Den beskrevne sammenlignende kvantitativ proteom tilgang sigter på at opnå indsigt i sammensætningen af multiprotein komplekser under forskellige betingelser og demonstreres ved at sammenligne genetisk forskellige stammer. Til kvantitativ analyse lige store volumener af forskellige fraktioner fra en sucrosemassefyldegradient blandes og analyseres ved massespektrometri.