Den beskrevne sammenlignende, kvantitativ proteomikk metode tar sikte på å skaffe innsikt i sammensetningen av multiprotein komplekser under forskjellige betingelser, og er vist ved å sammenligne genetisk forskjellige stammer. For kvantitativ analyse like volum av forskjellige fraksjoner fra et sukrose-densitets-gradient blir blandet og analysert ved massespektrometri.