Name: a practical guide to phylogenetics for nonexperts
Uploaded: 2014-02-05T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

Wij danken de leden van de O&#39;Halloran lab voor commentaar op het manuscript. Wij danken de George Washington University Department of Biological Sciences en Colombiaanse Hogeschool voor de Kunsten en Wetenschappen voor Financiering van D. O&#39;Halloran.

1. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST): Online Interface <ol><li> Klik op deze link om de BLAST 1 web-server bij het ​​National Center for Biotechnology Information (NCBI) bezoeken. - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (figuur 1). </li><li> Voer een FASTA opgemaakte tekst sequentie (zie figuur 2 bijvoorbeeld) in het zoekvak. </li><li> Klikt u op de juiste BLAST het programma en relevante database-of indivi...

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLUSTAL+W:+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting,+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice.">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li><li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm.">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li><li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+version+5:+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment.">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li><li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT:+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform.">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-coffee:+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment.">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li><li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeView:+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers.">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=jModelTest+2:+More+models,+new+heuristics+and+parallel+computing.">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li><li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

Onze hoop voor dit artikel is dat het zal dienen als een startpunt om onderzoekers of studenten die nieuw phylogenetics zijn begeleiden. Genoom sequencing projecten zijn goedkoper geworden in de afgelopen jaren en als gevolg daarvan de gebruiker vraag naar deze technologie neemt toe, en nu de productie van grote sequentie datasets is gemeengoed in kleine laboratoria. Deze datasets bieden vaak onderzoekers groep van genen die een fylogenetische kader vereisen beginnen hun functie te begrijpen. Bovendien, omdat phylogenet...

Om te begrijpen hoe twee (of meer) soorten geëvolueerd, is het eerst nodig om de sequentie of morfologische gegevens te verkrijgen uit elk monster; deze gegevens vertegenwoordigen hoeveelheden die we kunnen gebruiken om hun relatie te meten door evolutionaire ruimte. Net als bij het ​​meten van lineaire afstand, met meer beschikbare gegevens (bijvoorbeeld mijlen, inches, micron) zal neerkomen op een meer accurate meting. Ergo, de nauwkeurigheid waarmee een onderzoeker evolutionaire afstand kunt afleiden is sterk beïnvloed door het volume van de informatieve gegevens beschikbaar om relaties te meten. Bovendien, omdat verschillende monsters evolueren met verschillende snelheden en door verschillende mechanismen, de methode die wij gebruiken om de relatie tussen twee taxa meten ook direct invloed op de nauwkeurigheid van evolutionaire metingen. Daarom, omdat de evolutionaire relaties niet rechtstreeks waargenomen, maar in plaats daarvan worden geëxtrapoleerd uit sequentie of morfologische gegevens, het probleem van het afleiden van evolutionairerelaties wordt een van de statistieken. Phylogenetics is de tak van de betrokken met het toepassen van statistische modellen om patronen van de evolutie om optimaal te reconstrueren de evolutionaire geschiedenis tussen taxa biologie. Deze reconstructie tussen taxa wordt aangeduid als fylogenese de taxa&#39;s. Om u te helpen de kloof in kennis tussen de moleculaire biologen en evolutionaire biologen beschrijven we hier een stap voor stap pijpleiding worden afgeleid fylogenieën uit een set van sequenties. Ten eerste hebben we uitvoerig de stappen die betrokken zijn in de database verhoor met een Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 1) algoritme via de webinterface en ook door het gebruik van lokale executables, dit is vaak de eerste stap in het verkrijgen van een lijst met vergelijkbare sequenties aan een onbekende query, hoewel sommige onderzoekers ook geïnteresseerd in het verzamelen van gegevens voor een enkele groep via web interfaces zoals Phylota (http://www.phylota.net/). BLAST is een algoritme voor comparing primaire aminozuur of nucleotide-sequentie data tegen een database van sequenties om te zoeken naar &quot;hits&quot; dat de zoeksequentie lijken. De BLAST programma is ontworpen door Stephen Altschul et al.. bij de National Institutes of Health (NIH) 1. De BLAST server bestaat uit een aantal verschillende programma&#39;s, en hier is een lijst van enkele van de meest voorkomende BLAST programma: i) Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn): dit programma is een DNA-sequentie-ingang en geeft de meest vergelijkbare DNA-sequenties van de DNA-databank die de gebruiker opgeeft (bijvoorbeeld voor een bepaald organisme). ii) eiwit-eiwit BLAST (BLASTP): Hier kan de gebruiker een eiwitsequentie ingangen en het programma keert de meest gelijkende eiwitsequenties van het eiwit database die de gebruiker aangeeft. iii) Positie-Specifieke Iterative BLAST (PSI-BLAST) (blastpgp): De invoer van de gebruiker is een protein sequentie die een reeks nauw verwante eiwitten keert terug, en vanuit deze dataset een geconserveerd profiel wordt gegenereerd. Vervolgens wordt een nieuwe query gegenereerd met alleen deze geconserveerde &quot;motieven&quot; die wordt gebruikt voor het ondervragen van een eiwit base en dit geeft een grotere groep eiwitten waarvan een nieuwe set geconserveerde &quot;motieven&quot; geëxtraheerd en vervolgens gebruikt voor het ondervragen van een eiwit databank tot een nog grotere groep eiwitten worden opnieuw ingesteld en een ander profiel wordt gegenereerd en het proces herhaald. Door het opnemen van verwante eiwitten in de query in elke stap van dit programma kan de gebruiker sequenties die meer uiteen identificeren. iv) Nucleotide 6-raamwerktranslatie-eiwit (blastx): Hier de gebruiker een nucleotidesequentie ingang die is omgezet in de zes frame conceptuele translatie producten (beide strengen) tegen een eiwitsequentie databank.. v) Nucleotide 6-raamwerktranslatie nucleotide6-raamwerktranslatie (tblastx): Dit programma duurt een DNA nucleotidesequentie ingang en vertaalt de input in alle zes frames conceptuele vertaling producten die het zich verhoudt ten opzichte van de zes-frame van vertalingen van een nucleotide-sequentie databank. vi) Eiwit-nucleotide 6-raamwerktranslatie (tblastn): Dit programma maakt gebruik van een eiwitsequentie input vergelijken met alle zes leesramen van een nucleotidesequentie databank. Vervolgens beschrijven we veelgebruikte programma voor het genereren van een Multiple Sequence Alignment (MSA) een sequentie dataset, en dit wordt gevolgd door een gebruiker een lijst programma&#39;s die de best passende modellen evolutie een sequentie dataset te bepalen. Fylogenetische reconstructie is een statistisch probleem, en daardoor moet fylogenetische methoden om een ​​statistisch kader nemen. Deze statistische kader wordt een evolutionair model dat sequentie verandering binnen de dataset bevat. Deze evolutionaire model bestaat uit een set van aannames over het proces van nucleotide of aminozuur substituties, en de best passende model voor een bepaalde gegevensreeks kan worden geselecteerd via statistische testen. De pasvorm van de gegevens van de verschillende modellen kunnen worden vergeleken via likelihood ratio testen (LRTs) of informatie criteria om de best passende model binnen een set van mogelijke degenen te selecteren. Twee veel voorkomende informatie criteria zijn de Akaike informatie criterium (AIC) 2 en de Bayesiaanse informatie criterium (BIC) 3. Zodra een optimale positionering gegenereerd, zijn er veel verschillende methoden om een ​​fylogenie van de uitgelijnde gegevens. Er zijn tal van methoden voor het afleiden van de evolutionaire relaties, in grote lijnen, kunnen ze worden onderverdeeld in twee categorieën: methoden op basis van afstand en sequentie-gebaseerde methoden. Afstand gebaseerde methoden berekenen paarsgewijze afstanden van sequenties, en gebruik vervolgens deze afstanden om de boom te krijgen. Sequentie-gebaseerde methoden te gebruiken de sequence alignment direct, en meestal zoeken in de tree ruimte met behulp van een optimalisatiecriterium. We schetsen twee-sequentie gebaseerde methoden voor de reconstructie van verwantschappen: dit zijn PhyML 4, die de maximum likelihood kader implementeert en MrBayes 5 die Bayesiaanse Markov Chain Monte Carlo gevolgtrekking gebruikt. Waarschijnlijkheid en Bayesiaanse methoden geven een statistisch kader voor fylogenetische reconstructie. Door het verstrekken van informatie voor de gebruiker over de gebruikelijke boom-building tools, introduceren we de lezer om de noodzakelijke gegevens die nodig zijn om verwantschappen afleiden.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

Veel onderzoekers, over ongelooflijk divers foei, solliciteert phylogenetics om hun onderzoeksvraag (s). Echter, veel onderzoekers zijn nieuw voor dit onderwerp en dus presenteert inherente problemen. Een praktische introductie tot fylogenetica voor nonexperts hier compileren we. We schetsen in een stap-voor-stap manier, een pijpleiding voor het genereren betrouwbare fylogenie van gen sequentie datasets. We beginnen met een gebruiksvriendelijke handleiding voor gelijkenis zoekfuncties via online interfaces evenals lokale executables. Vervolgens hebben we programma&#39;s voor het genereren van meerdere sequentievergelijkingen gevolgd door protocollen voor het gebruik van software om de best passende modellen van de evolutie bepalen verkennen. Vervolgens hebben we een overzicht van protocollen voor de reconstructie van verwantschappen via maximum likelihood en Bayesiaanse criteria en tenslotte beschrijven tools voor het visualiseren van fylogenetische bomen. Hoewel dit geenszins een uitputtende beschrijving van fylogenetische benaderingen, maar biedt de lezer praktische beginnen information op de belangrijkste software-applicaties gewoonlijk gebruikt door phylogeneticists. De visie voor dit artikel zou zijn dat het kan dienen als een praktische training tool voor onderzoekers aanbreken van fylogenetische studies en ook dienen als een educatief hulpmiddel dat in een klaslokaal of onderwijs-lab zou kunnen worden opgenomen.

Het vinden van overeenkomsten met een query staat onderzoekers toe om een ​​mogelijke identiteit toeschrijven aan nieuwe sequenties en ook afleiden relaties tussen sequenties. Het bestandstype input voor BLAST 1 is FASTA opgemaakte tekst sequentie of GenBank. FASTA geformatteerd reeks begint met een beschrijving lijn aangegeven door een &quot;&gt;&quot;-teken (figuur 2). De beschrijving moet na de &quot;&gt;&quot;-teken, de reeks (dwz. Nucleotiden of aminozuren) volg dan de besch...

Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Hier beschrijven we een stap-voor-stap pijpleiding genereren betrouwbare fylogenie van nucleotide-of aminozuursequentie datasets. Deze gids is bedoeld om onderzoekers of studenten nieuwe fylogenetische analyse dienen.

Een praktische gids voor Phylogenetics voor Nonexperts

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

De Ladder Rung Walking Taak: een scoresysteem en de praktische toepassing.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Een praktische benadering van genetische Induceerbare Fate Mapping: een visuele gids voor Mark en Track Cellen In Vivo</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Een praktische en nieuwe methode om Genomic DNA Uittreksel uit Bloedafname Kits voor Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

V3 Vlekvrije workflow voor een praktische, handige en betrouwbare totale eiwitbelastingscontrole in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

A Guide to Modern Kwantitatieve TL Western Blotting met Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Nephrotoxin Microinjection in Zebrafish to Model Acute Kidney Injury

Nefrotoxische substantie Micro-injectie in zebravis tot acuut nierfalen Model

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheale intubatie van konijnen met behulp van een katheter polypropyleen gids

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

Praktisch gebruik van RNA-interferentie: mondelinge levering van Double-stranded RNA in liposomen dragers voor kakkerlakken

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

Protocols for Testing the Toxicity of Novel Insecticidal Chemistries to Mosquitoes

Protocollen voor het testen van de toxiciteit van roman insecticide chemicaliën aan muggen

New classes of insecticides with novel modes of action are needed to control insecticide resistant populations of mosquitoes that transmit diseases such ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

Een sectie-, coring- en beeldverwerkingshandleiding voor aanschaf en analyse van corticale botmonsters met hoge doorvoer voor Synchrotron Micro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...