteiner, hvorfra et nyt sæt af konserverede &quot;motiver&quot; er udtrukket og derefter brugt til at afhøre et protein-database, indtil en endnu større sæt af proteiner retuned og en anden profil er genereret, og processen gentages. Ved at inkludere beslægtede proteiner i forespørgslen i hvert trin dette program giver brugeren mulighed for at identificere sekvenser, der er mere forskellige. iv) Nucleotide 6-frame translation-protein (BLASTX): Her bruger tilvejebringer en nukleotidsekvens input, der omdannes til de seks-ramme konceptuelle translationsprodukter (dvs. begge strenge) mod en proteinsekvens-database.. v) nukleotid 6-frame translation-nukleotid6-frame oversættelse (TBLASTX): Dette program tager en DNA-nukleotidsekvens input og oversætter input til alle seks-frame konceptuelle oversættelse produkter, som den sammenligner mod de seks-frame oversættelser af en nukleotidsekvens database. vi) Protein-nukleotid 6-frame translation (tblastn): Dette program anvender en proteinsekvens input for at sammenligne mod alle seks læserammer en nukleotidsekvens-database. Dernæst beskriver vi almindeligt anvendte programmer til at generere en Multiple alignment (MSA) fra en sekvens datasæt, og dette efterfølges af en brugervejledning til programmer, der bestemmer bedst-fit modeller af evolution for en sekvens datasæt. Phylogenetisk rekonstruktion er et statistisk problem, og på grund af dette, fylogenetiske metoder nødt til at indarbejde en statistisk ramme. Denne statistiske ramme bliver en evolutionær model, der samler sekvens ændringer inden for datasættet. Denne evolutionære model består af et sæt af forudsætninger om den proces, nukleotid eller aminosyrefenoler udskiftninger, og den bedste-fit model til et bestemt datasæt kan vælges gennem statistisk test. Pasformen til data af forskellige modeller kan sammenlignes via likelihood ratio tests (LRTs) eller kriterier for at vælge den bedst egnede model inden for et sæt af mulige virksomheder. To ensartede kriterier er Akaike information kriterium (AIC) 2 og Bayesian information kriterium (BIC) 3. Når en optimal tilpasning er genereret, er der mange forskellige metoder til at skabe en phylogeny fra de opstillede data. Der er mange metoder til at udlede evolutionære relationer, bredt, kan de opdeles i to kategorier: distance-baserede metoder og sekvens-baserede metoder. Distance-baserede metoder beregne parvise afstande fra sekvenser, og derefter bruge disse afstande for at få træet. Sekvens-baserede metoder bruger sekvensopstillingen direkte, og som regel søge tree plads ved hjælp af en optimalitet kriterium. Vi skitsere to sekvens-baserede metoder til at rekonstruere fylogenetiske relationer: disse er PhyML 4, som implementerer den maksimale sandsynlighed rammer og MrBayes 5 som bruger Bayesian Markov Chain Monte Carlo inferens. Likelihood og Bayesianske metoder giver en statistisk ramme for fylogenetisk rekonstruktion. Ved at give brugeren information om almindeligt anvendte træ-bygning værktøjer, vi introducere læseren til de nødvendige data, der kræves til at udlede fylogenetiske relationer.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

Mange forskere, på tværs utrolig varieret foci, anvender fylogeni til deres forskning (e) spørgsmål. Men mange forskere er ny på dette emne, og så det præsenterer iboende problemer. Her kompilere vi en praktisk introduktion til fylogeni for nonexperts. Vi skitsere i en trin-for-trin måde, en rørledning til at generere pålidelige fylogenier fra gensekvens datasæt. Vi begynder med en brugervenlig vejledning for lighed søgeværktøjer via online grænseflader samt lokale eksekverbare. Dernæst undersøger vi programmer til at generere flere sekvensalignments efterfulgt af protokoller til at bruge software til at bestemme bedst-fit modeller for evolution. Vi derefter skitsere protokoller for at rekonstruere fylogenetiske relationer via maksimal sandsynlighed og Bayesianske kriterier og endelig beskrive værktøjer til at visualisere fylogenetiske træer. Mens dette er ikke på nogen måde en udtømmende beskrivelse af fylogenetiske metoder, den giver læseren med praktiske starter information på centrale software-applikationer ofte anvendes af phylogeneticists. Visionen for denne artikel ville være, at det kan tjene som en praktisk uddannelse for forskere i gang med fylogenetiske studier, og også tjene som en pædagogisk ressource, der kunne indarbejdes i et klasseværelse eller undervisning-lab.

Finde ligheder til en forespørgsel giver forskerne at tilskrive en potentiel identitet til nye sekvenser og også udlede relationer mellem sekvenser. Filen input type til BLAST 1 er FASTA formateret tekst sekvens eller GenBank accession nummer. FASTA formateret sekvens begynder med en beskrivelse linje angives med et &quot;&gt;&quot; tegn (Figur 2). Beskrivelsen skal følge umiddelbart efter &quot;&gt;&quot; tegn, sekvensen (dvs. nukleotider. Eller aminosyrer) følge beskrivelsen p?...

Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Her beskriver vi en trin-for-trin pipeline for at generere pålidelige fylogenier fra nukleotid-eller aminosyresekvens datasæt. Denne vejledning har til formål at tjene forskere eller studerende nye til fylogenetisk analyse.

En praktisk vejledning til fylogeni for Nonexperts

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

En praktisk og Novel metode til at udvinde Genomisk DNA fra Blood Collection Kits til Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

V3 Pletfri arbejdsgang til en praktisk, praktisk og pålidelig total proteinbelastningskontrol i vestlig blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

En guide til Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting med fejlfinding Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Nephrotoxin Microinjection in Zebrafish to Model Acute Kidney Injury

Nephrotoxin Mikroinjektion i zebrafisk til model akut nyreskade

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal Intubation af kaniner med et polypropylen Guide kateter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

Praktisk brug af RNA-interferens: Oral levering af dobbelt-strenget RNA i Liposom bærere af kakerlakker

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

Protocols for Testing the Toxicity of Novel Insecticidal Chemistries to Mosquitoes

Protokoller for afprøvning toksicitet af roman insektbekæmpelsesmidler kemi til myg

New classes of insecticides with novel modes of action are needed to control insecticide resistant populations of mosquitoes that transmit diseases such ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

En vejledning til sektions-, coring- og billedbehandling til indkøb og analyse af kortikale knogleeksempeler med høj overførselshastighed til synkrotronmikro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...